计算化学公社

标题: cp2可以用slow-growth方法来算能垒吗？遇到了一些问题，请大家帮忙。 [打印本页]

作者
Author: sunhao 时间: 2022-8-3 11:45
标题: cp2可以用slow-growth方法来算能垒吗？遇到了一些问题，请大家帮忙。
cp2k的官网有NaCl解离过程自由能变化的例子，用的是PMF方法。但是这种方法较麻烦，想尝试用slow-growth方式试试同样的例子,对比一下两种方法结果的差别。
但官网中似乎没有用slow-growth计算自由能变的例子，自己找了找manual，在.inp文件中加入了TARGET_GROWTH （0.0005angstrom/fs）参数进行了计算，提取.LagrangeMultLog文件中的Shake进行画图积分，出现了问题：
当Na和Cl逐渐远离后，受力不没有衰减到0附近，而是一直维持在一个负值，导致积分之后的自由能在Na和Cl距离很远时也没有趋于平滑，而是线性上升。。

.inp文件如下 (, 下载次数 Times of downloads: 215)
具体结果如图所示 (, 下载次数 Times of downloads: 177)

所以，想请教各位老师：1.cp2k适合用slow-growth方法吗？
2.我的参数设置有误吗？
3.还是后处理方法不对？
请大佬解惑。

作者
Author: liuhang0728 时间: 2022-8-7 19:39
我觉得是因为Na和Cl之间有静电作用，这个力衰减得很慢

作者
Author: neocc 时间: 2022-8-8 00:28
同问~
CP2K的metadynamics太慢了，虽然FES很香

作者
Author: sunhao 时间: 2022-8-8 09:59

liuhang0728 发表于 2022-8-7 19:39
我觉得是因为Na和Cl之间有静电作用，这个力衰减得很慢

我觉得可能不是这个原因
因为：
1.用PMF方法，na和cl在相距6angstrom左右时，受力逐渐趋于0，能量曲线趋于平缓
2.我上图的力没有衰减的趋势，而是在一个负值稳定下来了。。所以能量就是直线上升。。

我觉得可能的原因是用slow-growth方法，原子有位移的速度，是不是需要对力修正一些什么东西。或者我的参数设置就是错的，自己在瞎搞。。

作者
Author: sunhao 时间: 2022-8-8 09:59

neocc 发表于 2022-8-8 00:28
同问~
CP2K的metadynamics太慢了，虽然FES很香

是啊，感觉PMF和metaD计算量都太大了。。。

作者
Author: 做一头安静的猪 时间: 2022-10-26 19:35
请问这位同学怎么用.LagrangeMultLog文件中的Shake进行画图积分？提取每一行的shake吗？

作者
Author: yxzinc 时间: 2022-11-2 20:46
试试0.0002？

作者
Author: charliechan 时间: 2022-11-16 06:41
请问提取shake进行画图积分的script能show一下吗？还有您的问题解决了吗？

作者
Author: sunhao 时间: 2022-11-30 21:43

做一头安静的猪发表于 2022-10-26 19:35
请问这位同学怎么用.LagrangeMultLog文件中的Shake进行画图积分？提取每一行的shake吗？

是的，就是这样

作者
Author: sunhao 时间: 2022-11-30 21:43

yxzinc 发表于 2022-11-2 20:46
试试0.0002？

好的，有空可以试试

作者
Author: sunhao 时间: 2022-11-30 21:44

charliechan 发表于 2022-11-16 06:41
请问提取shake进行画图积分的script能show一下吗？还有您的问题解决了吗？

手动提取

作者
Author: 做一头安静的猪 时间: 2023-7-3 19:58

sunhao 发表于 2022-11-30 21:43
是的，就是这样

好的。谢谢。

作者
Author: chen0201 时间: 2023-11-1 17:11
请问楼主成功用cp2k跑slow-growth了吗

作者
Author: Janson 时间: 2023-11-2 15:48
同问楼主，slowgrowth最后不为0，解决了吗？

作者
Author: 刘烟-ABC 时间: 2024-6-14 14:38
请问楼主顺利拿下cp2k-slow growth 了吗？

作者
Author: sunhao 时间: 2024-9-27 20:57

刘烟-ABC 发表于 2024-6-14 14:38
请问楼主顺利拿下cp2k-slow growth 了吗？

没有，还是一个点一个点的算

作者
Author: sunhao 时间: 2024-9-27 20:58

Janson 发表于 2023-11-2 15:48
同问楼主，slowgrowth最后不为0，解决了吗？

没有解决。没时间反复测试了找原因了。。。太花时间了。。

作者
Author: Bob-Black 时间: 2025-6-28 14:39
老师们，我现在研究H原子迁移问题，CP2K的慢生长方法，轨迹上没有问题，现在用Plumed提取了CV变化值，在Oringin里对shake拉格朗日乘子进行了积分，但是自由能曲线很诡异，有没有大佬留个联系方式交流一下，给点意见。

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