公社群聊Q&A整理：2016.04.19 23 ~ 2016.04.25 20 Concate （含既往全文） - 计算化学公社

2016.04.11 22:55:50
Q:
各位老师好，请教一下。我的体系是用开壳层计算的，在研究分子轨道相互作用的时候，会分别出现α轨道和β轨道。我发现分子的α轨道的HOMO和β的HOMO的成分几乎是一样的，那它们本身就应该是一样的吗？还有就是，在我表述片段间的轨道相互作用时，仅需要说明α轨道的HOMO或者β的HOMO就可以了吗？还是要分别探讨？
那α和β是一样的吗
A:
搞不懂你的意思
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2016.04.19 23:32:47
Q:
老师，linux下就算产生的垃圾，怎么清除？
A:
自己手动删
Q:
[图片]win下有Scrtch文件是装垃圾的，linux下怎么找到垃圾
没有这个文件夹啊
linux下没找到Scratch文件夹
A:
你看你把GAUSS_SCRDIR环境变量设哪了
Q:
GAUSS_SCRDIR=/tmp→（回车）@Sobereva
A:
删/tmp里的
最好专门弄一个高斯的tmp目录
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2016.04.19 23:38:39
Q:
pm6计算有模板吗？
我Gaussian09A2版本，都提示open-new-file，然后死掉。
A:
直接写PM6就完了
你那是其它原因导致的
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2016.04.19 23:48:58
Q:
the percentage contributions of orbital pairs to the wave functions of excited states are given in parentheses 老师这句话的描述恰当吗
A:
可
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2016.04.19 23:53:52
Q:
老师，如果我想描述吸收光谱的电荷迁移，考察的HOMO/LUMO轨道就是基态的结构吧？如果我想描述发射光谱的电荷迁移，是不是我应该考察opt+td这个激发态优化过后的结构中的HOMO/LUMO？
A:
是
Q:
老师，如果我想描述吸收光谱的电荷迁移，考察的HOMO/LUMO轨道就是基态的结构吧？如果我想描述发射光谱的电荷迁移，是不是我应该考察opt+td这个激发态优化过后的结构中的HOMO/LUMO？
谢谢您
A:
是
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2016.04.19 23:54:35
Q:
[图片]
老师服务器断电后重新连上出现上面情况怎么解决？
A:
只要用起来不碍事就行。
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2016.04.20 00:01:37
Q:
请问这种相邻分子的HOMO轨道的作用（或重叠）怎么计算，看到书上有这样的[图片] ，找了文献，里面提到的就是优化结构然后看分子轨道，就得到了结果：[图片] 我就以# b3lyp/6-31(d)算了几组，转成fchk文件看分子轨道结果却是[图片]，右边的不平行的两个分子的，只有一个分子上有，另一个分子上没有，但是书上别人计算的是平行和不平行的都有分布的，是我计算的关键词不对还是别的原因？求指教，谢谢啦~
A:
分子间轨道重叠的图形显示和计算
http://sobereva.com/163
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2016.04.20 00:04:53
Q:
[图片]
老师，这是SO3与石墨烯的RDG图，它们之间的作用主要是范德华力吧？记得您说过van de Walls吸引是色散为主、静电引力为辅，那也可以说它们之间主要是色散作用吗？记得群里讨论过色散为主的作用能很难上5kcal/mol，而我的counterpoise计算的弱作用能是8.3kcal/mol，如何解释呢？
A:
范德华和静电完全是两码事。范德华作用包括色散吸引和交换互斥。
你这个体系有一点静电作用，中间区域都发青了。
Q:
那描述这个体系的作用，说是以范德华力为主（或者说成以色散吸引为主、静电引力为辅）可以吗？
A:
可
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2016.04.20 00:50:32
Q:
现在电荷分析大家是不是普遍用NPA的比较多？如果没有NBO有什么间接方法得到NPA么？也没有Gaussian，用ADF和ORCA较多
A:
molpro能算NPA电荷，但是很难用。
JANPA(http://janpa.sourceforge.net/)是个免费的做NPA分析的程序。
用什么原子电荷取决于你要干什么。NPA绝非总是首选，诸如描述静电相互作用，NPA烂成渣
Q:
电荷在一定程度上定性的看出一些化学反应的位置
A:
讨论化学反应位点问题用Hirshfeld，甭用NPA
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2016.04.20 00:57:53
Q:
老师好，我们在研究lewis酸催化的Diels-Alder反应，分析轨道成分，判断是片段间LUMO能级和HOMO能级间的相互作用，可是轨道可视化出来，首先C-C成键的一边却是反相的。分子轨道的HOMO-1可视化出来倒是挺像的，可是轨道成分却只有两个片段间的HOMO轨道成分，几乎没有LUMO成分。这种情况，应该如何解决呢？
A:
计算轨道要计算两个片段各自的，不要计算整体的
Q:
[图片]老师~您的意思是，比如两个复合物的一起的HOMO LUMO轨道是没有意义的吗？
而是要分开计算其HOMO/LUMO然后计算其交叠作用？
那老师我现在的体系是一个自由基加上一个阴离子，我想考察他们的轨道作用应该怎么做呢，是不是做自由基的SOMO，阴离子的HOMO/LUMO,然后考察自由基的SOMO分别和阴离子的HOMO、LUMO的作用呢？谢谢老师
轨道相互作用好像multiwfn的manual有讲
你做CDA
A:
按照前线轨道理论去分析轨道相互作用，比如每个片段独立计算。如果计算复合物，那已经是混合之后的了，没法再分析了。
做CDA分析的时候也是要先计算片段轨道
是
Q:
老师，不好意思，[表情]。您的意思是只需要分别分析片段各自的轨道就行了吗，那过渡态整体的分子轨道不用考虑？
A:
轨道相互作用分析的本质，是基于反应刚开始时候轨道朝向、重叠，来定性预测过渡态时候势垒高低（是否容易反应）
都过渡态了，你再分析轨道就没意义了
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2016.04.20 01:03:36
Q:
如果一个过渡态实在找不到了，用QST2好用吗？
算了十几遍了，都不对。都是不想要的虚频。
A:
QST2可以试，但帮助不大，除非之前自己猜的TS都是很烂的
Q:
谢谢老师。其实我觉得我的初始猜测还可以，不是很烂。还有别的办法吗？
A:
calcall
或者减小步长上限再试
Q:
好的。谢谢Sob。
A:
有些情况可以利用一些辅助技巧，诸如柔性扫描，参考借用相似反应过渡态等等，这些在培训班里都会讲
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2016.04.20 01:12:17
Q:
Sob老师gromacs的班8月份开，应该不会推迟了吧
A:
看情况
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2016.04.20 01:26:31
Q:
[图片]
请问一下大家这里的错误是怎么回事
说是多重度1和电子说9不可能
[图片]
我的输入文件是
我的问题咱没人看一下[表情]
A:
[图片]
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2016.04.20 01:28:56
Q:
我在公社有200多的金币了，但是还提示抱歉本帖要求阅读权限高于 120 才能浏览
A:
公社没有金币这么一说。
关于阅读权限看置顶的新人必读
Q:
是积分[表情]
A:
有些人故意把权限设得巨高，是因为问的问题涉及课题隐私，不想让其它人看到
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2016.04.20 01:30:56
Q:
Sob动力学班可会如期举行？
@Sobereva
A:
看情况
Q:
[图片]
什么意思？[表情]
A:
为了保证质量，不排除跳票可能
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2016.04.20 01:38:31
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
counterpoise不要在优化时候用，死慢，远不如加大点基组
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2016.04.20 02:28:12
Q:
如果我的IRC计算以后发现两端的结构与我的产物差的都挺远的是不是这个过度态找的就不是正确的？
A:
把IRC跑长一点，看看是否能通到那两个极小点。默认跑的长度较小
Q:
这样的啊我能不能接着算好的继续往下算还是要重新从头算？老师
A:
从头算。
或者你拿之前两边的结构优化，如果能优化到那两个极小点结构也算正确。
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2016.04.20 02:52:41
Q:
sob老师，UHF如何判断收敛？
[图片]
我用总能量判断好像不行
A:
能量，以及总密度矩阵的变化
Q:
alpha和beta分别判断吗
A:
判断总的就行了，你想分别判断也行
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2016.04.20 03:04:49
Q:
请问怎么算出吸收光谱
从算基态的文件中可以导出吗
A:
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
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2016.04.20 03:09:23
Q:
我也遇到508错误
你是用了qc ,当时我加大积分网格
A:
甭用qc，改用其它方法解决SCF不收敛
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
