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标题: Gromacs GPU加速版是默认GPU加速的吗？租服务器的话，是不是更看重GPU性能。 [打印本页]

作者
Author: free3hao 时间: 2022-7-26 12:43
标题: Gromacs GPU加速版是默认GPU加速的吗？租服务器的话，是不是更看重GPU性能。
本帖最后由 free3hao 于 2022-7-26 12:45 编辑

各位大佬，我在http://sobereva.com/458上下载了2020.6 CUDA GPU加速版，然后用Gromacs跑混合脂双分子层的分子模拟，20ns的模拟竟然跑了快四天，可能是计算机配置不行吧，并且log文件（附件添加）里也只有粒子-粒子相互作用（PP），没有涉及到粒子网络埃瓦尔德（PME），这样做合理吗？据说脂双分子层的平衡需要50-100ns，用现有的计算机要跑一个月，所以准备租学校超算中心的服务器，但是服务器又分CPU和GPU的，是不是选择更多核数的GPU更好呢？
Computing:       Num Num    Call Wall time       Giga-Cycles
                  Ranks Threads  Count    (s)       total sum %
-----------------------------------------------------------------------------
Neighbor search       1 8    250001 7989.246    256168.881 2.7
Launch GPU ops.       1 8 10000001 3051.015    97828.411 1.0
Force                1 8 10000001 39768.218 1275136.620  13.5
Wait GPU NB local    1 8 10000001  169186.861 5424843.616  57.3
NB X/F buffer ops.    1 8 19750001 11333.200    363390.159 3.8
Write traj.          1 8    4325    91.689    2939.945 0.0
Update                1 8 10000001 10311.993    330645.947 3.5
Constraints          1 8 10000001 22079.303    707955.478 7.5
Rest                                     31553.475 1011737.359  10.7
-----------------------------------------------------------------------------
Total                                  295365.000 9470646.416 100.0
-----------------------------------------------------------------------------

            Core t (s) Wall t (s)       (%)
   Time:  2362920.000 295365.000    800.0
                     3d10h02:45
               (ns/day) (hour/ns)
Performance:       5.850       4.102
Finished mdrun on rank 0 Thu Jul 21 13:39:42 2022

作者
Author: CruiseBend 时间: 2022-7-26 13:42
你可以看参考论坛一个哥们的benchmark，一般10w个原子的lipid bilayer，我用20核+2张2080ti可以跑到88ns一天

作者
Author: EdwardLimit 时间: 2022-7-26 14:49
你查下log文件，里面GPU support那一栏会告诉你有没有用到GPU，看你这速度，大概率是没有。

作者
Author: 含光君 时间: 2022-7-26 19:33
看log文件貌似是用自己电脑跑的模拟吧，当前这个配置跑这么大体系确实跑不快。
要是租超算建议看看这个帖子，里面讲得很详细。
http://bbs.keinsci.com/thread-13861-1-1.html

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