计算化学公社

标题: FCclasses 3正式发布 [打印本页]

作者
Author: pwzhou 时间: 2022-7-28 08:52
标题: FCclasses 3正式发布
昨天收到作者发来的邮件，正式版本已发布，填个表格就可以下载了。
可以计算振动分辨的吸收，发射，双光子吸收，共振拉曼，以及内转换速率和系间窜跃速率等。

Dear friends and collegues,you are receiving this message because you already got in the past months a beta release of FCclasses 3We are now happy to announce you that the new version of FCclasses3 has been released and can be downloaded at the websitehttp://www.iccom.cnr.it/en/fcclasses/We hope you will find it useful.Thank you for your interest in our work and your support.Fabrizio Santoro and Javier Cerezo

作者
Author: 风起~ 时间: 2022-7-28 09:35
本帖最后由风起~ 于 2022-7-28 09:45 编辑

我预感有大佬要出FCclasses3教程了

MOMAP是不是要少很多用户了？

作者
Author: 树独Comche 时间: 2022-7-28 11:43
坐等大佬出教程。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-28 20:31
不容易。
但愿IC和ISC计算功能好用，就解决大问题了

作者
Author: Novice 时间: 2022-7-29 09:04
本帖最后由 Novice 于 2022-8-1 09:22 编辑

sobereva 发表于 2022-7-28 20:31
不容易。
但愿IC和ISC计算功能好用，就解决大问题了

已安装，test例子覆盖挺全（包含IC和ISC），都通过了，不过不清楚和实验对应如何。但是我发现好像不能并行计算？还发现在ubuntu20.04里面（没有使用conda) fcc_analyzer_PyQt5.py不能正确使用（也可能我没找到方法），静等社长或者大佬测评一下

，再出个教程。
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补充：在win10下python3.10能正常使用 fcc_analyzer_PyQt5.py，可能是Ubuntu 20.04的问题

作者
Author: ShangChien 时间: 2022-7-29 13:48
简单贴两张手册里的功能简介，计算模式还是很多的，希望大家多多使用反馈！
(, 下载次数 Times of downloads: 44) (, 下载次数 Times of downloads: 48)

作者
Author: Novice 时间: 2022-7-29 14:24
本帖最后由 Novice 于 2022-8-1 09:18 编辑

ShangChien 发表于 2022-7-29 13:48
简单贴两张手册里的功能简介，计算模式还是很多的，希望大家多多使用反馈！

请问您是开发人员吗？想问一下计算振动分辨吸收/发射时输出的振动能级对应的跃迁信息列表在哪里呢？我没有找到，手册也没有看到相关信息。但是看analyzer可视化窗口中好像应该有相关信息。
---------
答案补充：在GitHub上问了开发人员，得到的回复是TI计算（method=TI）才能得到相关文件和信息，试了下的确是这样的。

作者
Author: ShangChien 时间: 2022-7-30 16:06

Novice 发表于 2022-7-29 14:24
请问您是开发人员吗？想问一下计算振动分辨吸收/发射时输出的振动能级对应的跃迁信息列表在哪里呢？我没 ...

您误会了

，只是由衷的希望开源软件越来越好，在做光谱相关计算的应用（打工人使用mmp），所以一直保持关注。

作者
Author: xuhj199508 时间: 2022-11-18 11:12
FCclasses3的介绍文章前两天刚出，感觉在光物理层面的计算可以完全替代mmp了。doi.org/10.1002/jcc.27027

作者
Author: tianmafei 时间: 2023-4-24 08:59
老师好！我想请教一个问题，在tests中计算IC的例子中，文件nac_C102_S1min是作什么用途的？

作者
Author: pwzhou 时间: 2023-4-24 09:13

tianmafei 发表于 2023-4-24 08:59
老师好！我想请教一个问题，在tests中计算IC的例子中，文件nac_C102_S1min是作什么用途的？