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2016.04.20 03:32:11
Q:
sob 老师，，multiwfn 专门绘制dos图的在哪里能发个链接吗
A:
手册4.10节一堆例子
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2016.04.20 03:35:07
Q:
请问在超算中心自己解压安装g09后，还需要修改.bashrc吗，如果需要如何修改呢？
请问在超算中心自己解压安装g09后，还需要修改.bashrc吗，如果需要如何修改呢？
A:
[图片]
Q:
在超算中心安装高斯和单机安装是不是都要修改.bashrc文件？
但是在超算的主文件夹下的.bashrc和单机的.bashrc内容不一样啊？
A:
看超算相关说明，要是人家事先给你配置好了你就直接用，没配置好就得自己再配置
预置的其它内容也不影响你配置高斯
Q:
软件我自己安装的，是不是没有配置啊？
A:
那显然你得自己配置
Q:
但是在超算的主文件夹下的.bashrc和单机的.bashrc内容不一样啊？
超算中心的人说和单机的一样改，但是在超算的主文件夹下的.bashrc和单机的.bashrc内容不一样啊？
A:
你管它一样不一样，就改你用户自己的.bashrc就完了
Q:
和单机一样在最后添加那些内容？
A:
对
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2016.04.20 03:46:25
Q:
我看了里面的文章只有发射，没讲吸收光谱
A:
[图片]
[图片]
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2016.04.20 03:50:46
Q:
[图片]请教一下大家，这种LOL图的坐标数字的大小是否可以在软件中设置。因为图中的坐标数字字号略小。
A:
Multiwfn里设不了
Q:
那像改这种LOL图的坐标字号的话，用什么软件会更方便一点呢？
A:
导出数据用sigmaplot重新作图，可调选项更丰富
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2016.04.20 03:53:12
Q:
那请问老师如果算同样的分子 dimer 怎么算
A:
直接算dimer就完了，步骤完全一样
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2016.04.20 03:55:27
Q:
[图片][图片]老师，放开所有原子全优化过程中出现了这种情况：一共跑了九步，1-8结构没有散开，石墨烯有弯曲变形情况出现，到9步时石墨烯上面的离子对散掉了。[图片][图片]@Sobereva
是用帮助收敛的关键词还有意义么
使用
A:
你单独用这些关键词优化被吸附的分子和石墨烯都正常否？
Q:
都正常
他们单独优化是正常的
A:
摆得远一点再优化看看。泛函用M06-2X
先甭写guess=mix scf=nosymm
摆一起，优化
若可能的朝向很多，不确定什么朝向能量最低可用molclus进行构型搜索
genmer：生成团簇初始构型的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2369
Q:
110原子左右
A:
或者你先拿PM7优化一下，基本合理了再上DFT
Q:
如果有单晶的话是不是按晶体结构里面直接画进去肯定没问题？
A:
你要想计算晶体中的结构状态就直接从晶体结构中提取二聚体，然后冻结重原子优化一下氢的位置，然后再算光谱
Q:
诸如B3LYP，由于相关势的长程行为不对，完全不能描述色散作用。因此用于研究色散作用主导的问题结果差得一塌糊涂
[图片] 命令行可否？6-31G*机组可以么
A:
你先仔细看看此文吧
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214
Q:
PM7你得用MOPAC
A:
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
这体系B3LYP优化的结构本身就可能显著不合理，之后M06-2X算单点也无济于事
Q:
那gaussian里面有没有比较廉价的计算方法，可以先用于初始优化？
A:
高斯对这样的体系没有合适的廉价优化方法
最次也得B3LYP-D3/6-31G*，但最好提升到6-311G**。可以先考虑B3LYP-D3/6-31G*用veryloose收敛限预优化一下。
最佳选择还是PM7先搞一下
Q:
请问老师，用高斯可以算分子间的作用力吗？如果可以，有相关指导文献或者教学吗？谢谢
哦，不好意思，老师，我之前没看，原来上面的问题和我问的一样
受教了，谢谢老师
但是分子间的作用力在哪体现呢？
A:
什么叫在哪体现？
把结构放高斯里算一次基态和激发态，做密度差
Q:
老师的意思做cube吗
A:
用不着cube
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113
Q:
very loose 和int=ultrafine是不是矛盾？@Sobereva
A:
veryloose目的是预优化没必要收敛那么精确
int=ultrafine对于B3LYP没必要用，除非碰上什么问题
Q:
int=ultrafine对密度泛函理论总是有益的，老师怎么说对B3LYP没必要用呢？[表情]
A:
加了多耗费不少时间
默认的fine对于B3LYP足矣，除非偶尔碰见有小虚频、不收敛之类的情况
明尼苏达系列等meta-泛函用ultrafine的必要性才相对重要
Q:
请问如果优化加了int=ultrafine，是否频率计算也需要加int=ultrafine？
A:
必须加
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2016.04.20 05:20:52
Q:
请问给位高手，我优化的碳纳米管本来应该是圆的，但优化出来的总是扁的（用的小基组和方法），请指教！？
A:
用B3LYP/6-31G*
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2016.04.20 05:29:58
Q:
请问对128原子（C H O N ）在M062X/6-311+G(d）下做频率分析，%mem和%nproc应该设多大合适？还是我的基组选择不合适所以算起来太慢
A:
没必要用弥散，能省好多时间
设多少看你机子具体情况
Q:
主要为弱相互作用力，不用弥散的话会不会不准确？
我的机子是40个CPU，64G
A:
优化和频率计算，3-zeta足矣
算相互作用能再加弥散
设20核，60GB
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2016.04.20 05:40:37
Q:
求书，AB INITIO Molecular Orbital Theory
A:
群专用邮箱里就有，见群共享
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2016.04.20 07:28:42
Q:
怎么把gjf文件中的分子说明保存为变量表示的Z矩阵？
A:
gview保存输入文件时内坐标变量不用字母表示的解决方法
http://sobereva.com/292
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2016.04.20 08:33:50
Q:
[图片]
请问，分子说明部分，象这种混合数字和变量的Z-矩阵，可不可以？
A:
可以
Q:
[图片]我在后面为变量赋初值，却报错了。
A:
就空一行就完了，variables那行不用写。还报错具体看出错提示
Q:
嗯，谢谢老师。
可以了，不报错了。
[图片]请问老师，这是相当于柔性扫描吗？
A:
否
柔性扫描得设modredundant
Q:
[图片]
扫描下面有三个子菜单。一是rigid; 二是relaxed(Z-matrix); 三是relaxed(redundant coord)
2和3，
不都是柔性扫描吗？
A:
甭管它，自己写输入文件
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2016.04.20 16:24:27
Q:
[图片]
优化至过渡态，算了6个小时后，log已经10个小时停止更新了。但进程还在，进程停在L716，log文件末尾是
[图片]
请问老师，这是什么原因，怎么解决？
A:
看看是否优化已完成，正在搞freq部分
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2016.04.20 18:10:19
Q:
[图片]
请问老师高斯经常出现这种问题怎么解决啊？
[图片]
先谢谢啦，这是number之前的内容。看不懂。
A:
如果G09版本较老换D.01再试。算是程序bug
[图片]
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2016.04.20 18:26:57
Q:
问个题外话，我的电脑是64位，gaussian是32的，为什么可以顺利运行[表情][表情][表情]
[表情]
A:
64位系统完全兼容32位程序，当然能运行
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2016.04.20 18:57:58
Q:
大家好，量化计算新手有个问题想问一下，我在用Mutiwfn做AIM计算的时候得到如下结果[图片]，但我在文献中看到的是Table 2 also includes the energetic properties at the
BCPs, i.e. local one-electron kinetic energy density G(r), local potential energy density V(r), and the electronic energy density HBCP (kinetic G(r) plus potential V(r) energy density). 其中说H=G+V，而mutiwfn中给出的H=-（G+V）。
大家好，量化计算新手有个问题想问一下，我在用Mutiwfn做AIM计算的时候得到如下结果[图片]。
但我在文献中看到的是Table 2 also includes the energetic properties at the BCPs, i.e. local one-electron kinetic energy density G(r), local potential energy density V(r), and the electronic energy density HBCP (kinetic G(r) plus potential V(r) energy density).
