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标题: CP2K跑MD盒子大小的问题 [打印本页]

作者
Author: chands 时间: 2022-7-25 14:40
标题: CP2K跑MD盒子大小的问题
各位老师，我要用CP2K跑几个MD，要加两个方向或三个方向的周期性边界条件。网上一些资料说CP2K设盒子不能太小，否则基函数会超出盒子边界，导致计算出问题。请问盒子至少要多大才行？如果开OT（orbital transformation)，好像也要对盒子大小有要求，翻了OT的文章，没有提及盒子大小的问题。发帖求助。请问是否有相关资料。

我知道cutoff和relative cutoff可以自己测试一下，如果要测试盒子大小的影响，如果操作？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-26 03:01
真空区最小需要多大，和体系特征（尤其是基函数指数、电子的弥散程度）有很大关系
可以做个能量随真空层厚度的收敛性测试，取能令能量收敛的厚度

作者
Author: chands 时间: 2022-7-26 08:41

sobereva 发表于 2022-7-26 03:01
真空区最小需要多大，和体系特征（尤其是基函数指数、电子的弥散程度）有很大关系
可以做个能量随真空层厚 ...

谢谢！如果只有一个方向有真空区，其他方向是纯液态PBC，或者三个方向都是液态PBC，如何测试？

作者
Author: k64_cc 时间: 2022-7-26 09:18
带周期性的部分没有边界问题，不带的才要考虑，具体自己调吧，有边界问题的时候SCF会给warning

作者
Author: chands 时间: 2022-7-26 09:20

k64_cc 发表于 2022-7-26 09:18
带周期性的部分没有边界问题，不带的才要考虑，具体自己调吧，有边界问题的时候SCF会给warning

谢谢，我是否可以理解为，不带PBC的方向，在盒子边缘波函数要接近零，所以才有边界问题？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-26 15:46

chands 发表于 2022-7-26 08:41
谢谢！如果只有一个方向有真空区，其他方向是纯液态PBC，或者三个方向都是液态PBC，如何测试？

仅需要对不考虑对称性但又设了真空区以定义平面波计算所用的盒子的那个方向，才需要做测试

作者
Author: chands 时间: 2022-7-26 15:57

sobereva 发表于 2022-7-26 15:46
仅需要对不考虑对称性但又设了真空区以定义平面波计算所用的盒子的那个方向，才需要做测试

谢谢。我知道不考虑PBC的方向要加真空区，否则出问题。请问加真空区的原因什么能详细说一下吗？

作者
Author: LaplaceL 时间: 2022-7-26 17:35
老师构建的晶体模型做MD一定得建真空层吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-26 18:03

chands 发表于 2022-7-26 15:57
谢谢。我知道不考虑PBC的方向要加真空区，否则出问题。请问加真空区的原因什么能详细说一下吗？

因为CP2K用平面波当辅助基组，注定得设置盒子才能用平面波基函数。在非周期性方向，真空区没有或者太小的话，都等于错误地截断了电子密度

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-26 18:03

LaplaceL 发表于 2022-7-26 17:35
老师构建的晶体模型做MD一定得建真空层吗？

不

作者
Author: LaplaceL 时间: 2022-7-26 20:08

sobereva 发表于 2022-7-26 18:03
不

好的，看了老师回复其他人的我也明白了

作者
Author: JCenter 时间: 2025-3-5 20:09

sobereva 发表于 2022-7-26 15:46
仅需要对不考虑对称性但又设了真空区以定义平面波计算所用的盒子的那个方向，才需要做测试

老师，看您前面的表述：1.如果做三维周期性的FPMD（pbe搭配MOLOPT系列基组），是不是就不需要考虑盒子大小测试问题。只有对非周期性方向才做盒子大小测试，或者说真空区高度测试。
2.此外，FPMD中还需要进行截断能测试吗，一般大体系（550-1000+）的FPMD比较耗时，很少有人做FPMD的CUTOFF测试，我看都是计算能量时才进行CUTOFF测试。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-6 02:17

JCenter 发表于 2025-3-5 20:09
老师，看您前面的表述：1.如果做三维周期性的FPMD（pbe搭配MOLOPT系列基组），是不是就不需要考虑盒子大 ...

1 看具体测试指什么目的。真空区厚度的收敛性测试显然对于本质是周期性方向上是无意义的

2 一般根据基组的最大高斯函数指数判断就够了，一般不需要测试

作者
Author: JCenter 时间: 2025-3-6 13:47

sobereva 发表于 2025-3-6 02:17
1 看具体测试指什么目的。真空区厚度的收敛性测试显然对于本质是周期性方向上是无意义的

2 一般根据基 ...

感谢卢老师

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