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标题: 求助vasp计算的时候怎样设置让过程不在终端输出 [打印本页]

作者
Author: Jalyn 时间: 2022-7-25 15:47
标题: 求助vasp计算的时候怎样设置让过程不在终端输出
请问可不可不把vasp计算时候的一些输出在终端上的东西放在一个文件里后台运行的那种要不然vasp一开始计算就没法做别的事情了

作者
Author: 含光君 时间: 2022-7-25 16:31
本帖最后由含光君于 2022-7-25 16:35 编辑

装队列系统写提交脚本交任务，以openPBS为例，qsub提交脚本就好咯
脚本内容参考：

#!/bin/sh
#ulimit -s unlimited
#PBS -l nodes=1:ppn=56
source /opt/intel/oneapi/setvars.sh
cd $PBS_O_WORKDIR
mpirun -np 56 vasp_std > run.log

或者在命令前加 nohup，提交命令变成
nohup mpirun -np 56 vasp_std &
也可以不输出过程信息

作者
Author: 876449830 时间: 2022-7-25 16:34
nohup vasp.sh &

vasp.sh:
#!/bin/bash

mpirun -np 48 vasp_std > run.log

作者
Author: Jalyn 时间: 2022-7-25 17:37

含光君发表于 2022-7-25 16:31
装队列系统写提交脚本交任务，以openPBS为例，qsub提交脚本就好咯
脚本内容参考：

能解释一下脚本里写的这些写东西的意思吗

作者
Author: Jalyn 时间: 2022-7-25 17:38

Jalyn 发表于 2022-7-25 17:37
能解释一下脚本里写的这些写东西的意思吗

可以解释下不？不太明白

作者
Author: 含光君 时间: 2022-7-25 18:59

Jalyn 发表于 2022-7-25 17:38
可以解释下不？不太明白

可以参考一下这贴子5#
http://bbs.keinsci.com/thread-7044-1-1.html

作者
Author: Jalyn 时间: 2022-7-26 15:17

含光君发表于 2022-7-25 18:59
可以参考一下这贴子5#
http://bbs.keinsci.com/thread-7044-1-1.html

[xufeng2@swarm02 co2c]$ nohup vasp.sh &
[3] 3265683
[2] Exit 139 mpirun -np 56 vasp
这种结果是什么情况呢

作者
Author: watfros 时间: 2022-7-26 15:30

Jalyn 发表于 2022-7-26 15:17
[xufeng2@swarm02 co2c]$ nohup vasp.sh &
[3] 3265683
[2] Exit 139 mpirun -np 56 ...

这个错误得具体看一下错误信息，你可以发一下

作者
Author: Jalyn 时间: 2022-7-26 15:58

watfros 发表于 2022-7-26 15:30
这个错误得具体看一下错误信息，你可以发一下

就是这样的我输入提交命令之后就出来这个回车之后自己出现了/project/xufeng2/software/vasp/compilers_and_libraries_2020.0.139/linux/mpi/intel64/bin/mpirun: line 103: 3248563 Segmentation fault (c

作者
Author: 初夏浅草 时间: 2022-7-26 16:09
原理差不多，但是不同的系统略有不一样吧。如果用PBS、Slurm等任务调度系统，就可以设置直接后台运行。如果你直接在本机上运行的话，就像楼上说的，命令后面加上&符号，就可以在后台运行，加上”> run.log“可以输出日志文件

作者
Author: Jalyn 时间: 2022-7-26 16:12

初夏浅草发表于 2022-7-26 16:09
原理差不多，但是不同的系统略有不一样吧。如果用PBS、Slurm等任务调度系统，就可以设置直接后台运行。如果 ...

那Slurm任务调度系统怎么在后台设置呢

作者
Author: Jalyn 时间: 2022-7-26 16:16
本帖最后由 Jalyn 于 2022-7-26 16:17 编辑

我还尝试了这种的脚本如图第二张所示用sbatch job 倒是可以提交计算但是用squeue查看任务进度发现运行时间一直不变这是为甚麽呢如第一张图所示

作者
Author: 初夏浅草 时间: 2022-7-26 16:38

Jalyn 发表于 2022-7-26 16:12
那Slurm任务调度系统怎么在后台设置呢

这是自己的集群？

作者
Author: Jalyn 时间: 2022-7-26 16:54

初夏浅草发表于 2022-7-26 16:38
这是自己的集群？

学校的集群

作者
Author: 初夏浅草 时间: 2022-7-26 17:07

Jalyn 发表于 2022-7-26 16:54
学校的集群

如果是学校的集群（集群用的slurm系统），建议你问一下管理员提交任务，感觉你这个不太对。而且你之前说运行的时候一直是运行过程界面，怀疑你是不是没有提交，而是直接在节点上运行的

作者
Author: Jalyn 时间: 2022-7-26 17:22

初夏浅草发表于 2022-7-26 17:07
如果是学校的集群（集群用的slurm系统），建议你问一下管理员提交任务，感觉你这个不太对。而且你之前说 ...

