计算化学公社

标题: 求助：水分子氢键个数的占比问题 [打印本页]

作者
Author: luffys 时间: 2022-8-1 03:39
标题: 求助：水分子氢键个数的占比问题
各位老师好，我想观察在水溶液中，形成不同氢键数的水分子数量分布（即，形成1、2、3、4个氢键水分子的个数）。使用命令为：
gmx hbond -f traj0.gro -s md.tpr -num hbond_num.xvg -nhbdist hbond_numper.xvg -n index.ndx （我暂时只取了一帧）

得到水中氢的氢键数目如下：
(, 下载次数 Times of downloads: 14)

最后一行的第2-5列分别应该对应的是是：0个氢键（212个水），1个氢键（176个水），2个氢键（97个水），3个氢键（15个水），我对于这个结果有两点疑惑：
1、水分子形成的氢键数应该4个，老师们计算出来的是3.6左右，所以按理来说，3个氢键和4个氢键的水分子应该最多，为什么反而是0个和1个氢键的最多呢？
2、最后行最后一列的“415”是水分子的总数，但体系水分子是500个，数值对应不上，也不等于2-5列之和，请问这是为什么呢？

我接触分子动力学的时间还不长，如果有表述不清的地方，请各位老师指正，谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-1 05:14
这体现的不是每个水形成的氢键数，而是水里每个O-H形成的氢键数

作者
Author: luffys 时间: 2022-8-1 13:42

sobereva 发表于 2022-8-1 05:14
这体现的不是每个水形成的氢键数，而是水里每个O-H形成的氢键数

这是不是和选择组有关呢，我选择的两个group分别分别是OW-HW1和OW-HW1，所以体现的是水里每个O-H的氢键数？

请教一下老师，我想计算每个水形成的氢键数，可以实现么？又应该怎样选组呢？（我试了一下OW-HW1和HW2，以及SOL和SOL，这两种都不对的样子）

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-1 22:01

luffys 发表于 2022-8-1 13:42
这是不是和选择组有关呢，我选择的两个group分别分别是OW-HW1和OW-HW1，所以体现的是水里每个O-H的氢键数 ...

水有两个O-H，而且体系里所有O-H又都是等价的，乘以2就完了

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)