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标题: production simulation中间出现One or more water molecules can not be settled. [打印本页]

作者
Author: CruiseBend 时间: 2022-7-25 00:40
标题: production simulation中间出现One or more water molecules can not be settled.
膜蛋白体系，在100ns production simulation中间30-60ns出现LINCS warning-One or more water molecules can not be settled. 非常诡异，之前模拟从来没有遇到过，发现出现问题的原子是在盒子边的POPC链上的原子；续跑也能接着跑完，而且结构也合理力场是charmm36，mdp放在附件，是膜蛋白常用的参数，根据sob老师的意见，发现可能是如下的问题：

1）力场：POPC我是拿charmm36的pdb和itp搞得，还有一种lipid在charmm中没力场，我是取了几个相近的拼到一块；出现了一个键缺constrain的warning，我直接-maxwarn 1了，会不会是这个力场还有键的原因导致奔溃的？但我之前做纯膜模拟是没问题的，可以持续跑200ns。

2）模拟流程：mdp感觉没有问题，都是生物体系正常的控压控温constrain和cutoff
3）服务器抽风？？

麻烦老师帮忙看看谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-25 02:11
该说的http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8里都说了
确保拓扑文件无误的情况下，先尝试用1 fs步长看看情况

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