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标题: NVT模拟后盒子里的水分子变得很奇怪 [打印本页]

作者
Author: YANG_yang 时间: 2022-7-30 16:14
标题: NVT模拟后盒子里的水分子变得很奇怪
本帖最后由 YANG_yang 于 2022-7-30 16:14 编辑

大家好，我是用GROMACS模拟蛋白质与脂质分子膜的接触情况，使用的是MARTINI2粗粒化力场，并且使用的是极性水模型，在运行NVT模拟后结果如下图所示。
不知道是什么原因导致这种情况，请大家指教！

作者
Author: wyfgg 时间: 2022-7-30 17:19
为什么要用NVT而不直接用NPT呢？

作者
Author: YANG_yang 时间: 2022-7-30 18:14

wyfgg 发表于 2022-7-30 17:19
为什么要用NVT而不直接用NPT呢？

我刚接触分子动力学模拟，不是很懂，那么就是可以跳过NVT控温，直接进行NPT？

作者
Author: wyfgg 时间: 2022-7-30 18:34

YANG_yang 发表于 2022-7-30 18:14
我刚接触分子动力学模拟，不是很懂，那么就是可以跳过NVT控温，直接进行NPT？

我记得社长说过某些体系不需要NVT，我得找一找那个帖子

作者
Author: CruiseBend 时间: 2022-7-31 02:02
lipid-protein体系直接x-y和z分别控压跑npt就行

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-31 03:57

YANG_yang 发表于 2022-7-30 18:14
我刚接触分子动力学模拟，不是很懂，那么就是可以跳过NVT控温，直接进行NPT？

之前我无数次说过，大多数教程里先做NVT再做NPT纯粹是多余的。直接NPT就完了
当前体系密度太低，又没用控压自发调节盒子尺寸，自然会跑出来真空区

作者
Author: YANG_yang 时间: 2022-7-31 11:21

CruiseBend 发表于 2022-7-31 02:02
lipid-protein体系直接x-y和z分别控压跑npt就行

是semi- 那个吗？

作者
Author: YANG_yang 时间: 2022-7-31 11:22

sobereva 发表于 2022-7-31 03:57
之前我无数次说过，大多数教程里先做NVT再做NPT纯粹是多余的。直接NPT就完了
当前体系密度太低，又没用 ...

我又试了一下直接进行NPT，但结果还是如此，要是密度太低的话，请问该怎么增大它的密度呢？

作者
Author: YANG_yang 时间: 2022-7-31 11:23

wyfgg 发表于 2022-7-30 18:34
我记得社长说过某些体系不需要NVT，我得找一找那个帖子

那个帖子我好像看到了，

作者
Author: 5撇到3撇 时间: 2022-7-31 22:26

sobereva 发表于 2022-7-31 03:57
之前我无数次说过，大多数教程里先做NVT再做NPT纯粹是多余的。直接NPT就完了
当前体系密度太低，又没用 ...

老师您好，有时候我直接做npt的时候，会提示系统可能没有平衡，然后我把温、压的偶联Tau_t值设置大一点就可以跑了，是不是由于变化的太快所以才报错呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-31 22:27

YANG_yang 发表于 2022-7-31 11:22
我又试了一下直接进行NPT，但结果还是如此，要是密度太低的话，请问该怎么增大它的密度呢？

NPT不可能这样，肯定没弄对
NPT情况下Z方向真空区会一点点消除掉

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Author: YANG_yang 时间: 2022-8-1 10:09

sobereva 发表于 2022-7-31 22:27
NPT不可能这样，肯定没弄对
NPT情况下Z方向真空区会一点点消除掉

好的，谢谢老师，我再调整一下

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