计算化学公社

标题: CALYPSO软件介绍以及地址 [打印本页]

作者
Author: jiewei 时间: 2016-4-25 21:07
标题: CALYPSO软件介绍以及地址
软件地址： http://www.calypso.cn/

目前使用CALYPSO发表的SCI论文已高达260多篇，其中包括 Nature Chem, Nature Commun, PRL等
CALYPSO (Crystal structure AnaLYsis by Particle Swarm Optimization) is an efficient structure prediction method and its same-name computer software. The approach requires only chemical compositions for a given compound to predict stable or metastable structures at given external conditions (e.g., pressure), thus the CALYPSO package can be used to predict/determine the crystal structure and design the multi-functional materials (e.g., superhard). The CALYPSO package is protected by the Copyright Protection Center of China with the registration No. 2010SR028200 and classification No. 61000-7500.

WHAT IS THE FEATURE?

Predictions of the energetically stable/metastable structures at given chemical compositions and external conditions (e.g., pressure) for clusters, 2D layers, surfaces, and 3D crystals.
Design of novel functional materials, e.g., superhard materials.
Options for the structural evolutions using global or local PSO.
Structure searches with automatic variation of chemical compositions.
Structure predictions with fixed cell parameters, or fixed space groups, or fixed molecules.
CALYPSO is currently interfaced with VASP, CASTEP, Quantum Espresso, GULP, SIESTA and CP2K codes. The interface with other total energy codes can also be implemented by users' request.

Major Techniques Employed

The success of CALYPSO method is on account of the integration of several major techniques:
Structural evolution through PSO algorithm. PSO is best-known for its ability to conquer large barriers of energy landscapes by making use of the swarm intelligence and by self-improving structures. Both global and local PSO algorithms have been implemented. The global PSO has the advantage of fast convergence, while local PSO is good at avoiding premature convergence and thus enhance the capability of CALYPSO in dealing with more complex systems.
Symmetry constraints during structure generation to reduce searching space and enhance the structural diversity.
Structural characterization techniques to eliminate similar structures, define nonflying areas, enhance searching efficiency, and divide energy surfaces for local PSO searching.
(i) bond characterization matrix technique
(ii) atom-centered symmetrical function technique
Introducing new structures per generation with controllable percentage to enhance structural diversity.
Interface to a number of local structural optimization codes varying from highly accurate DFT methods to fast semiempirical approaches that can deal with large systems. Local structural optimization enables the reduction of noise of energy surfaces and the generation of physically justified structures.

作者
Author: 我本是个娃娃 时间: 2016-4-25 21:30
马琰铭组现在搞一篇JACS越来越容易了，随随便便的算一个结构，与预期吻合就可以见刊了。
感觉你的这些文字都是在维基上扒下来的，感觉挺简略

作者
Author: jiewei 时间: 2016-4-26 09:42

我本是个娃娃发表于 2016-4-25 21:30
马琰铭组现在搞一篇JACS越来越容易了，随随便便的算一个结构，与预期吻合就可以见刊了。
感觉你的这些文字 ...

官网复制部分内容过来的

作者
Author: 我本是个娃娃 时间: 2016-4-26 09:58

jiewei 发表于 2016-4-26 09:42
官网复制部分内容过来的

看来CALYPSO大有赶超VASP的趋势

作者
Author: sobereva 时间: 2016-4-26 10:06

我本是个娃娃发表于 2016-4-26 09:58
看来CALYPSO大有赶超VASP的趋势

不一类的。就像GRRM接高斯等程序做全路径搜索，CALYPSO接VASP等程序做晶体结构预测。GRRM、CALYPSO这样的程序实现搜索算法，而高斯、VASP之类程序提供这些算法所需要的能量、受力、Hessian。

作者
Author: 我本是个娃娃 时间: 2016-4-26 10:17

sobereva 发表于 2016-4-26 10:06
不一类的。就像GRRM接高斯等程序做全路径搜索，CALYPSO接VASP等程序做晶体结构预测。GRRM、CALYPSO这样的 ...