在S1态结构下S0和S1态之间的非绝热耦合矩阵元，这个Gaussian在优化S1结构的时候会自动输出在chk文件中，可以通过如下命令直接生成：gen_fcc_dipfile -i filename.fchk -nac （把filename.fchk替换成你真实的fchk文件名即可）。这个软件其实很简单，正常用Gaussian优化完基态和激发态结构，然后用gen_fcc_state -i xx-s0-opt-freq.fchk和gen_fcc_state -i xx-s1-opt-freq.fchk生成state文件，然后用gen_fcc_dipfile -i filename.fchk -nac这个生成dip文件，剩下的按照例子里面的模板计算即可，有些参数的调整可以看看JCP和JCC上的文献。

作者
Author: tianmafei 时间: 2023-4-29 07:35
本帖最后由 tianmafei 于 2023-4-29 07:48 编辑

老师您好！我有个问题不太懂，想请您指导一下。先谢谢啦！FCclasses 3编译时，需要lapack库和fftw3库。我的机子上安装了cp2k，里面有openblas库，scalapack库和fftw3.3.10库。FCclasses 3需要的lapack库和这个openblas中的lapack库一样吗？

作者
Author: pwzhou 时间: 2023-5-1 20:30

tianmafei 发表于 2023-4-29 07:35
老师您好！我有个问题不太懂，想请您指导一下。先谢谢啦！FCclasses 3编译时，需要lapack库和fftw3库。我的 ...

一样

作者
Author: 超限制抱怨 时间: 2023-7-24 10:09

pwzhou 发表于 2023-5-1 20:30
一样

老师，想问一下这软件可以绘制瞬态光谱嘛

作者
Author: pwzhou 时间: 2023-7-24 10:29

超限制抱怨发表于 2023-7-24 10:09
老师，想问一下这软件可以绘制瞬态光谱嘛

看说明书应该是没这个功能

作者
Author: xm.liu 时间: 2023-9-7 20:52

pwzhou 发表于 2023-4-24 09:13
在S1态结构下S0和S1态之间的非绝热耦合矩阵元，这个Gaussian在优化S1结构的时候会自动输出在chk文件中， ...

您好，请问您有没有遇到过按照步骤算出的IC为负数的情况，算了好几个分子，有一个分子的IC为负数，这种情况有什么好办法吗？

作者
Author: kekexili_08 时间: 2023-10-28 14:14
FCclasses3, 官网申请给的链接无法下载（该文件过期或已删除）。
可否给个可下载的链接？多谢。

作者
Author: pwzhou 时间: 2023-10-30 09:19

xm.liu 发表于 2023-9-7 20:52
您好，请问您有没有遇到过按照步骤算出的IC为负数的情况，算了好几个分子，有一个分子的IC为负数，这种情 ...

负数的话你看看你是不是算了一个暗态的IC？

作者
Author: pwzhou 时间: 2023-10-30 09:20

kekexili_08 发表于 2023-10-28 14:14
FCclasses3, 官网申请给的链接无法下载（该文件过期或已删除）。
可否给个可下载的链接？多谢。

我刚试了下邮件里面的链接，没问题啊

作者
Author: kekexili_08 时间: 2023-10-30 13:34
https://nextcloud.area.fi.cnr.it/index.php/s/b82WPis5sHZQE7f
发的是这个链接，找不到文件

作者
Author: pwzhou 时间: 2023-10-30 14:49

kekexili_08 发表于 2023-10-30 13:34
https://nextcloud.area.fi.cnr.it/index.php/s/b82WPis5sHZQE7f
发的是这个链接，找不到文件

已私信发给你

作者
Author: kekexili_08 时间: 2023-10-30 15:51
多谢！

作者
Author: iamjjLin 时间: 2024-5-31 22:55
老师你好，请问一下FCclasses 3可以计算磷光的振动分辨光谱吗？我这边尝试计算时，跃迁偶极矩输出都是0，加上HT效应也不行。

