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标题: 求助：对于联合原子力场(UA)，讨论分子的手性(对映异构)还有意义吗 [打印本页]

作者
Author: FrancisLi 时间: 2022-8-4 08:33
标题: 求助：对于联合原子力场(UA)，讨论分子的手性(对映异构)还有意义吗
本帖最后由 FrancisLi 于 2022-8-4 12:50 编辑

各位老师好，请问对于联合原子力场，就是那种氢原子和与氢直接相连的碳原子被视为一个珠子的力场，对于C上连三个不同基团和一个H这种分子，是不是天然就没办法研究它手性的问题，或者说跑出来的结果相当于两种/多种对映异构体混合的情况？如果被reviewer问到，一般要怎么回应呀，感谢！

作者
Author: ABetaCarw 时间: 2022-8-4 09:55
个人胡言乱语一下：真的不差那点计算量，你用UA能算的，全原子应该也能算的动，就是多等点时间。与其各种担心，不如直接一开始就避开。

作者
Author: enthalpy 时间: 2022-8-4 10:19
在联合原子力场，通常会用一个improper dihedral 来保持手性。所以通常不会出现异构体。

作者
Author: fhh2626 时间: 2022-8-4 12:32
可以研究，和全原子力场没有任何区别

作者
Author: FrancisLi 时间: 2022-8-4 12:49

fhh2626 发表于 2022-8-4 12:32
可以研究，和全原子力场没有任何区别

哦哦忘记说了，我现在跑的分子的C是连三个不同的基团加一个H，所以我感觉没法区分

作者
Author: FrancisLi 时间: 2022-8-4 12:49

ABetaCarw 发表于 2022-8-4 09:55
个人胡言乱语一下：真的不差那点计算量，你用UA能算的，全原子应该也能算的动，就是多等点时间。与其各种担 ...

也是哈哈哈哈

作者
Author: FrancisLi 时间: 2022-8-4 13:03

enthalpy 发表于 2022-8-4 10:19
在联合原子力场，通常会用一个improper dihedral 来保持手性。所以通常不会出现异构体。

哦哦，那对于C上连三个不同基团和一个H这种分子，联合原子力场是不是就没办法区分手性了呀

作者
Author: enthalpy 时间: 2022-8-4 13:33

FrancisLi 发表于 2022-8-4 13:03
哦哦，那对于C上连三个不同基团和一个H这种分子，联合原子力场是不是就没办法区分手性了呀

"通常会用一个improper dihedral 来保持手性"。都加了限制势，怎么还无法区分？

作者
Author: fhh2626 时间: 2022-8-4 15:22

FrancisLi 发表于 2022-8-4 12:49
哦哦忘记说了，我现在跑的分子的C是连三个不同的基团加一个H，所以我感觉没法区分

是什么造就了你这种感觉？全原子力场是怎么区分的你现在就怎么区分啊

作者
Author: FrancisLi 时间: 2022-8-5 06:41

enthalpy 发表于 2022-8-4 13:33
"通常会用一个improper dihedral 来保持手性"。都加了限制势，怎么还无法区分？

哦哦，也就是说improper dihedral加上去之后就相当于给H留了空位，虽然联合原子力场里没有H，但是还是等效于有H的结构的。感谢解答！

作者
Author: FrancisLi 时间: 2022-8-5 06:44

fhh2626 发表于 2022-8-4 15:22
是什么造就了你这种感觉？全原子力场是怎么区分的你现在就怎么区分啊

您是指improper dihedral会给与C相连的H原子留出空位来，所以不会影响手性的讨论吗？我是觉得联合原子里C和H变成一个单独的珠子了，所以好像不存在对映异构的情况了

作者
Author: enthalpy 时间: 2022-8-5 10:13

FrancisLi 发表于 2022-8-5 06:41
哦哦，也就是说improper dihedral加上去之后就相当于给H留了空位，虽然联合原子力场里没有H，但是还是等 ...

中心原子与另外三个原子的相对位置确定了，H的位置也确定。就比如晶体解析的结构中，由于分辨率不高通常看不到H原子，难道就无法判断手性吗？

作者
Author: fhh2626 时间: 2022-8-5 10:59

FrancisLi 发表于 2022-8-5 06:44
您是指improper dihedral会给与C相连的H原子留出空位来，所以不会影响手性的讨论吗？我是觉得联合原子里C ...

那肯定啊。。。不然键角不就都不对了

作者
Author: FrancisLi 时间: 2022-8-5 12:06

enthalpy 发表于 2022-8-5 10:13
中心原子与另外三个原子的相对位置确定了，H的位置也确定。就比如晶体解析的结构中，由于分辨率不高通常 ...

原来如此！感谢大佬解答！

作者
Author: FrancisLi 时间: 2022-8-5 12:06

fhh2626 发表于 2022-8-5 10:59
那肯定啊。。。不然键角不就都不对了

哦哦原来如此！感谢大佬解答！

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