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标题: 求助：蛋白小分子动力学模拟能量最小化后小分子键连在一起了怎么解决？ [打印本页]

作者
Author: jimking 时间: 2022-7-23 21:26
标题: 求助：蛋白小分子动力学模拟能量最小化后小分子键连在一起了怎么解决？
各位老师，我用gromacs做蛋白小分子动力学模拟时小分子发生了诡异的变化。
能量最小化之前：
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能量最小化之后变成了这样：
(, 下载次数 Times of downloads: 10)
能量最小化参数：
(, 下载次数 Times of downloads: 5)
em.gro小分子
(, 下载次数 Times of downloads: 10)

动力学模拟使用的是amber14sb_parmbsc1.ff力场。小分子拓扑文件是使用ORCA + Multiwfn + sobtop获得的。

后面做nvt平衡时出现了这个报错：

(, 下载次数 Times of downloads: 7)

这种键连在一起的是什么原因呢？有没有什么样的办法可以解决呢？

麻烦各位老师指导。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-24 02:04
http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

仔细检查小分子的itp，特别是和C=O那部分有关的力场项和参数

这种分子强烈不建议用DRIH。直接用GAFF就完了，否则二面角可旋转性都无法体现

作者
Author: jimking 时间: 2022-7-24 12:33

sobereva 发表于 2022-7-24 02:04
http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

仔细检查小分子的itp，特别是和C=O那部分有关的力场项和参数

谢谢sob老师，我去试试

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