作者
Author: iamjjLin 时间: 2024-6-9 22:15

pwzhou 发表于 2023-7-24 10:29
看说明书应该是没这个功能

老师，请问FCclasses可以计算S0与T1之间的跃迁偶极矩吗？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-6-10 03:42

iamjjLin 发表于 2024-6-9 15:15
老师，请问FCclasses可以计算S0与T1之间的跃迁偶极矩吗？

不能，FCclasses是用跃迁偶极矩以及其他信息（结构，Hessian等）计算振动分辨光谱、跃迁速率等的，并不是用来计算跃迁偶极矩的。
计算S0与T1之间的跃迁偶极矩，可以用ORCA、BDF、Dalton等软件

作者
Author: iamjjLin 时间: 2024-6-10 11:38

wzkchem5 发表于 2024-6-10 03:42
不能，FCclasses是用跃迁偶极矩以及其他信息（结构，Hessian等）计算振动分辨光谱、跃迁速率等的，并不是 ...

谢谢老师的解答！
老师，那如何使用FCclasses计算T1与S0之间的磷光振动光谱？我用Gaussian输出的S0与T1的频率文件计算时，他的偶极矩那项总是0，导致后续无法进行，是我用的文件不对吗？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-6-10 16:14

iamjjLin 发表于 2024-6-10 04:38
谢谢老师的解答！
老师，那如何使用FCclasses计算T1与S0之间的磷光振动光谱？我用Gaussian输出的S0与T1 ...

必须考虑SOC才能算出非零的S0-T1跃迁偶极矩。这个高斯算不了，要用我之前说的3个软件算，但是高斯已经算出来的Hessian仍然可以用，无需换软件重算

作者
Author: iamjjLin 时间: 2024-6-10 17:48

wzkchem5 发表于 2024-6-10 16:14
必须考虑SOC才能算出非零的S0-T1跃迁偶极矩。这个高斯算不了，要用我之前说的3个软件算，但是高斯已经算 ...

老师，那我先用ORCA计算出考虑SOC的跃迁偶极矩后，再将它替换Gaussian输出文件的跃迁偶极矩，之后再用FCclasses计算磷光振动光谱，这样可以吗，还是说有其他更加直接的方法？FCclasses它不支持ORCA的输出文件，我只能用Gaussian的文件。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-6-10 19:18

iamjjLin 发表于 2024-6-10 10:48
老师，那我先用ORCA计算出考虑SOC的跃迁偶极矩后，再将它替换Gaussian输出文件的跃迁偶极矩，之后再用FCc ...

原则上可以。但是如果不是为了和已有的FCclasses计算结果对比的话，完全可以用ORCA算磷光振动光谱，ORCA是自带这个功能的，不需要借助FCclasses

作者
Author: iamjjLin 时间: 2024-7-11 19:55

wzkchem5 发表于 2024-6-10 19:18
原则上可以。但是如果不是为了和已有的FCclasses计算结果对比的话，完全可以用ORCA算磷光振动光谱，ORCA ...

老师，请问ORCA如何计算磷光振动光谱？我手册里只找到磷光速率的输入文件

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-7-11 19:59

iamjjLin 发表于 2024-7-11 12:55
老师，请问ORCA如何计算磷光振动光谱？我手册里只找到磷光速率的输入文件

手册小标题说得很清楚了，Phosphorescence Rates and Spectrum
同一个计算既给出磷光速率，又给出振动分辨的磷光光谱，只不过手册没把后者画出来而已

作者
Author: 好兄弟 时间: 2024-7-15 10:01

wzkchem5 发表于 2024-7-11 19:59
手册小标题说得很清楚了，Phosphorescence Rates and Spectrum
同一个计算既给出磷光速率，又给出振动分 ...

老师你好，我这个计算完成了，但是磷光光谱用什么软件做？我尝试用wfn中的UV-Vis功能，但是光谱绘制出来是吸收光谱。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-7-15 15:55

好兄弟发表于 2024-7-15 03:01
老师你好，我这个计算完成了，但是磷光光谱用什么软件做？我尝试用wfn中的UV-Vis功能，但是光谱绘制出来 ...

