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标题: 求助：GROMACS能量最小化后,一个原子上的键重合在一起 [打印本页]

作者
Author: LIEL 时间: 2022-8-2 21:32
标题: 求助：GROMACS能量最小化后,一个原子上的键重合在一起
想做两个有机分子（re.itp和AOT.itp）在水中的作用，但是能量最小化之后，一个分子（AOT）的S上的O全部重合在一起，em前（water.gro）后（em.gro）如下图所示，想请教下各位老师这种情况是我哪个地方没设置好呀。ps：上传时由于文件限制，两个gro文件压缩了一下。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-3 04:58
仔细检查itp里相关的bond项，有bond项存在并且参数合理，就注定不可能O-S距离变成零

作者
Author: LIEL 时间: 2022-8-3 08:46

sobereva 发表于 2022-8-3 04:58
仔细检查itp里相关的bond项，有bond项存在并且参数合理，就注定不可能O-S距离变成零

好的！谢谢sob老师~

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