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标题: GAFF力场不适用于高温高压的体系吗？ [打印本页]

作者
Author: 高处裹棉被 时间: 2022-8-2 09:49
标题: GAFF力场不适用于高温高压的体系吗？
本帖最后由高处裹棉被于 2022-8-2 09:59 编辑

各位老师好，我用懒人脚本一键生成甲醇环境下甲醇的RESP2原子电荷，甲醇拓扑结构由sobtop产生，

然后创建了一个5*5*5甲醇盒子,填入1000个甲醇分子，并在常温常压下跑动力学，得到的密度与实验值一致

随后我将温度升高到150度，仍旧保持常压，得到的密度423kg/m^3，与气态甲醇真实密度差距很大

请问是因为GAFF力场的温度压强适用范围有限制吗？对于这种高温高压的情况有什么力场替代吗？

谢谢各位老师解答

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-2 10:11
一方面，对气态没法很好控压。通常都是在NVT下计算密度~压力曲线，取想要的压力下的密度值
另一方面，GAFF主要面向标况下性质的计算，而且气态下的模拟所用的原子电荷也不应该用溶剂环境下算的RESP2电荷

作者
Author: 高处裹棉被 时间: 2022-8-2 10:52
本帖最后由高处裹棉被于 2022-8-2 12:42 编辑

sobereva 发表于 2022-8-2 10:11
一方面，对气态没法很好控压。通常都是在NVT下计算密度~压力曲线，取想要的压力下的密度值
另一方面，GAFF ...

谢谢sob老师回答，

想再追问下算这种原子电荷的溶剂模型应该找实际条件下的eps，用自定义溶剂模型算RESP2原子电荷吗？

另外我在文献中查阅到的一些高温高压乃至超临界环境下的有机小分子建模用OPLS-AA力场处理，但我记得sobtop博文里说过OPLS-AA能描述的GAFF都能描述，想问下其中有什么区别，OPLSAA更适用这种高温高压条件吗，还是说两种建模方法出来的模拟其实都相对更含糊

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-3 04:05

高处裹棉被发表于 2022-8-2 10:52
谢谢sob老师回答，

想再追问下算这种原子电荷的溶剂模型应该找实际条件下的eps，用自定义溶剂模型算RE ...

是

力场函数形式不一样，搞LJ参数的思想不一样。GAFF和OPLS-AA都不专门适用（但也不代表不能用于）高压情况的。特殊条件下的模拟都不是这种面向一般目的的力场当初在提出时明确考虑的情况。实际用起来效果怎么样需要自行检验，但前提是必须有足够的力场的常识，知道怎么正确使用，以及懂得正确的模拟方式，免得冤枉力场。

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