计算化学公社

标题: 求助：能量最小化时报错距离大于table limit [打印本页]

作者
Author: FrancisLi 时间: 2022-7-30 10:24
标题: 求助：能量最小化时报错距离大于table limit
各位老师，我在做gmx的能量最小化的时候，提示了这个问题

WARNING: Listed nonbonded interaction between particles 5134 and 5138
at distance 2.719 which is larger than the table limit 2.050 nm.
This is likely either a 1,4 interaction, or a listed interaction inside
a smaller molecule you are decoupling during a free energy calculation.
Since interactions at distances beyond the table cannot be computed,
they are skipped until they are inside the table limit again. You will
only see this message once, even if it occurs for several interactions.
IMPORTANT: This should not happen in a stable simulation, so there is
probably something wrong with your system. Only change the table-extension
distance in the mdp file if you are really sure that is the reason.

复制代码

请问这个是由于我的初始结构pdb/gro文件有两个分子距离太近了吗，还是其他什么问题？感谢各位老师！

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2022-7-30 16:26
这段警告说的是5134号原子和5138号原子之间的距离太远，这两个原子之间的相互作用应该出现在top文件中的[ pairs ]中，top文件认为这两个原子有1-4相互作用，但是这两个原子的距离太远，两者之间存在矛盾，说明结构可能是不正确的。
具体问题是什么需要看这两个原子的更多信息才知道。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-31 03:50
往往体现出体系崩了，或者动力学不稳定，按照http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8排查

作者
Author: FrancisLi 时间: 2022-7-31 03:55

Frozen-Penguin 发表于 2022-7-30 16:26
这段警告说的是5134号原子和5138号原子之间的距离太远，这两个原子之间的相互作用应该出现在top文件中的[ p ...

哦哦感谢！我检查了一下发现top文件没问题，我就把最小化之后的gro文件重新最小化了一遍，这次没有报这个问题了，是不是这样就没问题了呀，感谢！

作者
Author: FrancisLi 时间: 2022-7-31 03:57

sobereva 发表于 2022-7-31 03:50
往往体现出体系崩了，或者动力学不稳定，按照http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8排查

感谢sob老师！我把能量最小化之后的gro文件重新做了一次能量最小化，这次没这个提示了，看着应该没问题了，感谢老师解答！

作者
Author: Hanna110 时间: 2025-10-26 19:06

FrancisLi 发表于 2022-7-31 03:55
哦哦感谢！我检查了一下发现top文件没问题，我就把最小化之后的gro文件重新最小化了一遍，这次没有报这个 ...

优化最小化后的gro文件命令怎么写呢？我能量最小化用的命令是gmx grompp -f em.mdp -c solvNa.pdb -p topol.top -o em.tpr之后gmx mdrun -v -deffnm em,没看到有对gro文件的地方呢？

作者
Author: student0618 时间: 2025-10-26 22:30

Hanna110 发表于 2025-10-26 19:06
优化最小化后的gro文件命令怎么写呢？我能量最小化用的命令是gmx grompp -f em.mdp -c solvNa.pdb -p top ...

5楼的写法应该是假设第一次的em步数不足，最简单的做法就再grompp一遍-c取第一次em后的。

作者
Author: Hanna110 时间: 2025-10-27 10:40

student0618 发表于 2025-10-26 22:30
5楼的写法应该是假设第一次的em步数不足，最简单的做法就再grompp一遍-c取第一次em后的。

取em之后产生的solvNa.pdb,然后grompp -c solvNa.pdb吗？

作者
Author: student0618 时间: 2025-10-27 14:42

Hanna110 发表于 2025-10-27 10:40
取em之后产生的solvNa.pdb,然后grompp -c solvNa.pdb吗？

第一次em生成的gro叫什么就用它

或者直接增加第一次em的步数重跑

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