哦，那就应该说CALYPSO要做第一性原理的Multiwfn

作者
Author: sobereva 时间: 2016-4-26 10:25

我本是个娃娃发表于 2016-4-26 10:17
哦，那就应该说CALYPSO要做第一性原理的Multiwfn

也不一样。第一性原理也有很多专门的波函数分析程序，比如LOBSTER

作者
Author: 我本是个娃娃 时间: 2016-4-26 10:31

sobereva 发表于 2016-4-26 10:25
也不一样。第一性原理也有很多专门的波函数分析程序，比如LOBSTER

娃娃才疏学浅，不及老师万分之一

作者
Author: 物理小笨 时间: 2016-4-27 20:06
本帖最后由物理小笨于 2016-4-27 20:09 编辑

我本是个娃娃发表于 2016-4-26 09:58
看来CALYPSO大有赶超VASP的趋势

calypso是结构预测软件，是用来进行结构预测的。它和vasp的关系，说的简单一点，就是为了生成能量最低最合理的一系列vasp的初始结构POSCAR文件，然后在进行相关的计算。当然，calypso不止能和vasp连用，还可以和gaussain、SIESTA、GULP、PWSCF、CASTEP、CP2K、DFTB+、LAMMPS等联合使用，是一款比较强大的结构预测软件。目前马琰铭课题组的相当一部分精英还在从事calypso的开发，而且用户也在逐年上升，vasp的官网上都有相关的链接和介绍，估计有望和世界上主流的结构预测软件拼一拼！

作者
Author: 我本是个娃娃 时间: 2016-4-27 20:12

物理小笨发表于 2016-4-27 20:06
calypso是结构预测软件，是用来进行结构预测的。它和vasp的关系，说的简单一点，就是为了生成能量最低最 ...

吉林大学只有于吉红和马琰铭能撑场面了

作者
Author: 物理小笨 时间: 2016-4-27 20:18

我本是个娃娃发表于 2016-4-27 20:12
吉林大学只有于吉红和马琰铭能撑场面了

差不多吧！有一些老院士，不过基本告别科研一线了。于吉红已经评上院士了，就等着马琰铭能早日评上院士了。不过说来也奇怪，正常马琰铭的水平和文章早都够院士水平了，不过一直没有参评，也不知为啥。

作者
Author: 我本是个娃娃 时间: 2016-4-28 18:29

物理小笨发表于 2016-4-27 20:18
差不多吧！有一些老院士，不过基本告别科研一线了。于吉红已经评上院士了，就等着马琰铭能早日评上院士了 ...

马琰铭现在是长江，离院士只有一步之遥了。估计过了45就可以直接晋升院士了

作者
Author: wxy 时间: 2016-4-28 23:52
本帖最后由 wxy 于 2016-4-29 11:13 编辑

看起来似能做构象搜索，不清楚能否用于小分子有机物？

作者
Author: 物理小笨 时间: 2016-5-4 19:46

我本是个娃娃发表于 2016-4-28 18:29
马琰铭现在是长江，离院士只有一步之遥了。估计过了45就可以直接晋升院士了

你说的真轻松啊！

作者
Author: 我本是个娃娃 时间: 2016-5-5 10:03

物理小笨发表于 2016-5-4 19:46
你说的真轻松啊！

你看看一些水院士，有几个可以和马琰铭掰手腕的？

作者
Author: hlmkh 时间: 2016-5-11 13:29
please download link

作者
Author: 物理小笨 时间: 2016-5-12 15:17

我本是个娃娃发表于 2016-5-5 10:03
你看看一些水院士，有几个可以和马琰铭掰手腕的？

即使有实力的院士，马琰铭老师跟他们比也不落下风。但是制度上的问题漏洞，根本没办法解决。sob的讲义上也提到了，有很多人已经评上了比中科院更高级别的院士，但还不是中科院的院士，这种事实你否定不了。我只希望马老师能快速评上院士。但是路漫漫......不会像你想的那么容易的，娃娃就是个娃娃啊！

作者
Author: 我本是个娃娃 时间: 2016-5-12 15:32

物理小笨发表于 2016-5-12 15:17
即使有实力的院士，马琰铭老师跟他们比也不落下风。但是制度上的问题漏洞，根本没办法解决。sob的讲义上 ...