文献中说H=G+V，而mutiwfn中给出的H=-（G+V）。想问一下这两个是一个东西么？因为现在在做弱相互作用里计算，H的正负比较重要。
刚刚问题排版没弄好，所以重新打了一遍。
A:
magic 就是相加啊-0.034595+0.0325646
手册2.7节有明确的公式
[图片]
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2016.04.20 19:10:15
Q:
anou 网页版的计算化学公社可以搜索帖子内容吗？现有的搜索只能搜标题是吧？
A:
论坛首页上有google搜索框可以搜索全文，置顶的新人必读里也提到了
[图片]
Q:
好吧看到了果然sc玩多了都会变成盲人[图片]
A:
[图片]
Q:
これはなにですか。。。
A:
没看过群规的人都看下群规
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2016.04.20 19:15:03
Q:
老师，您好。我的体系中性的单重态稳定于三重态，但是算TD后，第一个激发态对应于三重态，出现负的激发值，说明三重态稳定。这样的结果，相互冲突。针对这个情况，我应该怎样理解？怎么解决？@Sobereva
A:
你对体系单重态用stable关键词做稳定性测试，如果确实单重态稳定，你直接用DFT算3重态和单重态能量求差就完了，甭用TDDFT
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2016.04.20 19:15:40
Q:
老师，当我用M06-2X优化激发态完毕，如果我想单独考察不同泛函计算出的该激发态HOMO/LUMO gap，是不是在这个用M06-2X优化好的激发态结构基础上，分别用想用的泛函来算单点能，也就是在opt td的基础上，再用不同的泛函算一次td
A:
是
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2016.04.20 23:28:09
Q:
是不是放错邮箱了
A:
[图片]
没放错
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2016.04.20 23:57:37
Q:
[图片]图中是苯甲酸和胺的结合物的优化结构，静电势负值区域与HOMO轨道都处于羧基氧附近，能否说明羧基氧有亲核性，会吸引周围的质子，生成氢键？
A:
Woo
可以
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2016.04.21 00:12:45
Q:
请问，一个中心反演对称的分子，优化出来轨道却不完全对称，导致激发态计算后Δr＝4，不为0，怎么解释？
另，electron-hole distance跟Δr差别较大(两倍)，怎么解释呢？二者不应该挺接近才对吗？
谢谢老师~
A:
本来那两个指标在数值上就没有可比性
一方面图形观察，一方面结合electron-hole的distance和overlap衡量
Q:
谢谢sob老师~可是这两个指标概念上感觉差不多啊，都是质心的距离。我算了十来个分子，这两个指标一般都差别不太大，1.1倍，1.2倍的。老师能不能讲一下它们有什么差别？什么情况下差别会比较大？谢谢
A:
如果是单一方向并且electron/hole弥散程度都不大的情况，或许差不多，但其它情况就可能差不少。
electron-hole distance/overlap的定义更为清晰，物理意义更强
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2016.04.21 00:12:46
Q:
请问老师，含有铝原子的分子最少要用什么基组呀？
[图片]
A:
6-31G*
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2016.04.21 00:13:20
Q:
混合基组的分子，还能看分子轨道的成分么？
A:
能
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2016.04.21 00:15:58
Q:
如何判断PCl5中P原子的4s，4p轨道或者d轨道是否参与成键？
轨道成分看起来特别乱，计算时采用不同的基组结果也不同
能不能定量地分析4s，sp轨道对成键的贡献？
轨道成分根本看不清楚
轨道系数不是归一化的，所以看起来很乱，不知道怎么定量分析
A:
“贡献”本身就没法定义。成键起码是两个原子轨道的事
成份是归一化的，用成份值乘上系数的符号就完了
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2016.04.21 00:32:00
Q:
想在windows系统下同时装linux系统，有什么好推荐的linux，谢谢
A:
RHEL6或7
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2016.04.21 00:34:39
Q:
去培训笔记本要预装gaussian,可是现在用的笔记本不知道能不能运行，i5-5400U,8G，500G
A:
可以
Q:
U版的CPU的
只能用来学习了[表情]
A:
U不代表低性能，U只不过是相对4核的H版来说低压低功耗而已。拿高斯用DFT算点中小分子一点问题没有
Q:
问题是I5的U。主频才1.2。只有两个核
A:
你要看具体型号。5400U 在intel ark里没有暂且不提，你看其它带U的频率是多少
[图片]
Q:
平时也不用笔记本计算[表情]，怎么办呢
不会要换电脑吧
谢谢老师！之前对H,E,K有点混淆，现在清楚了。
A:
去年买的X1 Carbon，CPU是5200U(双核基频2.2G)，实测Cinebench R15.0，CPU得分262cb，我以前的i7-2630QM四核才406cb。i7-2630QM我经常拿来跑高斯。
所以跟带不带U、i几根本无关。性能看具体规格
Q:
5200 这个cpu很渣啊
A:
不渣不渣不渣不渣不渣不渣不渣
说渣的是硬件外行
Q:
Q9550 4核
这个U怎么样？
A:
老了
Q:
我的I7四核，主频2.4是不是碉堡了
A:
非常普通
Q:
[表情]
可比I7的U版快多了
睿频到3.7
A:
这种配置现在六七千的游戏本比比皆是
要说配个台式机弄个5960X之类的说碉堡还勉强
或者笔记本来个E3-1575M v5
Q:
E3的规格如果跟I7一样的话，E3会快么
A:
看核数、频率、架构，不看别的，XEON还是i3还是i5还是i7都是浮云
----------------------------------------------------
2016.04.21 00:35:32
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
不能
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2016.04.21 00:47:19
Q:
sob老师您好！能问一下培训班会不会讲molpro的使用啊？
A:
这是基础班课表，计算绝大多数是用G09
[图片]
基础量化班不讲，以后的高级班会涉及
Q:
老师！高级班什么时候开课？
A:
明年或后年吧
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2016.04.21 02:09:43
Q:
老师，请问NonEqSolv是不是程序默认的，就是我如果只计算td时，加不加NonEqSolv得到的结果都应该是一样的对不对？
A:
y
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2016.04.21 02:15:35
Q:
sob老师，请问fchk文件用Chemcraft打开后，能产生用于静电势的cube文件吗？
A:
不能
Q:
那multiwfn如何产生用于静电势的cube文件？
sob老师，您的sobereva.com/125怎么打不开？
A:
能打开，重新刷新
Q:
打开了，谢谢
sob老师，那multiwfn如何产生用于静电势的cube文件？
A:
主功能5，选静电势
Q:
以前做过，现在实在想不去来了
A:
算完了导出格点数据
如果体系大建议用cubegen算静电势cube文件，速度更快
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2016.04.21 02:16:40
Q:
请教一下，Hirshfeld电荷的计算对基组依赖性大吗？
A:
对基组依赖性是所有原子电荷计算方法里最小的
Q:
对于一般的有机分子，B3LYP/6-31G*的级别算出来的Hirshfeld电荷是否可以定性说明问题了？比如比较一系列膦化合物上膦的亲核进攻能力
A:
可以说明
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2016.04.21 02:39:48
Q:
请问一下我做 opt+frec 计算的时候出现了请问如何解决啊
Disk-based method using ON**2 memory for 34 occupieds at a time. Estimated scratch disk usage= 29100379260 words.
A:
能继续算就甭管
Q:
老师好像就中断了没有继续算
A:
看最末尾部分
都贴出来
Q:
The electronic state of the initial guess is 2-A.
Initial guess <Sx>= 0.0000 <Sy>= 0.0000 <Sz>= 0.5000 <S**2>= 0.7500 S= 0.5000
Requested convergence on RMS density matrix=1.00D-08 within 128 cycles.
Requested convergence on MAX density matrix=1.00D-06.
Requested convergence on energy=1.00D-06.
No special actions if energy rises.
Initial convergence to 1.0D-05 achieved. Increase integral accuracy.
Restarting incremental Fock formation.
SCF Done: E(UHF) = -3691.33209175 A.U. after 39 cycles
Convg = 0.1940D-08 -V/T = 2.0003
<Sx>= 0.0000 <Sy>= 0.0000 <Sz>= 0.5000 <S**2>= 0.7582 S= 0.5041
<L.S>= 0.000000000000E+00
Annihilation of the first spin contaminant:
S**2 before annihilation 0.7582, after 0.7500
ExpMin= 1.34D-02 ExpMax= 3.96D+06 ExpMxC= 4.50D+03 IAcc=3 IRadAn= 5 AccDes= 0.00D+00
HarFok: IExCor= 205 AccDes= 0.00D+00 IRadAn= 5 IDoV=-2
ScaDFX= 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000
DSYEVD returned Info= 93 IAlg= 4 N= 46 NDim= 46 NE2= 2241490 trying DSYEV.
DSYEVD returned Info= 101 IAlg= 4 N= 50 NDim= 50 NE2= 2241490 trying DSYEV.
Range of M.O.s used for correlation: 41 642
NBasis= 642 NAE= 74 NBE= 73 NFC= 40 NFV= 0
NROrb= 602 NOA= 34 NOB= 33 NVA= 568 NVB= 569
**** Warning!!: The largest alpha MO coefficient is 0.10452083D+03
**** Warning!!: The largest beta MO coefficient is 0.10366128D+03
Disk-based method using ON**2 memory for 34 occupieds at a time.
Estimated scratch disk usage= 29100379260 words.
Actual scratch disk usage= 28954361468 words.
GetIJB would need an additional 555279372 words of memory to use all 12 processors.
JobTyp=2 Pass 1: I= 41 to 74 NPSUse= 3 ParTrn=F ParDer=T DoDerP=T.
