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标题: 关于GROMACS2019.5版的控压 [打印本页]

作者
Author: yihanxu 时间: 2022-7-28 21:20
标题: 关于GROMACS2019.5版的控压
本帖最后由 yihanxu 于 2022-7-29 15:23 编辑

各位老师好，我从别人那里拿到一个mdp文件（内容如下），和我说是控压了的，但我看控压语句前都是;啊，不明白怎么就实现控压了，也没看出2019.5版是默认的给控压了。想请各位老师指教一下这个到底实现了控压吗；如果是，用的是什么控压方法；如果没控压为什么压力随时间的变化看起来也有规律呢。谢谢。体系压力如图，用后半段算得平均值是-24bar。
;    Input file
title             =  CTAC-NaSal-45
;define          = -DPOSRES
cpp                =  cpp
constraints       =  all-bonds
constraint_algorithm =  LINCS
integrator       =  md
dt                =  0.002 ; ps !
nsteps             =  1000000 ; 2 ns
nstxout          =  10000
nstvout          =  10000
nstfout          =  10000
nstlog             =  10000
nstenergy          =  500
;nstxtcout          =  500
nstlist          =  10
ns_type          =  grid
coulombtype       =  PME
cutoff-scheme          = Verlet
rlist             =  1.2
rcoulomb          =  1.2
rvdw             =  1.2
pbc                = xyz
optimize_fft       = yes
nstcomm          = 1
comm-grps          = System
; Berendsen temperature coupling is on
tcoupl             =  v-rescale
tc-grps          =  system
tau_t             =  0.1
ref_t             =  298
; Energy monitoring
energygrps       = SOL MEI dan3
; Semiisotropic pressure coupling is now on
;Pcoupl             =  Berendsen
;Pcoupltype       =  isotropic
;tau_p             =  1.0    ;  1    ; 5    5    5    5
;compressibility    =  4.5e-5 ;4.5e-5 ; 4.5e-5 0    0    0
;ref_p             =  1.0    ; 1.0 ; 1.0 0    0    0
; Generate velocites is on at 300K.
gen_vel          =  yes
gen_temp          =  298
gen_seed          =  173529
-----------------updates------------------------
体系有真空层，所以应该没有用控压。

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2022-7-29 15:52
1.这个mdp没有控压
2.即使用了控压，模拟过程中的压力变化也会非常大，所以一般用密度是否稳定来判断控压的效果

作者
Author: xishaofan 时间: 2024-10-8 18:07

Frozen-Penguin 发表于 2022-7-29 15:52
1.这个mdp没有控压
2.即使用了控压，模拟过程中的压力变化也会非常大，所以一般用密度是否稳定来判断控压 ...

你好请问怎么看有没有控压

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