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标题: PSI4 SAPT2+运算报错 [打印本页]

作者
Author: Luckynan 时间: 2022-7-24 21:30
标题: PSI4 SAPT2+运算报错
我用PSI4计算的时候出现了以下的报错内容，想请教一下原因是什么呢？我该如何改正？[attach]52970[/attach]

输入文件内容如下：
memory 10 GB

molecule dimer {
0 1
C    1.40580462 -2.29925261 0.18681041
C    0.85487624 -2.29857730 -1.10352269
H    1.50079756 -2.29918989 -1.97409571
C    -0.51542432 -2.29843867 -1.26759133
C    -1.40579472 -2.29925137 -0.18664273
C    -0.85486609 -2.29862913 1.10368813
H    -1.50078564 -2.29928339 1.97426251
C    0.51543548 -2.29848987 1.26775704
F    1.01293292 -2.29849081 2.51591912
F    -1.01292310 -2.29838772 -2.51575279
--
0 1
C    11.55892983 3.93659997 0.44608777
C    12.33036114 4.80372839 -0.31170753
H    12.35876875 4.71815978 -1.39524290
C    13.07046574 5.78715526 0.34595943
H    13.68155826 6.47648213 -0.22943009
C    13.03425737 5.89103493 1.73890443
H    13.61825098 6.66085225 2.23512320
C    12.25742586 5.01708638 2.49816591
H    12.23302925 5.10235793 3.58133434
C    11.51808110 4.03728511 1.84122711
C    10.61701846 2.99585171 2.35773989
C    10.22642352 2.69484500 3.65892131
H    10.61185146 3.26184438 4.50215907
C    9.31909325 1.65549967 3.86132637
H    8.99495985 1.41260842 4.86951288
C    8.81592940 0.93011549 2.78011621
H    8.09914310 0.13268715 2.94874220
C    9.21737046 1.22433246 1.47657158
H    8.82321077 0.65172744 0.64141395
C    10.11694908 2.25916615 1.27459828
C    10.68985764 2.77739284 -0.03673916
C    9.65596389 3.18983639 -1.07437407
C    8.58679031 4.05949135 -0.92462161
H    8.39253378 4.53696797 0.03228060
C    7.76474076 4.30397528 -2.02561988
H    6.91978614 4.97922738 -1.92664677
C    8.01597496 3.68743255 -3.25446194
H    7.36451601 3.88952426 -4.09978312
C    9.09226650 2.81437226 -3.40481371
H    9.28267045 2.33378249 -4.36093329
C    9.91024673 2.56992431 -2.30525973
C    11.07949328 1.69377608 -2.14867425
C    11.74951323 0.87347751 -3.05034914
H    11.44968140 0.82131837 -4.09343329
C    12.81083556 0.09889733 -2.59412584
H    13.32622489 -0.55077634 -3.29310089
C    13.21132781 0.12903120 -1.25107828
C    12.56379536 0.99385262 -0.36446440
H    12.86112000 1.05785503 0.67544245
C    11.50966285 1.76253739 -0.82060316
}

set {
scf_type DF
freeze_core True
basis aug-cc-pVDZ
soscf true
soscf_max_iter 30
}

energy('sapt2+')

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-7-24 22:06
（1）报错内容没有（正确地）展示出来；（2）10GB内存太少了，少说100GB。

作者
Author: Luckynan 时间: 2022-7-25 16:11
非常抱歉，下面是报错内容，非常感谢
--> dimer = geometry("""
0 1
C    1.40580462 -2.29925261 0.18681041
C    0.85487624 -2.29857730 -1.10352269
H    1.50079756 -2.29918989 -1.97409571
C    -0.51542432 -2.29843867 -1.26759133

!----------------------------------------------------------------------------------!
!                                                                               !
!  Inconsistent or unspecified chg/mult: sys chg: None, frag chg: [0.0, 0.0], sys  !
!    mult: None, frag mult: [1, 1]                                              !
!                                                                               !
!----------------------------------------------------------------------------------!

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-7-25 17:21

Luckynan 发表于 2022-7-25 16:11
非常抱歉，下面是报错内容，非常感谢
--> dimer = geometry("""
0 1

（1）想回复他人，应该在对应楼层点击“回复”，否则别人不会收到回复消息；
（2）你的两个片段结构有问题，结构似乎都少了（>=1个）氢原子。

作者
Author: Luckynan 时间: 2022-7-26 10:50

zjxitcc 发表于 2022-7-25 17:21
（1）想回复他人，应该在对应楼层点击“回复”，否则别人不会收到回复消息；
（2）你的两个片段结构有问 ...

