计算化学公社

标题: 请问手性的AICD图要怎么绘制 [打印本页]

作者
Author: Jianggggg-rj 时间: 2022-7-28 12:58
标题: 请问手性的AICD图要怎么绘制
疑问如题，请问各位老师同学，手性化合物（原子较多，分子结构较为复杂）的AICD图怎么绘制？我绘制得到的图形根本看不清电流流向和磁场方向，单视角的也很难辨认，请问需要调整什么参数吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-28 20:23
甭同时绘制多视角的，明显都叠加到一起去了
绘制单视角的，如果一个视角看不全面，再绘制额外一两个视角，自己ps到一起

作者
Author: Jianggggg-rj 时间: 2022-7-28 21:47

sobereva 发表于 2022-7-28 20:23
甭同时绘制多视角的，明显都叠加到一起去了
绘制单视角的，如果一个视角看不全面，再绘制额外一两个视角， ...

好的老师，我试一下您说的

作者
Author: Jianggggg-rj 时间: 2022-7-28 21:54

sobereva 发表于 2022-7-28 20:23
甭同时绘制多视角的，明显都叠加到一起去了
绘制单视角的，如果一个视角看不全面，再绘制额外一两个视角， ...

老师，AICD图已经绘制出来了，但是电流箭头过于疏散，请问需要调整什么参数使电流箭头明显一点

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-29 01:40

Jianggggg-rj 发表于 2022-7-28 21:54
老师，AICD图已经绘制出来了，但是电流箭头过于疏散，请问需要调整什么参数使电流箭头明显一点

增加格点数（减小格点间距）

作者
Author: QuantumicGuy 时间: 2022-7-29 12:13

Jianggggg-rj 发表于 2022-7-28 21:54
老师，AICD图已经绘制出来了，但是电流箭头过于疏散，请问需要调整什么参数使电流箭头明显一点

-p x #x越大箭头越多越明显，“x为格点总数目，越大图像越精细，cube文件也会越大，分析耗时也越长”使用AICD程序研究电子离域性和磁感应电流密度
http://sobereva.com/147

作者
Author: 乐平 时间: 2022-7-29 13:02
调整最终图片的位置的参数也介绍得非常具体（看上面链接的帖子最后的文字）。不用 ps ，可以直接导出各个朝向的图。通过调整各个朝向之间的距离就行，根据帖子的解释也容易完成的。

你的分子比较大，所以需要将 -p 的数值增大，估计至少 160000
箭头的长度也可以 –maxarrowlength 1.5 来限制。

如果分子的朝向不是很合适，你可以通过 -a 参数选择三个原子编号来慢慢调整（AICD 3.0.4 的新功能）。这个参数的结果真的只能自己慢慢摸索，我摸索了一下午，还好不是很难摸索。

另外，对于手性分子，有可能存在导出的图里分子手性改变的情况（我遇到过……）。可以通过改变 -b 的方向进行调整。

作者
Author: Jianggggg-rj 时间: 2022-7-29 14:22

sobereva 发表于 2022-7-29 01:40
增加格点数（减小格点间距）

收到，感谢老师

作者
Author: Jianggggg-rj 时间: 2022-7-29 14:28

QuantumicGuy 发表于 2022-7-29 12:13
-p x #x越大箭头越多越明显，“x为格点总数目，越大图像越精细，cube文件也会越大，分析耗时也越长”使用 ...

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