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标题: amber计算density的报错 [打印本页]

作者
Author: Abandon-fmt 时间: 2022-7-27 10:48
标题: amber计算density的报错
各位老师好，在计算amber到第三步density的时候，出现这个报错Ewald parameters:
   verbose =    0, ew_type =    0, nbflag  =    1, use_pme =    1
   vdwmeth =    1, eedmeth =    1, netfrc  =    1
   Box X =  104.330 Box Y =  135.990 Box Z =  114.217
   Alpha = 90.000 Beta  = 90.000 Gamma = 90.000
   NFFT1 =  108    NFFT2 =  128    NFFT3 =  120
   Cutoff= 8.000 Tol =0.100E-04
   Ewald Coefficient =  0.34864
   Interpolation order = 4
| ERROR: the combination ntb != 0, ntp != 0, ifbox == 0 is not supported!
Input errors occurred. Terminating execution.

in信息如下：
heat ras-raf
&cntrl
  imin=0,irest=1,ntx=5,
  nstlim=25000,dt=0.002,
  ntc=2,ntf=2,
  cut=8.0, ntb=2, ntp=1, taup=1.0,
  ntpr=500, ntwx=500,
  ntt=3, gamma_ln=2.0,
  temp0=300.0, ig=-1,
  ntr=1, restraintmask=':1-242',
  restraint_wt=2.0,
/

已经读取到了box的角度和长度信息，为什么还会有the combination ntb != 0, ntp != 0, ifbox == 0 is not supported!这样的报错？
请问大家应该如何解决？

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2022-7-27 15:11
我复制了你的输入文件随便找了个体系测试没有出现错误信息

作者
Author: Abandon-fmt 时间: 2022-7-27 16:23

Frozen-Penguin 发表于 2022-7-27 15:11
我复制了你的输入文件随便找了个体系测试没有出现错误信息

那可能是因为我的体系电荷不对？

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2022-7-27 23:14
错误信息说ifbox==0，就是没有使用周期性边界条件，ifbox在prmtop文件中，具体格式见https://ambermd.org/FileFormats.php#topology
%FLAG POINTERS %FORMAT(10i8) 下面的第3行第8个就是IFBOX，在tleap中用了solvatebox就是1，用solvateoct就是2，都没有用过就是0，可以根据需要手动改成1或者2

作者
Author: Abandon-fmt 时间: 2022-7-28 10:26

Frozen-Penguin 发表于 2022-7-27 23:14
错误信息说ifbox==0，就是没有使用周期性边界条件，ifbox在prmtop文件中，具体格式见https://ambermd.org/F ...

恩恩好的，谢谢老师！

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