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标题: 求助：能量最小化后蛋白质与配体分离 [打印本页]

作者
Author: 云隐i 时间: 2022-7-24 22:41
标题: 求助：能量最小化后蛋白质与配体分离
本帖最后由云隐i 于 2022-7-25 09:05 编辑

老师们好，最近在做蛋白质与配体相互作用的研究，蛋白质结构是从PDB库里下载的，配体结构是用gauss view画的，之后又用gauss view将蛋白质的一对二硫键断开，并让配体上的砷两个硫成键，创建了复合物的初始构象，但是，在做能量最小化之后，蛋白质就与配体分离了，我想问一下，这可能是哪些原因造成的，该如何解决呢

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-25 02:07
大概率是拓扑文件创建得不合理，没法合理描述配体和蛋白的相互作用。也有可能是犯了其它什么低级错误

作者
Author: 云隐i 时间: 2022-7-25 09:04

sobereva 发表于 2022-7-25 02:07
大概率是拓扑文件创建得不合理，没法合理描述配体和蛋白的相互作用。也有可能是犯了其它什么低级错误

感谢老师的回复，蛋白质的拓扑直接由pdb2gmx生成的，配体拓扑是由sobtop生成的，之后将配体信息include到蛋白质拓扑中创建了复合物拓扑，老师请问该从哪些方面检查复合物拓扑呢

作者
Author: baisl 时间: 2022-7-25 10:34
这种共价结合的小分子要通过自定义非标准残基的方式构建，或者添加[ intermolecular_interactions ]字段来定义配体与蛋白残基之间的共价键。

作者
Author: 云隐i 时间: 2022-7-25 10:41

baisl 发表于 2022-7-25 10:34
这种共价结合的小分子要通过自定义非标准残基的方式构建，或者添加[ intermolecular_interactions ]字段来 ...

好的，非常感谢，我试一下

作者
Author: 云隐i 时间: 2022-7-25 20:50

baisl 发表于 2022-7-25 10:34
这种共价结合的小分子要通过自定义非标准残基的方式构建，或者添加[ intermolecular_interactions ]字段来 ...

您好，我在拓扑文件中添加了[intermolecular_interactions] [bonds], gromacs报错 intermolecular_interactions can not contain chemically bonding interactions 请问是哪里出现了问题 (, 下载次数 Times of downloads: 18)

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-26 02:35

云隐i 发表于 2022-7-25 20:50
您好，我在拓扑文件中添加了 , gromacs报错 intermolecular_interactions can not contain chemically bo ...

不要24小时内在思想家公社QQ群和计算化学公社论坛里同一问题，注意看群文件里群规，以及论坛置顶的论坛新社员必读贴
群里都回过了
(, 下载次数 Times of downloads: 16)

作者
Author: 云隐i 时间: 2022-7-26 08:41

sobereva 发表于 2022-7-26 02:35
不要24小时内在思想家公社QQ群和计算化学公社论坛里同一问题，注意看群文件里群规，以及论坛置顶的论坛新 ...

不好意思老师，我下次注意

作者
Author: 云隐i 时间: 2022-7-26 16:35
本帖最后由云隐i 于 2022-7-26 16:37 编辑

sobereva 发表于 2022-7-26 02:35
不要24小时内在思想家公社QQ群和计算化学公社论坛里同一问题，注意看群文件里群规，以及论坛置顶的论坛新 ...

老师，将键类型改为6之后不报错可以继续进行，但是能量最小化之后蛋白质配体还是分离，还有其他参数需要修改嘛

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-26 18:06

云隐i 发表于 2022-7-26 16:35
老师，将键类型改为6之后不报错可以继续进行，但是能量最小化之后蛋白质配体还是分离，还有其他参数需要 ...

分离说明没设对，否则不可能分离

作者
Author: 云隐i 时间: 2022-7-26 19:44

sobereva 发表于 2022-7-26 18:06
分离说明没设对，否则不可能分离

感谢老师回复，我再看看哪里出现了问题

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