计算化学公社

标题: gaussian优化成功但结构变形严重 [打印本页]

作者
Author: XYHhhh 时间: 2022-7-27 11:09
标题: gaussian优化成功但结构变形严重
老师好，我用vesta切割了一个小的钙钛矿结构，经过Gaussian优化后，结构发生了很大变化是什么原因。而且我只有用PBE可以优化成功，用B3LYP就报错L502。输入文件和前后结构对比如下。

作者
Author: chands 时间: 2022-7-27 11:40
当然会变形，因为你原来的结构是有N多晶胞的晶体，现在只有一个晶胞了，连受力都不一样，比如晶胞顶点上的Pb原子，在晶体里是受到各个方向的静电力，现在明显不是了。然后你的电荷和自旋似乎也有问题。这个估计要用第一性原理的软件做，用周期性边界条件。

作者
Author: XYHhhh 时间: 2022-7-27 16:28

chands 发表于 2022-7-27 11:40
当然会变形，因为你原来的结构是有N多晶胞的晶体，现在只有一个晶胞了，连受力都不一样，比如晶胞顶点上的P ...

好的，我试试，谢谢您

作者
Author: ionexchangeC 时间: 2022-7-27 23:18
不推荐离子晶体用算孤立体系的量化软件计算

作者
Author: XYHhhh 时间: 2022-7-28 09:21

ionexchangeC 发表于 2022-7-27 23:18
不推荐离子晶体用算孤立体系的量化软件计算

你好，我原本是想算孤立体系的，所以用vesta切割了晶面

作者
Author: 乐平 时间: 2022-7-28 10:16

XYHhhh 发表于 2022-7-28 09:21
你好，我原本是想算孤立体系的，所以用vesta切割了晶面

这是概念上的错误。
用 VESTA （或者其他工具）切割了晶面得到的结果依旧是周期性的体系。

我们之所以能用少量的原子来计算或者模拟晶体（表面），是因为晶体（表面）是具有周期性或者称为平移对称性。换句话说，我们可以用少量的原子搭建的模型经过在空间中移动一定的距离（晶面间距）获得与搭建模型一模一样的结构，从而使得搭建的模型在空间中充满。这就是周期性的意义。

再回想一下，用 VESTA（或者别的可以显示晶体结构的工具）打开 cif 文件的时候，你能看到将模型围起来的边框。这个边框就是周期性盒子，或者代表晶胞（超胞）。

结合课堂上的知识：
位于晶胞（超胞）顶点的原子是不是被周围八个相邻的晶胞（超胞）共享？
位于晶胞（超胞）棱上的原子是不是被周围四个相邻的晶胞（超胞）共享？
位于晶胞（超胞）面上的原子是不是被周围两个相邻的晶胞（超胞）共享？

所以，不要只看到边框里显示的原子，而是要时时刻刻想到还有周围无限延伸的没显示出来的具有周期性的原子。

正是因为上述原因，如果你想计算孤立体系，而边界上的（或者说线框上的）原子实际上是和相邻原子有相互作用的（或者说有化学键）。因此，你在作为孤立体系计算的时候需要将边界上的原子进行化学键饱和处理。这样才是孤立体系。

作者
Author: XYHhhh 时间: 2022-7-28 15:45

乐平发表于 2022-7-28 10:16
这是概念上的错误。
用 VESTA （或者其他工具）切割了晶面得到的结果依旧是周期性的体系。

谢谢老师，受教了

作者
Author: XYHhhh 时间: 2022-8-22 10:32

乐平发表于 2022-7-28 10:16
这是概念上的错误。
用 VESTA （或者其他工具）切割了晶面得到的结果依旧是周期性的体系。

老师，请问如何对孤立体系进行化学键饱和处理？

作者
Author: yuyangzap 时间: 2022-9-8 11:08
用vasp算，gaussian算不了

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)