计算化学公社

标题: gromacs模拟完以后，生成的xtc文件怎么去除水分子的轨迹呢 [打印本页]

作者
Author: Arimakousei 时间: 2022-8-3 10:45
标题: gromacs模拟完以后，生成的xtc文件怎么去除水分子的轨迹呢
请问各位，gromacs模拟完以后，生成的xtc文件怎么去除水分子的轨迹呢

作者
Author: 牧生 时间: 2022-8-3 11:34
gmx trjconv -f md.xtc -o new.xtc -s md.tpr -pbc whole

选择除水以外的部分

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2022-8-3 11:35
gmx trjconv -f ...xtc -s ...tpr -o ...xtc，然后选择non-Water输出

作者
Author: Arimakousei 时间: 2022-8-3 12:05

牧生发表于 2022-8-3 11:34
gmx trjconv -f md.xtc -o new.xtc -s md.tpr -pbc whole

选择除水以外的部分

好的，感谢

作者
Author: Arimakousei 时间: 2022-8-3 12:06

牧生发表于 2022-8-3 11:34
gmx trjconv -f md.xtc -o new.xtc -s md.tpr -pbc whole

选择除水以外的部分

感谢

作者
Author: mtlin 时间: 2024-2-21 19:54
那请问导入这个轨迹的时候是依旧导入到md.gro里面吗？我导入进去之后轨迹依旧是只有一帧，但看new.xtc有几十mb了，绝对不止一帧，所以我想问这个新的xtc导入哪里可以看？还有就是tpr也可以输出没有水的吗

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)