评上院士，属于锦上添花

作者
Author: 物理小笨 时间: 2016-5-12 17:17

我本是个娃娃发表于 2016-5-12 15:32
评上院士，属于锦上添花

是的！

作者
Author: 我本是个娃娃 时间: 2016-5-12 17:46

物理小笨发表于 2016-5-12 17:17
是的！

作者
Author: zyj19831206 时间: 2016-5-18 18:38

sobereva 发表于 2016-4-26 10:25
也不一样。第一性原理也有很多专门的波函数分析程序，比如LOBSTER

sob,请问下这个lobster软件是不是可以跟所有的第一性原理计算的软件连用，有没有网址介绍。

作者
Author: sobereva 时间: 2016-5-18 21:05

zyj19831206 发表于 2016-5-18 18:38
sob,请问下这个lobster软件是不是可以跟所有的第一性原理计算的软件连用，有没有网址介绍。

可以结合VASP和abinit用
http://schmeling.ac.rwth-aachen.de/cohp/index.php?menuID=6

作者
Author: weizheng007 时间: 2017-8-4 16:36

物理小笨发表于 2016-4-27 20:06
calypso是结构预测软件，是用来进行结构预测的。它和vasp的关系，说的简单一点，就是为了生成能量最低最 ...

请问，您说的世界上主流的结构预测软件具体指那些软件？

作者
Author: get-it 时间: 2017-8-6 09:25

weizheng007 发表于 2017-8-4 16:36
请问，您说的世界上主流的结构预测软件具体指那些软件？

一般是说USPEX

作者
Author: muxijiao 时间: 2017-8-6 22:12

sobereva 发表于 2016-4-26 10:25
也不一样。第一性原理也有很多专门的波函数分析程序，比如LOBSTER

社长，那么第一性原理的波函数分析软件还有哪些呢？我现在只知道一个periodic NBO哎╮(╯▽╰)╭

作者
Author: sobereva 时间: 2017-8-6 22:36

muxijiao 发表于 2017-8-6 22:12
社长，那么第一性原理的波函数分析软件还有哪些呢？我现在只知道一个periodic NBO哎╮(╯▽╰)╭

Lobster，还有一些乱七八糟的基于密度格点数据做分析的，critic、Bader等等

作者
Author: 南晓 时间: 2022-1-6 15:23
请问我想建立不同大小的金属硫化物团簇，可以用CALYPSO对不同大小团簇结构进行预测吗

作者
Author: KevinLee 时间: 2022-1-6 15:55
马抄uspex都不知道了？

作者
Author: hubiyun 时间: 2022-8-26 10:17
请问calypso支持Linux Ubuntu系统吗？能否商用？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-8-26 11:28

hubiyun 发表于 2022-8-26 10:17
请问calypso支持Linux Ubuntu系统吗？能否商用？

支持，一般来说，支持Linux，就不区分具体哪个发行版。
能否商用：问错地方了，这里的人说了不算数，要问开发组http://www.calypso.cn/cdg/

作者
Author: hubiyun 时间: 2022-8-26 13:08

zjxitcc 发表于 2022-8-26 11:28
支持，一般来说，支持Linux，就不区分具体哪个发行版。
能否商用：问错地方了，这里的人说了不算数，要 ...

好的，谢谢您。

作者
Author: e-Lis 时间: 2025-12-22 10:11

wxy 发表于 2016-4-28 23:52
看起来似能做构象搜索，不清楚能否用于小分子有机物？

同问，是否能预测孤立分子

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