A:
减小%nproc，或增大%mem再试。如果是老版本高斯换D.01
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2016.04.21 02:40:27
Q:
报告一下：
server2:
(nohup g09 7-H-dimer.gjf &)
(g09 9-OMe-dimer.gjf &)
上面两种提交方法在 ssh非正常断线后，都死了。
A:
用setsid，非正常断线应该没事
setsid g09 < C60.gjf > t.out &
Q:
好的，前面有教我用setsid了，在测试，现在ssh还没非正常断线，所以不知道是否可以。
----------------------------------------------------
2016.04.21 02:47:44
Q:
老师，您好，我想问下跑IRC，减小步长的关键词是什么？
A:
IRC里用stepsize
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2016.04.21 02:49:51
Q:
Sob曾对 GRRM做过一个比较详细的介绍。现在又来一个软件 Reaction Plus，这个大家有了解过吗？网页 http://ws1158.net/productshow.php?cid=29&id=25
直接关掉ssh，再进去，任务还会在的
哦我说错了，我是用exit的。
那我试试。
A:
说白了就是给出QST2或QST3那样的输入结构，然后作为一个外部程序调用高斯来做NEB方法同时找IRC和过渡态而已。
Q:
嗯。高斯的QST2和QST3，也是可以设置中间点个数的，为什么没有NEB好呢。
A:
其实高斯里有个path关键词，也可以同时找过渡态和IRC，不过原理不同也不太好用
Q:
对的，我试过那个。
A:
我倒觉得没必要用NEB。找了TS再走一下IRC就完了。
Q:
有的TS不好找啊。
现在这个Reaction程序可贵呢。
A:
实现高斯+NEB，感觉自己写个程序也没什么难的
Q:
那个公司现在主要就是 GRRM和 Reaction plus，都是算反应的，两个程序都很贵。
A:
reaction plus价值远没GRRM高
y
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2016.04.21 03:21:36
Q:
关键词是stepsize=n
那n是多少，如何设置？
老师
A:
[图片]
Q:
老师，能给个实例呢截图吗？
A:
IRC(stepsize=20)
Q:
老师，这个值的大小与步长是正相关？
第一次用这个
不懂得多，希望老师谅解
A:
正
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2016.04.21 03:34:28
Q:
GAUSSIAN找conical point 用的什么优化方法？好像很好用的样子
A:
Reviews in Computational Chemistry, Volume 15第2章有介绍，和我MECP帖子里的基本一致
这一章的作者就是写高斯MCSCF代码的Robb
Q:
帖子？？
A:
使用MECP程序结合Gaussian程序搜索极小能量交叉点
http://sobereva.com/286
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2016.04.21 03:42:10
Q:
问一下，五月份的培训班，有人数限制吗
先到先得？
[表情]
A:
120封顶
Q:
现在有多少了？
A:
85
Q:
[表情]
A:
还有一些预定要报但还没交报名表的暂时没记入
Q:
晚上一会报个名
可以支付宝付款吧
A:
可以
Q:
恩，好哦
A:
按照以往，在报名结束还差几天的时候会突然有一堆要报名的。所以要报的话还是趁早为好，免得最终人数超了报不上。
----------------------------------------------------
2016.04.21 03:49:20
Q:
博士刚毕业，还算学生不？
A:
要是已经找到工作了就不算，还在求职可以勉强算
博士后算教师
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2016.04.21 03:51:11
Q:
请问关于双杂化泛函和普通杂化泛函的对比，有benchmark工作吗？计算量大小的对比呢？
A:
性能对比看这个Phys. Chem. Chem. Phys., 2011,13, 6670-6688
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2016.04.21 03:59:32
Q:
sob老师您好，请问一下，我用优化好的结构进行scan扫描，出现了如下错误：[图片]
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
Q:
好的，我去看看，谢谢老师
A:
扫描到一些偏离平衡构型较远的结构本身就容易不收敛
偏离平衡构型越远，体系的化学合理性就越差，就越容易不收敛
----------------------------------------------------
2016.04.21 04:07:17
Q:
sob，我刚刚发了报名表
帮我看一下吧，我好付款
A:
工作人员很快会给你回
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2016.04.21 04:41:18
Q:
[图片]请问下画（3，+3）和（3，-1）之间的键径，为啥出现临界点15-33-39这种键径？
A:
这种情况偶尔会出现的，你做一下这个平面的电子密度梯度线图就明白了。
Q:
谢谢，那这个就不能作为是H键的CP讨论吧？
A:
这个不算氢键，而且键角也太大了，从几何上一般也不当成氢键
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2016.04.21 05:02:43
Q:
SOB，我报名了，麻烦把我加入培训用的群哦
A:
已经加了啊
----------------------------------------------------
2016.04.21 05:23:20
Q:
啊对了有没有mac版的gv？
A:
无，得自己买
----------------------------------------------------
2016.04.21 05:23:28
Q:
请问，有计算传输积分的教程吗？
A:
ADF有这方面的教程，其它程序无教程
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2016.04.21 07:17:54
Q:
""为何力场一般都有1-4非键项？意义何在？Ross Walker说，可能是为了能有通用项，比如X-CT-CT-X这样的，1、4原子可以根据自己的电荷来自动“设定”出旋转势垒曲线，就不一定非要人为地设定各种组合的二面角项。"" ——sob还记得这个是出自哪里嘛……
虽然好像是有点儿强人所难的问题……sob08年写的文章
我想找到Ross Walker的原话
A:
大抵是amber mailing list
----------------------------------------------------
2016.04.21 15:09:55
Q:
一年举办几次培训？
A:
基础量化每年一到两次
还有其它的培训，见科音官网
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2016.04.21 15:41:56
Q:
大家觉得为什么有那么多DFT方法？
A:
构建思路不同，目的不同，都想尽可能找到理论或实用意义上最好的泛函
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2016.04.21 15:46:39
Q:
老师，去参加培训的话，需要带什么吗，需要带电脑吗
A:
最好带笔记本
其它的不用带
Q:
需要装高斯软件吗？
A:
需
在培训前几天会给已报名的人统一发第二轮通知，里面有需要准备什么、日程安排这些细节
----------------------------------------------------
2016.04.21 15:50:00
Q:
请问老师，暑期培训大概是什么时间啊，内容跟5月的是不是一样呢？
A:
暑假是gromacs班
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2016.04.21 16:33:11
Q:
[图片]请教老师，几何优化高斯报错，请问是什么原因呢
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
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2016.04.21 16:38:28
Q:
老师，体系的整体是七重态，片段2为七重态，另一个也一定是七重态吗
A:
当然不是。另一个为7重态，此时总体要么13重态要么为单重态
Q:
老师，还是上次的那个体系，整体七重态，片段2是七重态，片段1是一个氢封端的碳纳米管。单纯优化碳管是3态稳定，请问做CP校正的时候是不是写0 7 0 3 0 7
还是写0 7 0 1 0 7
A:
0 7 0 3 0 7
但如果结果不合理再试0 7 0 1 0 7
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2016.04.21 17:01:18
Q:
各位老师，有一个问题想请教一下，在CDA中的片段AB，一定是指的分别单独的两个分子吗，能不能把比如三个分子，其中两个分子看作一个片段，另一个分子看作一个片段来分析谈论轨道相互作用呢？
分析讨论
A:
可以
你也可以直接定义三个片段来做CDA
Q:
还想问一下，sob老师您提出来的分子间轨道重叠的计算有发表文章吗？用的时候想引用一下
A:
没有
直接引博文地址也行，是永久的。不少论文里也都有引用博客的例子
----------------------------------------------------
2016.04.21 17:12:24
Q:
请问碘原子用 SDD 或者LANL2DZ各种不收敛怎么办啊
其实我就是算一个 C6F5I 分子
然后其他的用 6-311++g（d,p）
碘院子用SDD
就是不收敛。。
A:
把弥散都去了再试
Q:
您是说把 ++去掉吗
A:
y
Q:
好屌[表情]
我现在在算这个分子的负离子
带一个负电荷的
没有++是不是不太好
A:
带弥散时不收敛先尝试用SCF=novaracc
其它方法看我上面给的解决SCF不收敛的博文
----------------------------------------------------
2016.04.21 17:50:00
Q:
MULTIWFN软件能调保存图片的像素吗？
A:
手册2.8节有说明
[图片]
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2016.04.21 18:43:04
Q:
[图片]请问下老师，NCI做出来的图一组体系中其他都正常，唯有这张图是一个空心的作用力，尝试着改multiwfn中的setting文件 RDG_maxrho= 0.05-0.1之间都无效。请问要怎么做
各位老师，想请问下，我在settings.ini里面改变参数（如RDG_maxrho= 0.05）等，但是当我打开mutiwfn.exe之后，程序仍然使用默认的参数怎么办？是哪里出了问题，谢谢@Sobereva
保存过了。。。。
[图片]
[图片]出来的图是这样的
A:
magic settings.ini保存之后重启Multiwfn才生效
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2016.04.21 19:24:27
Q:
各位老师同学，请问谁有ORCA软件包
各位老师同学，请问谁有ORCA量子化学软件包
官网下不到
[图片]
我刚找到，谢谢
[图片]请问我该下载哪一个
有几个windows的
还有几个linux的不知道到底下载哪一个
A:
[图片]
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2016.04.21 19:36:25
Q:
请教一下各位：对同一种元素aug-cc-pVTZ的弥散函数和aug-cc-pVQZ的弥散不一致，把Dunning基组的弥散部分加到Ahlrichs上面的时候，是不是把aug-cc-pVTZ的弥散加到Def2-TZVP上面？
A:
直接用aug-cc-pVTZ就完了，没必要再加到def2去
还是要注意，氢的弥散函数没什么卵用
----------------------------------------------------
2016.04.21 20:37:19
Q:
老师，对于CI有没有综述或者相关的理论文章？
你先把报名表发过去，老师会给你回复
A:
Encyclopedia of Computational Chemistry里面专门有CI一节可以看看
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2016.04.21 21:37:41
Q:
VMD 读取gromacs .trr文件里面的速度，大家有什么好的办法，推荐下，谢谢
A:
使VMD读入Gromacs产生的trr轨迹中速度信息的方法
http://sobereva.com/117
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2016.04.21 22:05:31
Q:
请教个问题，gaussian怎么优化一对手性配合物，自己调好角度优化么？
我是想优化后与DNA做对接，谢谢啦[表情]
哦哦，就是一个配合物具有手性，拆分成一个左旋，一个右旋，然后想分别优化，怎么优化？这样有意义么
A:
可以借助molclus程序形成二聚体，搜索出能量最低结合构型
genmer：生成团簇初始构型的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2369
----------------------------------------------------
2016.04.21 22:25:06
Q:
各位老师，频率优化热力学部分一直出现[图片]，重新优化结构加了tight和freq=anharmonic,也还是出现，请问应该怎么办啊？多谢@Sobereva
还有这个错误[图片]
A:
不是错误，不用管。如果想更准确考虑，做受阻转子计算，跟非谐振没关系
----------------------------------------------------
2016.04.21 22:41:00
Q:
哪位前辈有molecular electronic structure theory 这本书呢
A:
群专用邮箱里就有，见群共享。找计算化学书先搜专用邮箱，只要有电子版的里面几乎都有
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2016.04.21 22:43:53
Q:
请问下计算两性离子的电荷用那种方法比较好呢
我用的pop=nbo发现是不对的
季铵盐中的N本来是正电荷，用NBO求出的是负的
[图片]
A:
做做密度差图看看到底什么情况，Hirshfeld电荷也算算。到底带什么电荷，不要轻易凭主观决定，要看实际计算结果。
----------------------------------------------------
2016.04.22 00:34:48
Q:
请问NIST上有原子半径的参考值吗？
A:
应该没有。文献里很好查
简谈原子半径
http://sobereva.com/255
----------------------------------------------------
2016.04.22 00:35:57
Q:
能不能问一下linear response (LR) TDDFT，前面的这个LR是什么意思。。
A:
平时说的TDDFT都是LR-TDDFT，基于线性相应理论
----------------------------------------------------
2016.04.22 02:00:42
Q:
刚看了一下，Trhular做的东西，M06已经引了7400+次，SM模型是2000+次，过渡态方面的3000+次，酶促反应1000+次。总计100000+次。估计他要挂了的话也得大肆纪念一下
我有个师兄要去他们组博后了，仰望。。。。
我在想，Houk挂了后，会不会JACS编辑要哭死
话说他又发了个JACS，http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jacs.5b13304
[图片]
A:
也保不齐编辑出于情面，本身不想登上JACS的文章，看houk面子又不好拒
Q:
Houk挂了，跟编辑有什么关系？
A:
常客
----------------------------------------------------
2016.04.22 02:13:04
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
magic 用Multiwfn+VMD做RDG分析时的一些要点和常见问题
http://sobereva.com/291
此文里说了这种情况
----------------------------------------------------
2016.04.22 02:56:42
Q:
irc跑成这样，这个过渡态有问题吧？
A:
你得对搜索出来的过渡态做freq任务才能知道有没有虚频，以及根据虚频振动方向确认过渡态找没找对
----------------------------------------------------
2016.04.22 03:38:13
Q:
优化第一激发态#p opt td=(nstates=6,root=1) b3lyp/6-311++g(d,p)
scrf=(iefpcm,solvent=dichloromethane)出现下面错误
Error termination in NtrErr:
NtrErr Called from FileIO.这该怎么解决?
