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标题: 求助，计算分子对接结合区域的疏水性 [打印本页]

作者
Author: 5撇到3撇 时间: 2022-7-31 22:21
标题: 求助，计算分子对接结合区域的疏水性
本帖最后由 5撇到3撇于 2022-7-31 22:30 编辑

请教大家，如何评价配体结合位点的疏水性，我想探讨一下配体分子结合后对蛋白结合部位疏水性的影响，是否可以将结合区域的残基在index.ndx中建立一个组，然后单独计算这个组的sasa？若疏水的sasa随模拟时间下降，是否可以说明配体结合后该区域的疏水性受到影响？谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-1 05:11
总的SASA没意义，要是分别计算疏水和亲水SASA在结合前后的变化那可能还有点意义

作者
Author: 5撇到3撇 时间: 2022-8-1 14:00

sobereva 发表于 2022-8-1 05:11
总的SASA没意义，要是分别计算疏水和亲水SASA在结合前后的变化那可能还有点意义

谢谢老师，还想问一下，如果疏水的sasa下降的话是不是就意味着一些疏水残基藏在了内部，导致蛋白的疏水性下降？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-1 22:03

5撇到3撇发表于 2022-8-1 14:00
谢谢老师，还想问一下，如果疏水的sasa下降的话是不是就意味着一些疏水残基藏在了内部，导致蛋白的疏水性 ...

如果你是指对于复合物的构象下，蛋白质的部分计算SASA，可以这么认为

作者
Author: 5撇到3撇 时间: 2022-8-2 13:55

sobereva 发表于 2022-8-1 22:03
如果你是指对于复合物的构象下，蛋白质的部分计算SASA，可以这么认为

明白啦，谢谢老师

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