我之前是没有脚本直接就在要计算的文件下输vasp就进行计算了

作者
Author: Jalyn 时间: 2022-7-26 17:24

初夏浅草发表于 2022-7-26 17:07
如果是学校的集群（集群用的slurm系统），建议你问一下管理员提交任务，感觉你这个不太对。而且你之前说 ...

我之前是没有建立脚本直接在要计算的文件下输入vasp 就计算了

作者
Author: 含光君 时间: 2022-7-26 17:30

Jalyn 发表于 2022-7-26 15:17
[xufeng2@swarm02 co2c]$ nohup vasp.sh &
[3] 3265683
[2] Exit 139 mpirun -np 56 ...

你把我和3楼的回答看混了吧..

作者
Author: Jalyn 时间: 2022-7-26 17:36

含光君发表于 2022-7-26 17:30
你把我和3楼的回答看混了吧..

我两个都试了几次但错误好像一致

作者
Author: 含光君 时间: 2022-7-26 17:45

Jalyn 发表于 2022-7-26 17:36
我两个都试了几次但错误好像一致

那就在你原来用的命令前加 nohup 后加 & 试试看呢

作者
Author: Jalyn 时间: 2022-7-26 17:55

含光君发表于 2022-7-26 17:45
那就在你原来用的命令前加 nohup 后加 & 试试看呢

请教一下根据学校队列系统的版本写脚本的话具体操作方法是什么呀我自己模仿的另一个脚本编写如图二这个是对的吗虽然能提交上去但是查看任务进度的时候运行时间却一直都没有变化这是什么原因呢图是job脚本的内容和提交的命令

然后我在最开始没有脚本的命令前加nohup且后面加&输出的结果如图一

作者
Author: 含光君 时间: 2022-7-26 19:22

Jalyn 发表于 2022-7-26 17:55
请教一下根据学校队列系统的版本写脚本的话具体操作方法是什么呀我自己模仿的另一个脚本编写如图二这个 ...

啊我这里不用slurm，你可以Google自学一下。
图一输出没有问题，后台已经在跑了，ctrl+C就可以接着干别的了

作者
Author: Jalyn 时间: 2022-7-26 20:15

含光君发表于 2022-7-26 19:22
啊我这里不用slurm，你可以Google自学一下。
图一输出没有问题，后台已经在跑了，ctrl+C就可以接着干别 ...

好的好的感谢谢

作者
Author: abin 时间: 2022-7-26 20:31
PD状态，是没有跑……
在处于某种等待状态。
具体使用
scontrol show job就可以查询到。

另，所有的集群，都是高度定制的。

使用之前，为何不看使用手册？

如果没有使用手册？这玩意能通过验收？

作者
Author: 阿司匹林泡腾片 时间: 2022-7-26 20:37
试试这个：nohup mpirun -np 核数 vasp_std&

作者
Author: Jalyn 时间: 2022-7-26 20:43

abin 发表于 2022-7-26 20:31
PD状态，是没有跑……
在处于某种等待状态。
具体使用

那请问使用scontrol show job之后说的是找到我提交的任务是这样显示的这是什么意思呢

作者
Author: Jalyn 时间: 2022-7-26 20:51

阿司匹林泡腾片发表于 2022-7-26 20:37
试试这个：nohup mpirun -np 核数 vasp_std&

输出的结果也是ignoring input and appending output to ‘nohup.out’

作者
Author: abin 时间: 2022-7-26 21:24

Jalyn 发表于 2022-7-26 20:43
那请问使用scontrol show job之后说的是找到我提交的任务是这样显示的这是什么意思呢

如文字所述.
详细解释, 查阅slurm手册.
或者你们自己的使用手册.

作者
Author: Jalyn 时间: 2022-7-26 21:43

abin 发表于 2022-7-26 21:24
如文字所述.
详细解释, 查阅slurm手册.
或者你们自己的使用手册.

好的谢谢

作者
Author: 阿司匹林泡腾片 时间: 2022-7-27 21:46

Jalyn 发表于 2022-7-26 20:51
输出的结果也是ignoring input and appending output to ‘nohup.out’

这个时候敲一下回车就行，之后top一下看看任务有没有在算

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