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标题: 关于gromacs的MPI并行运算问题 [打印本页]

作者
Author: compume 时间: 2016-4-26 10:14
标题: 关于gromacs的MPI并行运算问题
如图片所述，它提示fatal error是
your choice of 1 MPI rank and the use of 20 total threads leads to the use of 20 OPENMP threads,
whereas we expect the optimum to be wtih more MPI ranks with 1 to 6 OPENMP threads

为什么要more MPI ranks？
这个MPI rank 和OPENMP thread是什么？有什么关系？

以及我应该怎么修改？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-4-26 10:21
gromacs可以MPI和openmp混合方式并行。它的意思大抵是让你用多个MPI进程，每个进程用较少数目的openmp线程来达到最佳并行效果。不过你可以直接-ntomp就用20 openmp线程跑，如果速度还行就不用管这提示了。

作者
Author: compume 时间: 2016-4-26 11:28

sobereva 发表于 2016-4-26 10:21
gromacs可以MPI和openmp混合方式并行。它的意思大抵是让你用多个MPI进程，每个进程用较少数目的openmp线程 ...

get it ! thx

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