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标题: 增大或减小空间尺度对模拟结果有何影响？ [打印本页]

作者
Author: 高处裹棉被 时间: 2022-7-30 14:02
标题: 增大或减小空间尺度对模拟结果有何影响？
各位老师好，以跑一个溶解过程的平衡动力学为例，假设体系里有2w个原子，然后跑NPT系综并在2ns的时候观察到溶质均匀分散在溶剂中，体系达到平衡

随后将溶质与溶剂的数量等比例放大，使得体系里包含20w个原子，在其它条件不变情况下同样跑动力学，

请问仍旧会在2ns左右观察到溶质均匀分散的现象，体系达到平衡这一结果吗？还是说体系达到平衡所需的时间尺度也会被一同放大？（比如8ns才能到达平衡）

受限于计算资源无法亲自验证，还谢谢各位老师指点

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2022-7-30 16:33
如果把一个含有溶剂和溶质的盒子复制9份，组成一个3*3的大盒子，每一个小盒子里的情况和单独模拟一个小盒子的情况差不多，因为计算长程力时使用PME已经考虑了无穷多的镜像的作用，而短程力因为cut-off不会在两个不同盒子的溶质之间有作用。但是上述过程的初始条件是溶质已经分散到了每个小盒子里，然后再在每个小盒子里均匀分散，所以如果放大模拟盒子，并且溶质还是聚集在一起的话，溶解是会变慢的。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-31 03:54
如果分子数等比例放大之后，一开始的溶质还是全都集中在一起的话，完全溶解开的速度肯定时间更长。这就如同一个大的泡腾片溶解完花的时间肯定远多于泡腾片先都均匀切割成小份再放进去。

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