A:
信息量不足，传完整输出文件
#p opt td=nstates=6 b3lyp/6-311g(d,p) scrf=solvent=dichloromethane足矣
Q:
这是输出文件。
A:
bug所致，用我的关键词重算一遍
----------------------------------------------------
2016.04.22 05:15:53
Q:
[图片]老师，这个蹦的虚键在高斯view中怎样构建呢？
硼
A:
把结构画出来就完了，量化计算只看坐标，不看你在gview里怎么连的
----------------------------------------------------
2016.04.22 05:36:26
Q:
老师，在高斯的E版本里交作业，跑IRC必须要要加弱作用矫正吗？
A:
否
级别必须和你优化TS时的一致
Q:
好的
知道了，老师，谢谢
老师，跑出一个过渡态，结构合理，接着跑IRC，只能跑出正确的反应物，但跑不出正确的产物，这是为什么？说明还是过渡态不合理？
A:
看具体怎么不正确，看IRC曲线，输出文件里的提示等等
Q:
老师，IRC都全部跑完，显示Normal termination, 但其实其跑到一定步数的时候，结构就不合理了，再其基础上在优化，结构就散了，不是目标产物了
A:
减小步长，还不行再用calcall。如果还不行，过渡态大抵有问题
Q:
例如stepsize默认是10，我可以减少为5？
是吗？老师
A:
y
----------------------------------------------------
2016.04.22 05:55:36
Q:
Opt=TS requires force constants or ModRedundant
==============
requires force constants 这个我知道；如果不加calcfc，那么指定ModRedundant也可以吗？
A:
y
Q:
ModRedundant坐标就设在构成反应坐标的两个原子之间？
[图片]
这样行吗？
A:
当你不能提供初始Hessian的时候，calcfc也算不动，就写opt=(TS,modRedundant,noeigen)或者opt=(TS,gediis,noeigen)，这样找TS就不需要提供初始Hessian了
用不着定义之后B 6 7...，当前又不是柔性扫描
----------------------------------------------------
2016.04.22 06:18:57
Q:
Sob老师打扰了，想请教您，如果我有两个异构分子，想得到异构分子某些轨道的orbital overlap，用来定量判断两个轨道的相似度该怎么做呢？Multiwfn可以算intermolecular orbital overlap，但是如果两个分子是独立的该怎么办？
A:
先把分子结构尽可能摆成一致，从结构上最大程度重叠。然后再用Multiwfn主功能200的选项6去算分子间轨道重叠程度。
如果结构上都没什么相似性，谈轨道相似度也就没意义了。
----------------------------------------------------
2016.04.22 06:34:33
Q:
[图片][图片]
请教一个问题，理论上由Eoniom计算得到的能垒应该更低，我有个体系，反而由E（QM，model）计算的能垒会更低点，为什么考虑了MM的影响反而能垒还要高点。
A:
能垒高低和用不用ONIOM貌似没直接关系
Q:
我的理解，大分子催化的话，因为大分子外层对中心的贡献，可以降低反应的能垒，那么理论上应该detlaEoniom应该会比detlaE（QM）小
delta，拼写错误
A:
你用了电子嵌入了么？
Q:
先考察的是力学内嵌，电子内嵌也有做，不过趋势差不多，能垒的差值不大
A:
那索性把QM区域取大点，那些原本可能影响model区域的MM原子用混合基组给个小基组看看结果
----------------------------------------------------
2016.04.22 06:59:40
Q:
各位老师晚上好，有一个NCI结合AIM的问题想向大家请教
我欲通过读取键临界点中的sign(λ2)ρ值，来确定NCI散点图中的spike的位置
请问在Multiwfn中CP的输出文本文件中的以下部分：
Eigenvalues of Hessian: 0.1136423970E+01 -0.1062921550E+01 -0.9536997559E+00
其中的值-0.1062921550E+01就是我们所需要的sign(λ2)吗？
谢谢各位老师了
也就是第二个本征值的迹？
A:
应该看-0.9536997559E+00的符号，这是第二大本征值。
迹是对矩阵而言的。
Q:
请问老师，看它的符号是什么意思，有点不太理解
A:
是正是负
Q:
那如此例是负的话，sign(λ2)就是-0.9536997559E+00吗？
A:
是-1
Q:
噢~受教了，谢谢老师，那如果符号是正呢？
A:
数值是正sign(lambda2)就是+1，数值为负就是-1
----------------------------------------------------
2016.04.22 07:19:23
Q:
老师们好，请教一个问题。我计算结果出现这种[图片]，算是计算成功吗？
只有两个YES
我看小木虫上，说是至少前两个YES出现，才算计算成功。
A:
基本算
----------------------------------------------------
2016.04.22 07:21:28
Q:
sob老师 Multiwfn_3.3.9
较3.3.8新增功能了吗
A:
看首页的update history
----------------------------------------------------
2016.04.22 08:13:23
Q:
请教一个问题，用IRC=LQA关键词走出来的路径准吗？有几个作业，用这个关键词走出来的路径感觉图像怪怪的
[图片]
A:
一般还是可以用的。对于验证TS对不对完全没问题，如果想让IRC曲线本身更精准，用更小步长，或结合calcall为宜
Q:
谢谢，因为这个TS用calcall走IRC还是报错，后来加了LQA总算是跑出来了，但看着曲线感觉有点怪。请教一下sob老师，这个LQA的原理和普通的走步有什么区别，感觉加了这个关键几乎肯定能跑出来IRC
A:
LQA的时候同时用calcall，会让曲线比LQA时更精准
LQA主要是不像默认的HPC方法那样做重校正步，重校正步容易不收敛
Q:
好的，谢谢sob，是不是一般能不加lqa还是不要加了？一般irc报错的原因大多来源于TS结构不够准确？
A:
也不是，HPC算法本身也不理想，重校正步太容易不收敛了。
或者改用g03默认的GS2也可以，应该比LQA更精准，也不涉及做重校正步，不过缺点是比较慢
----------------------------------------------------
2016.04.22 16:39:39
Q:
暂时还没有，今天有可能在上海举办一届
今年
A:
待定，八字没一撇
能否搞到合适的场地都还难说
Q:
什么时候培训？
A:
待定
----------------------------------------------------
2016.04.22 17:08:22
Q:
老师，我的IRC计算分析只往一边走，怎么办？[图片]
A:
过渡态定位不准
Q:
那就得重新再找一个过渡态吗？
A:
用原先的过渡态结构结合calcfc乃至calcall继续优化保证其定位更准确，并确认虚频方向无误
----------------------------------------------------
2016.04.22 17:18:10
Q:
请问做oniom的opt 出现原子离的太近的错误是怎么回事？[图片]
A:
看结构判断
----------------------------------------------------
2016.04.22 17:23:09
Q:
老师假设我想做溶剂下和气相下某个分子的密度差，用的结构都是气相的，此时这种密度差是不是准确的说是“非平衡溶剂下”的密度差？
A:
不是一码事，和用什么结构无关
Q:
用气相结构在计算性质时加上PCM；和直接液相优化完液相计算性质这两种计算处理，前者算不算是不合理的呢？
A:
只要气相和溶液下结构相差小就不算
大多数情况都相差很小
Q:
那如果BLA来衡量结构差，一般BLA差多少可以接受呢？老师
A:
在VMD中计算RMSD衡量两个结构间的几何偏差
http://sobereva.com/290
用文中的方法，把气相和溶液下优化的结构对在一起，看不出太明显偏差就行
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2016.04.22 17:41:48
Q:
大神，计算pop=nboread,最后不产生.31~.40文件[图片][图片][图片]
含有过渡金属Cr
A:
看末尾有什么提示
Q:
[图片]末尾就是这个，然后就没有了，停止了
A:
换个路径试试
----------------------------------------------------
2016.04.22 17:51:50
Q:
[图片]
结构优化的能量曲线向上走，最低点的结构是从之前的优化拿出来的，有两个yes，有什么好办法吗？
A:
calcfc or calcall
Q:
看来只能用这个了，体系比较大，200多个金属原子，又要慢死了。
A:
要么尝试gdiis+小步长
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2016.04.22 17:57:01
Q:
[图片]老师，在定义原子属于哪个哪个片段时，坐标系里面没有原子编号，怎么区分原子属于哪一个片段？或者原子较多时，怎批量划分原子片段？@Sobereva
A:
可借用gview的edit-atom group界面定义fragment
----------------------------------------------------
2016.04.22 19:15:34
Q:
老师在计算过渡态时，如何体现温度对反应路径的影响，我记得在高斯计算中，温度和压力不考虑。
A:
本身就没法提现
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2016.04.22 20:40:12
Q:
[图片][图片][图片]老师，我是用图一的方法来算的，但是输出结果中偶极矩，振子强度都为零，这是不是意味着跃迁禁阻？
A:
不考虑旋轨耦合显然因自旋多重度改变而跃迁禁阻
