计算化学公社

标题: 请问如何得到自定义溶剂分子的半径用于计算SASA [打印本页]

作者
Author: 高处裹棉被 时间: 2022-7-29 16:10
标题: 请问如何得到自定义溶剂分子的半径用于计算SASA
各位老师好，我在用gmx sasa时想采用自定义溶剂（如乙醇）的分子半径，想请问该如何计算自定义溶剂分子的探测球半径？

谢谢各位老师解答

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2022-7-29 17:27
用-probe选项
https://manual.gromacs.org/docum ... ehelp/gmx-sasa.html

作者
Author: 高处裹棉被 时间: 2022-7-29 17:41
本帖最后由高处裹棉被于 2022-7-29 17:43 编辑

Frozen-Penguin 发表于 2022-7-29 17:27
用-probe选项
https://manual.gromacs.org/documentation/2022.2/onlinehelp/gmx-sasa.html

谢谢老师解答，我的描述可能有歧义

我的意思是作为探针的溶剂分子的半径是拿一个体积等效的球形半径算的，默认水是1.4，那想用自定义的溶剂该怎么获得？

我应该根据里面每个原子的范德华半径加球体积公式，得到范德华体积，再累加得到总的等价体积，最后反推等价的探针半径吗？但是想到分子的范德华球会有地方叠在一起这种算法肯定不对

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2022-7-29 21:31

高处裹棉被发表于 2022-7-29 17:41
谢谢老师解答，我的描述可能有歧义

我的意思是作为探针的溶剂分子的半径是拿一个体积等效的球形半径算 ...

计算不规则形状的体积可以考虑蒙特卡洛方法，把一个溶剂分子（除去H原子）放在一个比溶剂分子大的盒子里，在盒子中随机产生大量的点，检查每个点是否在溶剂原子的范德华球内，在范德华球内的点数比上总随机点数乘以盒子的体积就是溶剂分子的体积。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-30 01:56

高处裹棉被发表于 2022-7-29 17:41
谢谢老师解答，我的描述可能有歧义

我的意思是作为探针的溶剂分子的半径是拿一个体积等效的球形半径算 ...

水的1.4埃的探针半径不是通过什么方式算出来的，而是J. Mol. Biol., 55, 379 (1971)有人凭感觉经验性地定义的，后来在领域内就被一直沿用了下来。

严格方法算半径有的是方法
谈谈分子半径的计算和分子形状的描述
http://sobereva.com/190

但是无论哪种方法都没法重现出来1.4埃（实际上1.4对于水来说也未必就是最合理的探针半径。而探针半径本来也没有唯一定义方式和评判标准）。对于乙醇这样偏离球形很明显的分子，探针半径这个概念就更含糊了。

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