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标题: 求助：Gromacs模拟四聚体蛋白，结构分三部分 [打印本页]

作者
Author: Renhc 时间: 2022-8-3 21:34
标题: 求助：Gromacs模拟四聚体蛋白，结构分三部分
本帖最后由 Renhc 于 2022-8-3 22:50 编辑

如图所示，使用charmm-gui生成四聚体通道蛋白膜结构，按照操作步骤，首先使用gmx_mpi grompp -f step6.0_mini...mdp -o step0.tpr -c step5_input.gro -r step5_input.gro -p topol.top -n index.ndx生成step0.tpr文件，进行能量最小化模拟。但是模拟结果除了step0.gro外还包含step16b_n21.pdb和tep16c_n21.pdb结果，导致输出的step0.gro文件无法用于下一步模拟。请问各位老师同学，出现这种情况的原因和解决方法

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-4 02:35
http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

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