----------------------------------------------------
2016.04.22 22:50:22
Q:
sob老师您好，请问multiwfn能否将cube文件转换为pdb或者xplor格式
A:
能，用主功能100里选项2的子选项1
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2016.04.22 23:37:22
Q:
sob老师，您好！按您早上说的来计算[图片]得到α轨道和β轨道是对应的是完全一样的，这说明这种直接加mix的方法不可行是吗？需要分成不同的片段来计算吗？
@Sobereva
A:
到底有没有对称破缺不是看这个，是看自旋密度或自旋布居，或者<S**2>也能体现
----------------------------------------------------
2016.04.22 23:37:47
Q:
波函数稳定性测试结果显示： The wavefunction has an RHF -> UHF instability.这是什么意思？应该怎么解决？
A:
自旋多重度设的不对或者开壳层是基态但你用闭壳层算了
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2016.04.23 00:10:59
Q:
请问一下，色散作用在巨大分子优化时，重要嘛？还是不重要？有什么影响呢
A:
很重要
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2016.04.23 00:29:06
Q:
请教一下，做分子轨道相互作用图的时候，出现了如下错误，因为我复合物用的是混合基组，片段一用的TZVP，片段二是金属U只能用SDD等赝势基组，但会造成基函数总数不一致，这种情况怎么处理呢[图片]
A:
所有计算都加上5d 7f再试
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2016.04.23 00:40:15
Q:
Sob老师，你看我这个分法是否合适？谢谢啦[图片]
A:
可以
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2016.04.23 00:40:15
Q:
我用mix命令算出来以后，最后得到的J值太大了，有1200多！]
A:
关键词怎么写的？
Q:
#p rb3lyp/6-31g(d) guess=(only,fragment=4) geom=connectivity
[图片]
A:
我是指优化O-O键那个问题
Q:
关键词。。。
好吧
A:
[图片]
Q:
老师，刚刚没有看到，o-o键那个关键词是这样的[图片]
A:
关键词没问题。结果是多少就是多少，甭管gview里是否显示成键
Q:
那我这个这样可以吗？
A:
可以
Q:
sob老师，那我按这个#p ub3lyp/6-31g(d) guess=(only,fragment=4) geom=connectivity算好之后，是否还需要[图片]按这个走一遍优化呀？（有晶体结构了）
A:
高斯那个例子搞得太复杂。
如果你想谨慎点，可以stable测一下波函数是否稳定
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2016.04.23 00:40:15
Q:
请问老师，跑opt+freq,如何设置步长减小？
A:
opt(maxstep=x,notrust)，x小于默认的30
Q:
好的，老师
设置的x越小越好吗？
老师，我的IRC 跑到正常结束，但是进一步优化时，结构却出错了，这样的话，我减小步长能解决吗？
IRC也是合理的产物结构
A:
当然不能太小，否则优化需要的步数太多
Q:
好的
老师
谢谢
#p opt(maxstep=20,notrust) freq b3lyp/6-311+g(d,p) scrf=(cpcm,solvent=dmso)
empiricaldispersion=gd3bj 老师，这样写对吗？
A:
对
----------------------------------------------------
2016.04.23 01:06:00
Q:
请问 qm cluster 和 qm/mm model 这两个基本概念有什么区别？
A:
前者仅是指挖出来一坨做QM计算，后者还考虑把外环境以MM描述
----------------------------------------------------
2016.04.23 01:29:12
A:
--------Markdown Markdown--------
看你用什么程序。用Multiwfn还是cubegen。后者通过设export GAUSS_MEMDEF解决，诸如2000000000代表2GB
[图片]
Q:
用Multiwfn在电脑可以弄就是太卡了，用cubegen服务器还是可以轻松应对。
用GV的话，完全就死了，根本打不开
A:
除了经典是，multiwfn计算比cubegen快得多得多
Multiwfn同样可以在linux服务器下运行，利用并行，速度比cubegen快N倍乃至一个数量级
除了静电势
所以除了静电势，把cubegen彻底忘了吧！
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2016.04.23 01:29:54
Q:
老师，请问如果是是BSSE只做单点的话怎么考虑零点校正呢？是做优化和频率计算出考虑了零点校正的能量，在减上BSSE的校正值就可以吗？多谢了
A:
BSSE是对计算相互作用能而言的，你不算相互作用能就甭管BSSE
Q:
老师，计算键能也不需要吗？看到一个资料说加上这个计算考虑基组的背景值
A:
算键能根本不需要考虑BSSE
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2016.04.23 01:31:13
Q:
老师那能理解为温度压力是影响不了路径只能影响速率？
A:
对
Q:
好的谢谢老师！
A:
[图片]
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2016.04.23 01:35:30
Q:
sob老师好~您在CDA的计算中提到过不要使用弥散函数
那比如说我做的是弱相互作用体系，是不是可以理解为在能量的计算中弥散函数比较重要，但是在CDA中的影响却不是很大，所以比如我在计算能量时使用的是aug-cc-pVDZ，而在做CDA计算中可以用cc-pVDZ也能获得合理的结果
A:
对
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2016.04.23 01:36:37
Q:
老师，您好！我在投稿的过程中，有的期刊要求讨论方法和基组的uncertainty。请问这些数据应该如何得到呢？谢谢老师。
A:
计算化学里根本没这个概念，量化结果是可重复的
那都是对做实验的人要求的
Q:
[图片] 可是他这里确实是这么写着呢
A:
你就说说这些计算方法的精度大致如何就完了
瞎要求
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2016.04.23 01:47:59
Q:
请教下谁有oniom方法步骤例子
请教下谁有oniom方法步骤例子
A:
不要发两遍！
高斯官网的白皮书里就有oniom例子
仔细看提示，理解提示的含义
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2016.04.23 01:49:36
Q:
请问一下，做轨道相互作用图时出现了超过100%的百分比是什么原因呢[图片]而且命令窗口也提示这[图片]这怎么解决呢
A:
显著超过100%应该是输入文件严重有问题，比如没用nosymm使坐标一致等等
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2016.04.23 01:52:43
Q:
sob老师，那我按这个#p ub3lyp/6-31g(d) guess=(only,fragment=4) geom=connectivity算好之后，感觉有问题！是否还需要设置stable？
A:
是
你可以stable测一测
标题行前头要有空行
Q:
sob老师，那我按这个#p ub3lyp/6-31g(d) guess=(only,fragment=4) geom=connectivity stable=opt运行也出现了上面的问题！我是否应该把only去掉？谢谢！
A:
去掉
否则光产生初猜不实际计算
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2016.04.23 02:21:57
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
第二届基础量化培训报名人数100人达成！
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2016.04.23 02:43:51
Q:
请教大神们一个问题，高斯计算中零点能矫正Zero-point correction是在势能面最底点能量的基础上增加了hv呢还是1/2hv呢？
A:
1/2hv
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2016.04.23 04:46:05
Q:
请问sobereva老师，我在linux系统下用Multiwfn做DOS图，总是直接就停止了[图片]
用windowns做的时候，在读fchk文件的时候就直接闪退了，怎么办好？@Sobereva
A:
linux那个情况是因为你在纯文本界面运行的Multiwfn，没法启动GUI
闪退是fchk文件本身有问题
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2016.04.23 05:36:59
Q:
sob老师，在做开壳层结构的CDA分析时，您之前教的是先选择片段1，再选择片段2是否翻转自旋，但是在3.3.8版本中[图片]，根据提示是问是否翻转复合物的电子自旋，请问应该如何选择？
A:
复合物不用翻
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2016.04.23 06:28:48
Q:
Completed ONIOM-Assigned Molecule
看了oniom里的例子有这样句话Remove the hydrogen atom that was just placed into the high layer by selecting it and then placing it in the Medium layer.
