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标题: 求助，请问gromacs能把trr轨迹文件转化为xyz坐标文件吗 [打印本页]

作者
Author: 小柏桐 时间: 2022-7-25 19:53
标题: 求助，请问gromacs能把trr轨迹文件转化为xyz坐标文件吗
请问gromacs能把trr轨迹文件转化为xyz坐标文件吗，后续一些分析需要xyz坐标文件，目前使用的是VMD把trr文件转化为.xyz文件,想了解一下gromacs能转换吗？

作者
Author: lyj714 时间: 2022-7-25 19:57
本帖最后由 lyj714 于 2022-7-25 20:47 编辑

虽然gromacs可以拓展vmd插件，前提是先安装vmd，然后编译gromacs的时候让gromacs找到vmd的插件库.so文件，然后gromacs就可以支持vmd能读的轨迹了。所以原理上还是必须要有vmd。不过貌似写轨迹还不支持。
另外就是自己写C程序了，懂得自然简单。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-26 03:06
也没什么必要非得避免用VMD
如果是嫌在VMD图形界面里手动操作麻烦，也可以通过文本方式令VMD运行脚本，脚本里通过VMD的命令行载入trr和保存xyz

作者
Author: 小柏桐 时间: 2022-7-26 09:25

sobereva 发表于 2022-7-26 03:06
也没什么必要非得避免用VMD
如果是嫌在VMD图形界面里手动操作麻烦，也可以通过文本方式令VMD运行脚本，脚 ...

谢谢老师

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