计算化学公社

标题: amber第一步Min中途断掉应该怎么解决？ [打印本页]

作者
Author: Abandon-fmt 时间: 2022-7-27 19:07
标题: amber第一步Min中途断掉应该怎么解决？
各位老师好，在跑Amber的第一步的时候，任务自己就中断了，out文件就到如下：
3.  ATOMIC COORDINATES AND VELOCITIES
--------------------------------------------------------------------------------

default_name
begin time read from input coords =    0.000 ps

Number of triangulated 3-point waters found: 32705

   Sum of charges from parm topology file = 0.00135022
   Forcing neutrality...

| Dynamic Memory, Types Used:
| Reals          2339973
| Integers       2758407

| Nonbonded Pairs Initial Allocation: 16825096

| GPU memory information (estimate):
| KB of GPU memory in use:       0
| KB of CPU memory in use:       0

--------------------------------------------------------------------------------
4.  RESULTS
--------------------------------------------------------------------------------

in文件是：
Minimize
&cntrl
  imin=1,
  ntx=1,
  irest=0,
  maxcyc=2000,
  ncyc=1000,
  ntpr=100,
  ntwx=0,
  cut=8.0,
/

请问这个问题出在哪儿呢？

作者
Author: 阿志 时间: 2022-7-28 08:15
好像是缺个 ntb=1，定容条件

作者
Author: Abandon-fmt 时间: 2022-7-28 10:20

阿志发表于 2022-7-28 08:15
好像是缺个 ntb=1，定容条件

我加上ntb=1，还是一样的结果

作者
Author: 阿志 时间: 2022-7-28 19:20

Abandon-fmt 发表于 2022-7-28 10:20
我加上ntb=1，还是一样的结果

试试这个过程，我是仿照这个来的。
https://blog.csdn.net/qq_3395388 ... 74765-null-null.142^v35^new_blog_fixed_pos&utm_term=%E5%B0%8F%E5%88%86%E5%AD%90%E9%85%8D%E4%BD%93%E7%9A%84%E5%88%86%E5%AD%90%E5%8A%A8%E5%8A%9B%E5%AD%A6%E6%A8%A1%E6%8B%9F&spm=1018.2226.3001.4187

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