不知道是啥意思
有谁做过ONIOM
请教下
A:
不用管那个，只要把层划分成了实际情况就完了
PS：群内发言字号不要超过12
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2016.04.23 06:42:59
Q:
[图片]我想研究Ti-O化学键的性质与Ti-Cl的区别，请教老师，可以做哪些分析？谢谢老师
A:
ELF、键级、AIM等
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2016.04.23 07:27:56
Q:
为何Multiwfn自动生成的计算ICSS的Gaussian输入文件中，加入geom=connectivity删除所有键的原因是什么？
（抱歉打了个病句）
A:
让输入文件得以正常运行
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2016.04.23 08:49:55
Q:
[图片]
请问sob老师，要研究这个大分子在gas phase 和liquid phase，我们预期的结构分别都是什么啊。还有就是用什么方法呢
A:
什么叫预期的结构？
具体想算什么？
Q:
我是研究这个gas phase和liquid phase的结构区别
就是我们猜想的structure是什么样的
A:
这个很难去描述
此体系分子柔性极高，无论是气相下还是液相下都有大量构象
Q:
solvation effect怎么描述呢
那您觉得什么方法去研究比较好
A:
如果要比较气相和液相下能量最低结构，相对可行的做法是做分子动力学结合molclus程序实现，见此文的例子使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=577
Q:
那您觉得他的气象结构和液相结构会一样吗
您觉得B3LYP能行吗
A:
肯定不一样
而且更确切来说，不是说结构一样不一样，而是看两种状态下构象分布有什么区别
柔性分子不适合用单一结构来说事
必须加色散校正
Q:
那您觉得要是B3LYP—D行吗，还是您有更好的想法
为什么要加入色散校正呢
A:
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
不考虑色散校正显然用B3LYP描述不了链之间的色散作用，结果明显不对
B3LYP-D3可
Q:
如果不考虑dipersion effect，那是不是会有qulitative error
A:
会
Q:
还有什么别的坏影响吗
A:
还能有什么？
势能面描述不对，和势能面相关的一切性质都不对
Q:
我能不能说色散可以lower energu barrier
A:
你又不研究反应
Q:
嗯，也对的
还是刚才那个大分子
我还有个问题麻烦老师
研究single point用的是HF－6－31G（的）
6-31G（d）
maximum number of one electron intergral是多少
A:
问这个干嘛？
Q:
我们老师要我们知道
我又不太会
A:
而且没有one electron integral这种说法，说也是single-electron integral
问这个毫无意义，计算瓶颈又不在单电子积分上
Q:
那应该是single－electron intergral
还是有two－electron integral
A:
而且单电子积分又分很多种，核吸引势积分、动能积分、偶极矩积分等等，没有前提根本没法说
而且还得看具体是什么分子
双电子积分数目是(N^4)/8个。N是基函数数目。
Q:
就是这个分子
[图片]
那是说单分子积分没法算吗？
A:
单电子积分量化程序能算
要算多少单电子积分不说清楚具体干什么没法说，问这个也毫无意义
Q:
那dimension of HF secular matrix呢
A:
N*N
Q:
也是看函数数目的对嘛
A:
y
Q:
您还有怎么算这个大分子的函数数目的方法吗
A:
写个相应的高斯输入文件，计算一开始就告诉你
Q:
carbon是15，p是19
问题在于我不会写高斯输入文件
哎
C66H126N2O19P2，我手算也是可以的吧？就是按照carbon是15，p是19
把他们乘起来
A:
可以
Q:
那个单分子积分就不能手算了，对吗？
[图片]
如果给出的是sp2 carbon 和 adjacent sp3 carbon 的atomic charge区别是0.05
您觉得这个区别算是significant吗
A:
最基本的HF计算要算三种电子积分：动能积分、重叠积分、核吸引势积分。第一个是N*N个，后两种都是N(N+1)/2个。
如果再要干别的还要涉及其它单电子积分。
有一点区别
Q:
区别显著吗
A:
看你研究什么，这是相对问题
Q:
我们教授问我这个0.05算是物理上的显著区别吗
我也觉得有些问题有点囧
A:
刚才说错了，动能积分也是N(N+1)/2个
显著不显著没前提没法说。
5000块钱和7000块钱，对于富人不显著，对于穷人可显著了
Q:
也就是说，三个基本的都是N(N+1)/2
那我可不可粗略的说单电子积分最大值是3*N(N+1)/2
A:
何故说最大值？
应该说至少也得算这么多
诸如要顺便算个体系偶极矩还得算偶极矩积分
----------------------------------------------------
2016.04.23 20:42:22
Q:
请问，内坐标和笛卡尔坐标怎么转换？
谢谢
A:
用gview就完了，保存成笛卡尔还是内坐标自行选择，也可以直接在gview里的atom editor里面看内坐标和笛卡尔坐标
Black° 高斯手册里Constructing Z-Matrices一节有关于z-matrix的格式说明
----------------------------------------------------
2016.04.24 03:21:25
Q:
请问老师，怎么在gaussview里看输出文件的优化后能量走势？
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2016.04.24 04:24:45
Q:
菜鸟求助:请问log文件可以画IR吗？具体要怎么操作呢？
A:
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224
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2016.04.24 04:37:11
Q:
我这里不能够打开科音的主页，其他地方的朋友能不能看到？
A:
能打开
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2016.04.24 05:26:56
Q:
请问老师，高丝的，有机物氧化怎么算，直接加一个氧原子么？
A:
徒氧化物该是什么结构就画什么结构
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2016.04.24 15:41:07
Q:
SOb老师，我以前算BSSE的时候，校正能会直接输出在summary 中，现在summary输出的能量怎么和计算文本文件校正能不一样？这个能量是什么？
A:
哪个能量？截个图
Q:
[图片][图片]
老师，这个校正能和summary中输出的一样
A:
这是校正后的能量，不叫“校正能”
Q:
哦哦
[图片][图片]
这个计算的校正后的能量和summary中的怎么不一样了?
最后summary输出的能量是什么能量啊？
A:
gview判断问题
这种事直接看输出文件，甭管gview
Q:
哦哦，好的，谢谢老师
老师那个sum of monomers[图片]
这个能量加和，是不是你说两个片段能量的和啊？
A:
意义不明
Q:
[图片]
就是是不是校正后的能量，减去sum of monmers 就是相互作用能？
A:
是
Q:
还是要在输出文件中分别读取2个片段的能量，然后再用校正后的能量减去它
A:
你就直接读complexation energy...(corrected)不就完了
还自己算什么
Q:
那老师sum of monmers，就等于[图片]，这个两个片段的能量加和吗？
A:
那就是两个片段在自己基组下的能量和
这个截图和当前话题无关
Q:
以前一直自己算的，因为以前高斯03以前没看到输出complexation energy...(corrected)不就完了，这次09算的看到有输出了
不是校正后的能量-两个片段在自己基组下的能量和=相互作用能么？我理解错了么？
A:
没错啊
Q:
[图片]，[图片]
A:
[图片]
[图片]
Q:
老师，算出的两个片段的加和，sum of monmers略微有些差异，这两个理论上是一样的吧？
A:
那是你读数据之类的问题。看我幻灯片，一模一样
----------------------------------------------------
2016.04.24 17:20:01
Q:
[图片]这是优化200步的IRC，可以认为它已经达到稳定点了吗？
A:
没到
Q:
达到稳定点是什么状态？
老师
那我应该把步数继续加多？
A:
曲线接近水平，下面的受力曲线接近于0
加不加看你目的，有不是非得走到极小点
Q:
[图片]
这是受力的
主要是我用IRC 的最后一个结构去优化，结构跑散了
我也不知道咋办了
昨天您说建议我继续加多步数，是吧？
A:
看体系特征、IRC轨迹，不要光看曲线之类盲目去搞，要结合化学直觉。可能体系本身就是互斥的，即便IRC继续跑下去一样会散
诸如B3LYP优化个Ar2二聚体自发就会散
----------------------------------------------------
2016.04.24 17:58:12
Q:
报名回执是什么？
不是发邮件加群就可以了吗？
A:
就是报名表
----------------------------------------------------
2016.04.24 18:03:11
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
本次培训礼品之一：鼠标垫。手感极好
[图片]
----------------------------------------------------
2016.04.24 18:14:21
Q:
我要对优化出来的基态进行频率分析，关键词直接写#p b3lyp/6-31g(d) freq
这样可以吗
A:
可
----------------------------------------------------
2016.04.24 19:05:00
Q:
今天SCI-HUB.IO不行啊
不能下载了
A:
很奇怪怎么老有人说sci-hub不能用。夜里刚下了约10篇
----------------------------------------------------
2016.04.24 21:23:25
Q:
大家知道MELD这个程序吗
A:
MELD是davidson搞的很老的计算CI的程序，现在很少有人用
----------------------------------------------------
2016.04.25 00:36:07
Q:
sob老师您好，我按gaussian上计算反铁磁作用时[图片]，JOB2已经走完，波函数[图片]已经稳定了（跟教程里面有点不一样），所以，当我进行JOB3的时候就出现错误了。输入关键词是#p b3lyp/3-21g opt=readfc geom=allcheck guess=read
，出现这样的错误：[图片][图片]，这是为什么啊？谢谢！
我的具体操作是：把JOB2产生的chk文件改成JOB3，然后直接运行，就出现错误了。
好的，谢谢老师！我是否要把结构先优化一遍？但是我又担心优化以后我的结构会变成反铁磁的（晶体测磁性显示为铁磁性）。
A:
那个教程太罗嗦，就按这个算就完了：
谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态
http://sobereva.com/82
你要想计算铁磁性状态，那你就在高自旋下优化就完了。要计算反铁磁状态，就在对称破缺态下优化。
可以直接初猜啊
----------------------------------------------------
2016.04.25 01:17:58
Q:
请教一下，默认是gfrotran，我怎么改为默认为ifort呀？