好的，因为这两个片段都是在一个化合物上截取出来的，因此看起来少氢。我是想分析一个化合物上的两个结构之间的SAPT分析，该如何修改输入文件呢？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-7-26 10:59

Luckynan 发表于 2022-7-26 10:50
好的，因为这两个片段都是在一个化合物上截取出来的，因此看起来少氢。我是想分析一个化合物上的两个结构 ...

少氢的方式太离谱了，片段2含奇数个电子，不可能是单重态。能量分解有很多种方法，但无论做哪种，大前提都是片段的几何结构、电荷和自旋多重度要合理设置，不能随意切键、指认，即使程序不报错，算出来也未必合理。

你当前的目的适合F-SAPT或I-SAPT，见https://psicode.org/psi4manual/master/fisapt.html
又或GKS-EDA（划分成3个片段），见《GKS-EDA计算简介》。

作者
Author: 星斗如盘 时间: 2022-9-25 17:59

zjxitcc 发表于 2022-7-24 22:06
（1）报错内容没有（正确地）展示出来；（2）10GB内存太少了，少说100GB。

请教一下，PSI4的memory指的是运行内存，还是硬盘容量？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-9-25 18:01

星斗如盘发表于 2022-9-25 17:59
请教一下，PSI4的memory指的是运行内存，还是硬盘容量？

所有量化程序都遵从memory内存，disk硬盘

作者
Author: 星斗如盘 时间: 2022-9-25 18:04

zjxitcc 发表于 2022-9-25 18:01
所有量化程序都遵从memory内存，disk硬盘

谢谢，大体系只能用超算了，请问100个原子级别，使用PSI4进行EDA时，一般推荐什么级别进行计算呢？（如果超算性能够的话）

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-9-25 18:33

星斗如盘发表于 2022-9-25 18:04
谢谢，大体系只能用超算了，请问100个原子级别，使用PSI4进行EDA时，一般推荐什么级别进行计算呢？（如果 ...

《使用PSI4做对称匹配微扰理论(SAPT)能量分解计算》http://sobereva.com/526

作者
Author: fy_111 时间: 2025-7-17 16:36

zjxitcc 发表于 2022-7-26 10:59
少氢的方式太离谱了，片段2含奇数个电子，不可能是单重态。能量分解有很多种方法，但无论做哪种，大前提 ...

老师您好，看到您关于片段划分的回复，我意识到我最近在使用PSI的F/I-SAPT时一直报错的原因可能和片段划分不合理有关，特此想请老师帮忙看一下我重新划分的片段（如图：黄、绿、灰三个片段，分别在红色虚线处断键）及电荷及自旋多重度的设置（三个片段分别为：0 1，0 1，0 1）是否合理，谢谢老师！

作者
Author: zjxitcc 时间: 2025-7-17 18:39

fy_111 发表于 2025-7-17 16:36
老师您好，看到您关于片段划分的回复，我意识到我最近在使用PSI的F/I-SAPT时一直报错的原因可能和片段划 ...

这个划分片段的方式看起来有点粗暴，连共轭环都切了，建议到PSI4官方论坛提问https://forum.psicode.org/。如果有其他手段可以研究你的问题，应当优先选择其他更恰当的手段，否则结果变成“你敢算、审稿人不敢信”，那最后也是白忙活。

作者
Author: fy_111 时间: 2025-7-17 18:58

zjxitcc 发表于 2025-7-17 18:39
这个划分片段的方式看起来有点粗暴，连共轭环都切了，建议到PSI4官方论坛提问https://forum.psicode.org/ ...

老师，那采用“使用Multiwfn做基于分子力场的能量分解分析 http://sobereva.com/442 ”这个方法是不是更合理呢？基于分子已经优化好的电子结构去分析，不存在额外的片段计算。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2025-7-17 19:59

fy_111 发表于 2025-7-17 18:58
老师，那采用“使用Multiwfn做基于分子力场的能量分解分析 http://sobereva.com/442 ”这个方法是不是更 ...

不合理。这个问题不在于使用哪种EDA方法，而在于你这么划分是否合理，是否能研究你的问题。打个不太恰当的比方，你要用电锯割小麦，我说用电锯不合适，你反过来问我你该用哪个牌子的电锯。

作者
Author: fy_111 时间: 2025-7-17 21:00

zjxitcc 发表于 2025-7-17 19:59
不合理。这个问题不在于使用哪种EDA方法，而在于你这么划分是否合理，是否能研究你的问题。打个不太恰当 ...

谢谢老师的解答！老师的意思是对于这种多环芳烃的结构难以直接划分出分子片段，不适合通过能量分解去量化分子片段的相互作用，不知道我的理解是否有误？
那我是否可以采用其他方法间接量化作用力的强弱，比如AIM临界点电子密度。
注：这两个片段间同时存在静电引力（羰基和胺）和立体排斥（原子距离小于范德华半径和）相互作用

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