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标题: 力场建立以后总是崩溃的问题 [打印本页]

作者
Author: wwl 时间: 2022-7-28 11:37
标题: 力场建立以后总是崩溃的问题
各位老师好，我最近使用sobtop程序构建力场，得出的GAFF力场总是不能成功的进行能量最小化，即使能量最小化能够成功，也总会在后续的模拟中崩溃。
我使用的是http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ4 一文中的例二的例子，直接得到GAFF力场的离子液体文件（阳离子：carnitine；阴离子：DL-malic）。这对离子液体是分开构建的力场。具体流程如下：
carnitine.mol2
2 //产生gro文件
[回车] //默认的gro文件产生路径
1 //产生GROMACS拓扑文件
2 //指认GAFF原子类型，没法指认的自动用UFF原子类型
4 //从力场库文件中取合适的参数，缺的就猜一个
[回车] //用默认的top文件产生路径
[回车] //用默认的itp文件产生路径

最终我通过mol2文件得到了力场文件，以下压缩包是我这对离子液体的mol2文件、itp文件、top文件能量最小化minim.mdp文件以及系统的盒子文件mixture.pdb（由packmol构建）。电荷是通过高斯09.B01版本的软件，使用# opt b3lyp/6-31+g(d,p) geom=connectivity方法优化结构，然后对优化的结构计算单点能。用# b3lyp/6-31+g(d,p) geom=connectivity计算气态单点能，由 # b3lyp/6-31+g(d,p) scrf=solvent=water geom=connectivity计算液态单点能，将chk文件转化为fchk文件，通过Multiwfn程序得到两者的电荷，然后取平均。
麻烦各位老师帮忙看看，到底是哪里出现了问题，非常感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-28 20:14
该说的http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8都说了

作者
Author: wwl 时间: 2022-7-28 20:23

sobereva 发表于 2022-7-28 20:14
该说的http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8都说了

多谢老师，我再看看。

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