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标题: Gaussian对血红素以及配位的组氨酸进行结构优化不收敛 [打印本页]

作者
Author: Couriosity 时间: 2022-8-1 14:51
标题: Gaussian对血红素以及配位的组氨酸进行结构优化不收敛
大家好，我是一个量化小白，做分子动力学模拟方向的，在准备分子动力学模拟输入文件的时候，需要对体系中血红素以及配位的组氨酸进行结构优化，算完之后报错，请问各位大神该怎么更改我输入文件中的关键词呢？

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Author: 哎呀妈呀 时间: 2022-8-1 15:04
参考gaussian常见报错解决办法http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html

作者
Author: chands 时间: 2022-8-1 15:30
你的体系电荷数-1，自旋多重度2。你优化的是血红素还是组氨酸，血红素含Fe(II)，不至于自旋多重度是2，组氨酸更不至于，你不是算自由基吧？建议查一下有没有缺氢原子之类。

作者
Author: Couriosity 时间: 2022-8-1 15:51

哎呀妈呀发表于 2022-8-1 15:04
参考gaussian常见报错解决办法http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html

谢谢，我看一下

作者
Author: Couriosity 时间: 2022-8-5 15:26

chands 发表于 2022-8-1 15:30
你的体系电荷数-1，自旋多重度2。你优化的是血红素还是组氨酸，血红素含Fe(II)，不至于自旋多重度是2，组氨 ...

你好，文件里面是血红素+三价铁+组氨酸的一个结构，氢原子检查过啦，没有缺失，自旋多重度是amber中MCPB.py自动生成的，目的是为了拟合铁离子的立场文件。现在这个问题我已经解决啦，非常感谢，我换了一个基组问题就迎刃而解啦

作者
Author: Couriosity 时间: 2022-8-5 15:28
如果有朋友遇到这种问题，可以尝试改变一下基组，我改成了b3lyp def2svp em=gd3 即采用密度泛
函理论的 B3LYP 加上零阻尼的 D3 色散校正方法和 Def2-SVP 基组进行计算

作者
Author: Couriosity 时间: 2022-8-31 15:22

chands 发表于 2022-8-1 15:30
你的体系电荷数-1，自旋多重度2。你优化的是血红素还是组氨酸，血红素含Fe(II)，不至于自旋多重度是2，组氨 ...

你好，我优化的是这一个整体，我是这么认为的，不知道对不对，无机化学学的不怎么好。我的体系是血红素+三价铁+组氨酸HID，三价铁和血红素以及HID配位后，体系的电荷为组氨酸+1加血红素两个羧基的-2，所以体系总电荷为-1，自旋多重度由于组氨酸带一个+1，所以为2*1/2+1=2。您看到这条帖子能帮我看一下我这样想对吗，如果不对可否给我细讲一下，qwq

作者
Author: chands 时间: 2022-8-31 15:24

Couriosity 发表于 2022-8-31 15:22
你好，我优化的是这一个整体，我是这么认为的，不知道对不对，无机化学学的不怎么好。我的体系是血红素+ ...

你的体系总共有多少个铁（亚铁）离子，我印象中血红素分子自己就带一个亚铁离子。

作者
Author: Couriosity 时间: 2022-8-31 15:31

chands 发表于 2022-8-31 15:24
你的体系总共有多少个铁（亚铁）离子，我印象中血红素分子自己就带一个亚铁离子。

一个铁离子

作者
Author: Couriosity 时间: 2022-8-31 15:32
标题: 谢谢您详细的答复，我研究的这个配体不与血红素铁配位，我现在是在血红素参数的拟合。
本帖最后由 Couriosity 于 2022-8-31 16:42 编辑

作者
Author: chands 时间: 2022-8-31 16:06

Couriosity 发表于 2022-8-31 15:31
一个铁离子

不知为什么你的图片（？）显示不了，我没法判断电荷，但是自旋可以说一说，通常组氨酸和卟啉环这种结构，如果不是自由基，那么电子就是两两配对好的，这一部分的自旋为0，关键是Fe(III)离子，Fe(III)是1s2, 2s2, 2p6, 3s2, 3p6, 3d5，孤立的Fe(III)的3d轨道有五个电子，分配到五个d轨道，且自旋平行，所以自旋=5*（1/2）=5/2，自旋多重度=5/2*2+1=6，但是与配体作用后3d轨道的5个电子可能有四个两两成对了，只剩一个未成对，这时自旋=1/2, 自选多重度=1/2*2+1=2，高铁血红素（haematin, hematin）的一些衍生物有不少低自旋的(自旋=1/2，自旋多重度=2），也有一些高自旋的（自旋=5/2，自旋多重度=6）,在信息不够的情况下，我会俩个自旋态都算一遍，看看哪个能量更低。

作者
Author: Couriosity 时间: 2022-8-31 16:48

chands 发表于 2022-8-31 16:06
不知为什么你的图片（？）显示不了，我没法判断电荷，但是自旋可以说一说，通常组氨酸和卟啉环这种结构， ...

好的，谢谢您详细的解答，我大约明白了。之前的文件没上传好，现在应该是可以看了哦

作者
Author: shuihua 时间: 2022-11-22 19:32
本帖最后由 shuihua 于 2022-11-22 19:33 编辑

Couriosity 发表于 2022-8-31 16:48
好的，谢谢您详细的解答，我大约明白了。之前的文件没上传好，现在应该是可以看了哦

你好呀，我想问问你这个体系大概算了多久呢？最后结果怎么样呀，我想用你的com文件顺便算一下他的拉曼光谱，请问可以吗？

作者
Author: 大头攒毛 时间: 2023-5-2 13:24

chands 发表于 2022-8-31 16:06
不知为什么你的图片（？）显示不了，我没法判断电荷，但是自旋可以说一说，通常组氨酸和卟啉环这种结构， ...

大佬，您好，对于血红素不同状态(静息态，compoundI，compoundII等等)的电子结构如何判断，这个问题我一直想不明白，是需要从原子轨道入手还是从分子轨道入手？如果可能的话，能麻烦您推荐几篇相关文献吗？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-5-2 15:11

大头攒毛发表于 2023-5-2 06:24
大佬，您好，对于血红素不同状态(静息态，compoundI，compoundII等等)的电子结构如何判断，这个问题我一 ...

看一下血红素的英文维基页面以及引用的参考文献就知道了

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