计算化学公社

标题: 如何计算某个氨基酸残基附近的小分子数 [打印本页]

作者
Author: azero 时间: 2022-7-25 13:40
标题: 如何计算某个氨基酸残基附近的小分子数
现在有野生型和突变体两个蛋白，均置于含有一定比例的醇/水环境中想统计氨基酸突变前后周围醇分子的数目，该如何统计（只统计侧链那一侧的数目，除了SDF）？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-26 02:57
自行定义适当的几何判断规则，写VMD tcl脚本进行统计

作者
Author: 对抗路达摩 时间: 2022-7-26 20:02
一般高度定制化的分析都需要自己写脚本，老师推荐的VMD tcl是一种实现方式，也可以使用MDAnalysis，功能比较强大，就是有的时候很慢。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)