用origin对程序产生的.spectrum文件作图

作者
Author: 好兄弟 时间: 2024-7-17 11:13

wzkchem5 发表于 2024-7-15 15:55
用origin对程序产生的.spectrum文件作图

老师，我用.spectrum文件做出了光谱，但是整个光谱的半峰宽很窄，而且有明显的锯齿，请问ORCA中有脚本或者程序能调节光谱的半峰宽吗？

作者
Author: xuhj199508 时间: 2024-7-17 13:24

好兄弟发表于 2024-7-17 11:13
老师，我用.spectrum文件做出了光谱，但是整个光谱的半峰宽很窄，而且有明显的锯齿，请问ORCA中有脚本或 ...

手册第401页，可以调节LINES、LINEW、INLINEW这三个参数。

作者
Author: 好兄弟 时间: 2024-7-17 15:29

xuhj199508 发表于 2024-7-17 13:24
手册第401页，可以调节LINES、LINEW、INLINEW这三个参数。

谢谢老师的回答！如果要加这几个参数，那我这个光谱需要重新计算，我的体系算一次光谱需要的时间比较长，请问有什么办法能对现有的.spectrum文件进行修改？ORCA内有相关的脚本或者程序能进行转化吗？

作者
Author: xuhj199508 时间: 2024-7-18 16:58

好兄弟发表于 2024-7-17 15:29
谢谢老师的回答！如果要加这几个参数，那我这个光谱需要重新计算，我的体系算一次光谱需要的时间比较长， ...

这个就不太清楚了。

作者
Author: cokie 时间: 2024-8-5 13:03
本帖最后由 cokie 于 2024-8-6 21:02 编辑

昨天收到3.0.4更新的邮件，主要针对ic rate的TD部分，希望这次之后就不会像之前一样，只要初末态差别较大，动不动就报NaN 错或者输出负rate了
https://pan.baidu.com/share/init?surl=NNA0_YmBN3-lrJdsg_KCHA&pwd=vr7i

作者
Author: 不想飞的猫头鹰 时间: 2024-9-22 09:39

感谢开发者们的贡献！想问下这个程序可以计算激发态之间的内转换速率嘛，ORCA目前好像只能计算基态和激发态之间的

作者
Author: cokie 时间: 2024-9-22 09:42

不想飞的猫头鹰发表于 2024-9-22 09:39
感谢开发者们的贡献！想问下这个程序可以计算激发态之间的内转换速率嘛，ORCA目前好像只能计算基态和激 ...

个人试验下来，目前激发态之间只发现能算T1和Tn（T1用UDFT 0 3算；Tn，用TD-DFT(triplet)，0 1算）。

作者
Author: 不想飞的猫头鹰 时间: 2024-9-22 09:45

cokie 发表于 2024-9-22 09:42
个人试验下来，目前激发态之间只发现能算T1和Tn（T1用UDFT 0 3算；Tn，用TD-DFT(triplet)，0 1算）。

嗯嗯，感谢，刚看到社长的高级班的回复http://bbs.keinsci.com/thread-48306-1-1.html说高级班目前也不包含激发态之间的内转换速率，这样的话遇到反Kasha的情况，怎么严格考虑S2 S1之间的内转换问题呢

作者
Author: cokie 时间: 2024-9-22 09:50

不想飞的猫头鹰发表于 2024-9-22 09:45
嗯嗯，感谢，刚看到社长的高级班的回复http://bbs.keinsci.com/thread-48306-1-1.html说高级班目前也 ...

你可以先看看这篇帖子里的讨论：http://bbs.keinsci.com/thread-2559-1-1.html
我目前只知道BDF软件可以算激发态之间的内转换速率，是收费的，但是你可以在HZW官网申请试用。

作者
Author: 不想飞的猫头鹰 时间: 2024-9-22 09:53

cokie 发表于 2024-9-22 09:50
你可以先看看这篇帖子里的讨论：http://bbs.keinsci.com/thread-2559-1-1.html
我目前只知道BDF软件可以 ...

嗯嗯，看到这个帖子啦，看来目前这个好像还是个难题，没有开源或免费软件实现实现类似MOMAP的功能，希望FCClasses早日实现

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)