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标题: 使用VMD载入cub文件做空间分布SDF，两个cub文件不能同框的问题 [打印本页]

作者
Author: wwl 时间: 2022-8-3 09:52
标题: 使用VMD载入cub文件做空间分布SDF，两个cub文件不能同框的问题
各位老师们好。我使用GMX的spatial命令做出了两个分子的cub文件（grid.cub、grid(1).cub），然后使用VMD将它们两个分别载入，想知道这两种分子在同一个中心组周围的分布情况。
正常载入以后，发现VMD显示出两个盒子的框，分子1--grid.cub的框小于分子2--grid(1).cub的框，分子2部分显示在分子1盒子的外围，具体结果如下图所示。
请问各位老师我以上的做法是否正确？如果我想使用VMD同时显示同一个中心组周围两种分子的空间分布的话，应该用什么办法呢？有没有别的分析空间分布函数的方法和程序呢？希望各位老师帮忙推荐一下。
以上是我的问题，非常感谢各位老师百忙之中看到我的问题并给出宝贵的意见，非常感谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-4 02:25
两个cube文件的原点、格点数、格点间距都统一了，自然就会“同框”
检查gmx spatial的使用过程。

作者
Author: wwl 时间: 2022-8-4 11:50

sobereva 发表于 2022-8-4 02:25
两个cube文件的原点、格点数、格点间距都统一了，自然就会“同框”
检查gmx spatial的使用过程。

多谢sob老师，我检查了所有的过程，原点、格点数、格点间距都是一样的。整个过程也严格按照手册里的过程。
我分析了多个组，最后发现这个框线应该不是模拟系统的盒子线，而是统计的这些原子点的坐标截止面，因为分析的多个组显示这些框线的长宽高都不怎么一致，但是都截止在统计的该组最边缘原子的边界。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-5 08:20

wwl 发表于 2022-8-4 11:50
多谢sob老师，我检查了所有的过程，原点、格点数、格点间距都是一样的。整个过程也严格按照手册里的过程 ...

可以改用VMD自带的volmap tool产生格点数据，还能同时考虑平滑化

作者
Author: wwl 时间: 2022-8-5 08:54

sobereva 发表于 2022-8-5 08:20
可以改用VMD自带的volmap tool产生格点数据，还能同时考虑平滑化

好的，多谢老师

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