[表情]
A:
看你具体用什么命令编译什么。比如很多程序在configure这一步，后面接FC=ifort就可以用ifort编译器
----------------------------------------------------
2016.04.25 01:32:44
Q:
老师好，我用# opt=(calcfc,ts,noeigen) freq b3lyp/6-31g(d) nosymm geom=connectivity从一个初猜结构优化到过渡态，优化是正常结束了，但是打开频率一看，唯一的一个虚频其振动位置并不在设想的反应坐标上，请问，这是不是优化失败了？应该怎么解决这个问题呢？
A:
过渡态没找对，修改初猜
----------------------------------------------------
2016.04.25 03:40:26
Q:
老师您好，请问催化剂能否改变有机物的反应路径？
A:
能
Q:
催化剂不是不参与化学反应么
我以为只能降低活化能呢
谢谢老师
A:
降低活化能正是通过修改反应路径实现的，走势垒低的另外的路径
----------------------------------------------------
2016.04.25 04:20:19
Q:
请教一下各位老师，charmm和amber力场在模拟肽链的分子行为时有没有优势或区别？charmm力场是否因其参数关系更趋向于β折叠片层分布？
A:
看你用什么具体力场版本。目前最新的amber还是不错的，没什么倾向性问题。
----------------------------------------------------
2016.04.25 05:33:10
Q:
老师，[图片]，是不是这种局域磁矩全部为正的团簇就具有文献里面说的[图片]，这样啊？
A:
恩
----------------------------------------------------
2016.04.25 05:51:54
Q:
那我这种铁磁的初猜的话，就是初猜对称性破缺态？高自旋态是直接按晶体结构直接做高自旋还是按高自旋优化结构啊？
A:
取晶体结构，在高自旋设定下优化结构
铁磁性初猜显然不是对称破缺态，对称破缺对应反铁磁性，这里说了
谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态
http://sobereva.com/82
----------------------------------------------------
2016.04.25 05:53:04
Q:
老师，这个体系Co原子的局域磁矩很大，可是PDOS图上费米能级处却是Au原子的态密度值较大，我在文献上看到有提到分态密度值较大的对体系磁矩贡献大，是不是我理解错了呢？[图片][图片]
A:
这跟费米能级处PDOS大小没关系。要看参与自旋极化的程度。图中明显Co的PDOS对称性最低
----------------------------------------------------
2016.04.25 06:21:38
Q:
在高自旋设定下优化结构那只得到了Ehs，那Ebs的话对应的是哪个态下的能量呢？是直接不用优化得到的低自旋的那个能量吗？谢谢
A:
Ebs你也得先优化对称破缺态的几何结构再算它的能量
Q:
那就是说我先按片段组合波函数算好对称性破缺态，然后在把这个对称性破缺态优化才能得到我要的Ebs，然后在高自旋设定下优化结构得到Ehs，对吗？谢谢老师
A:
没有先后关系
取晶体结构，用高自旋自旋多重度设定直接opt就得高自旋结构和能量能量
取晶体结构，用0 1结合guess=mix opt（或利用片段组合波函数等）优化对称破缺态，就得对称破缺态结构和能量
----------------------------------------------------
2016.04.25 16:25:37
Q:
[图片]
[图片]老师，改成0 7 0 1 0 7后，还是不对劲
A:
小分子是N重态，你整个体系就在N重态下优化，然后看看自旋密度分布。看看单电子是还是在小分子上，还是有很多都跑到碳纳米管了。如果还是在小分子上，那就在N重态下优化。然后用整体能量减去处于复合物结构下的单重态碳纳米管和N重态小分子能量，算出来相互作用能肯定是负值，即能量下降。
先甭去管counterpoise。先用常规方式，即整体减片段算对了再说。
----------------------------------------------------
2016.04.25 16:46:02
Q:
请教各位老师，[表情]怎么计算分子内HOMO和LUMO轨道的重叠密度啊？
A:
没有所谓的“重叠密度”这个概念
你要想衡量重叠程度，可以用Multiwfn主功能100里的选项11，可以计算两个轨道的模在全空间的重叠积分
----------------------------------------------------
2016.04.25 16:52:16
Q:
整体就是不对的，我先用新基组重新计算色散校正后的能量吧，谢谢老师先
对了老师，有没有可能是该构型并不是最稳定的点，可能有虚频呢？
A:
可能性不大。虽然你也可以做做振动分析看看
Q:
额，不用赝势，感觉计算量大了
老师，这次培训，能把赝势讲得详细一点吗？
A:
所有东西讲得都会极为详细。只不过去年暑期班由于只有三天这部分一带而过而已，不过实际上讲义上写得挺详细的。
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2016.04.25 17:01:48
Q:
请教各位一个问题，用mmGBSA算两个复合物的结合自由能，在数值上相差多少以上，会在实验上有体现？
A:
这个很难说，本来实验结合自由能和MMGBSA的结果就有一定偏差，而且不是系统性的。既可能MMGBSA结果差不多，但实验有差异；也可能MMGBSA结果有一定差异，但实验差异不显著
Q:
那岂不是，MMGBSA的意义。。。
何在？
A:
但还是有一定相关度的。
建议你看看此文J. Chem. Inf. Model. 2011, 51, 69–82
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2016.04.25 17:14:34
Q:
请问一下，高斯怎么并行运算，就是一次用很多核计算。@Sobereva
调什么？
A:
直接设 %nproc=核数就完了
Q:
老师这个是在Linux系统下才能这样设置并行吗？
A:
什么系统都这样
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2016.04.25 17:21:18
Q:
老师，Sadlej POL和Sadlej HYPOL的基组在基组库里怎么没找到呢？
只是找到了Sadlej PVTZ
A:
Sadlej pVTZ就是Sadlej POL
Sadlej HYPOL可以根据原文Chemical Physics Letters 297 , 1998. 391–401想办法定义
Q:
[表情]好，谢谢老师，看来得学学定义基组，还有一个Sadlej+是什么呢
A:
EMSL上的Sadlej+是Casida等人计算里德堡激发态的时候，在Sadlej POL基础上增加弥散函数后的结果，只定义了C、H、O、N，都是给s增加了两层弥散函数，p、d增加了一层弥散函数（H没有d也不给它加d）。
Q:
Sadlej PVTZ这个基组可以用来计算超极化率吗
A:
凑凑合合
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2016.04.25 17:31:03
Q:
请教老师，hot band transition热带跃迁怎么理解呢？@Sobereva
A:
[图片]
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2016.04.25 17:37:18
Q:
请教老师，molden文件可以用multiwfn得到键长键角数据吗?
A:
载入molden文件后，进主功能100里的选项2，可以导出pdb、.xyz、.gjf等格式，你之后再用gview或VMD量一下就行了
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2016.04.25 18:08:50
Q:
请教一下大家，金属原子U用SDD基组正常优化完成，.chk文件打不开，显示[图片]，该怎么解决呢
.chk
A:
如果遇到什么alpha轨道能错误而无法打开chk/fch文件，先将chk转换为fch文件，然后用文本编辑器打开fch文件，看看里面的Number of basis functions和Number of independent functions是否一致。如果不同，将independent改成independant
[图片]
Q:
Sob老师，fch能打开了，但chk还是打不开
A:
打开fch不就够了
gview会自动先调用formchk把chk转换成fch再打开。直接打开chk你在中途没机会去改字段
Q:
老师，我是要用用gausview看原子的各个轨道图，用fck提醒数据不全看不了，得用chk
A:
靠fch绝对能看
要么就用Multiwfn看
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269
Q:
我用fch的时候出现[图片]
A:
用Multiwfn就完了
cubegen碰上邪乎的fch文件算不成MO格点数据
载入Multiwfn前用不着手动修改fch文件，比gview机智
Q:
主要是Multiwfn中跟gview中，轨道序号似乎不一致，我用Multiwfn看，15和16号轨道是前线分子轨道，用gview看，18,19号就成前线分子轨道了
A:
Multiwfn里序号绝对正确
Q:
是因为我计算的时候加5d,7f的原因吗，老师
A:
若心有顾忌，在multiwfn里显示所有轨道能量，跟高斯输出文件一对就完了
跟那没关系
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2016.04.25 18:36:52
Q:
恩恩，明白了，谢谢老师[表情]
老师，还有一个小问题[图片]这显示Dinfh是什么意思呢
A:
D∞h
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2016.04.25 19:01:33
Q:
[图片]老师，优化结果出现这种错误怎么解决呢？
A:
上传输出文件
cam-b3lyp哪能用来优化这个，色散作用完全描述不了
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2016.04.25 19:07:16
Q:
老师，我也经常遇到这个错误，您帮我看看我的输出文件
A:
不一码事
输入文件有毛病
Q:
大概是哪方面的问题呢
A:
格式
Q:
哦哦，我再看看
老师我还有个问题，请问我计算TinMo团簇，n=1-7，发现对称性除了n=2,5,其他的都是C1，会不会有问题呢
A:
未必有问题
该没对称性就没对称性
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2016.04.25 19:23:07
Q:
请问高斯可以计算分子的孔径吗
A:
gview里直接量
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2016.04.25 19:23:30
Q:
老师好，我在扫描过程中发现，能量过最高点之后，急剧下降，且伴随着构象的剧烈变化。
[图片]
请问，过渡态是不是就在剧烈下降的这个过程中的某个构象？
A:
你可以用最高点当初猜试试。
往往说明在这个点之后优化结果收敛到接近产物的那头。最好看看具体扫描出来的结构
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2016.04.25 19:35:46
Q:
请问Sobereva老师，我在做反应速率时，加上Eck隧穿效应，反应速率图有拐点，这个是错误的还是说有别的什么原因？[图片] 谢谢！
A:
估计是数值问题
Q:
数值问题？？是指过渡态有问题吗？
A:
数值问题=程序实现数值算法时候的问题
写信给作者
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