计算化学公社

标题: gmx energy 及 gmx_PPPBSA计算能量比较 [打印本页]

作者
Author: uenh1998 时间: 2022-7-29 11:03
标题: gmx energy 及 gmx_PPPBSA计算能量比较
最近在用gromacs算了蛋白配体复合物两者的相互作用能，图1所示；也用刚装上的gmx_MMPBSA计算了两者的结合能（binding energy），为图2所示。想问一下大家，相互作用能与结合能，是不是越大，两者的结合越不稳定呢？越小越负，结合越稳定呢。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-30 02:10
图1没什么意义。图1是真空下的相互作用能，没有考虑溶剂效应，然而溶剂效应对结合自由能的贡献至关重要。

只有溶剂下的结合自由能对于判断结合的稳定性是有意义的，越负结合越强。

标题没写对，不叫gmx_PPPBSA

作者
Author: uenh1998 时间: 2022-8-3 14:42

sobereva 发表于 2022-7-30 02:10
图1没什么意义。图1是真空下的相互作用能，没有考虑溶剂效应，然而溶剂效应对结合自由能的贡献至关重要。
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谢谢老师！

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