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标题: MMPBSA方法用于膜蛋白体系计算中如何获取mthick和mctrdz两个参数 [打印本页]

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Author: Hannah_Zhu 时间: 2022-8-3 21:53
标题: MMPBSA方法用于膜蛋白体系计算中如何获取mthick和mctrdz两个参数
各位老师好：我想用MMPBSA的方法计算膜蛋白和配体多肽的ddG。想问一下，PB参数卡中的mthick（膜厚度）和mctrdz（absolute membrane center in the z-direction）两个参数要如何确定呢？
还有就是，用MMPBSA和MMGBSA计算受体-配体的ddG，所提取的轨迹中的水、离子和膜脂分子是否需要remove？

非常感谢！

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