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标题: 求助Counterpoise=2输出两个分子之间的相互作用力的问题 [打印本页]

作者
Author: yhmyzyg 时间: 2022-8-4 16:17
标题: 求助Counterpoise=2输出两个分子之间的相互作用力的问题
如题，试图计算两个分子之间由于相互作用贡献的部分力，但是Counterpoise=2时，加上force给出的是矫正后的两个分子之间的相互作用力。
想请教一下大家如何输出单纯的相互作用力部分呢？因为我们需要这个相互作用力来补充其他的不太精确的计算方法。

示例输入文件如下：
%int=superfine
%save
%nprocshared=36
#P M062X/6-31G*
counterpoise=2
force
nosymm

Gaussian input prepared by GaussianCounterpoiseCalculator

-1 1 0 1 -1 1
6 -17.3100000000 15.5000000000 0.1700000000 1
1 -16.6300000000 16.3190000000 0.4050000000 1
1 -16.7330000000 14.6050000000 -0.0620000000 1
6 -18.3400000000 15.2600000000 1.2700000000 1
1 -17.9150000000 15.4570000000 2.2540000000 1
1 -18.7180000000 14.2380000000 1.2360000000 1
6 -19.5300000000 16.3400000000 0.9000000000 1
1 -19.2900000000 17.3770000000 1.1360000000 1
1 -20.4860000000 16.0770000000 1.3520000000 1
1 -17.9240947291 15.7642035462 -0.6654544571 1
1 -19.5801826354 16.2109589375 -0.1610042918 1
6 -18.5600000000 20.4500000000 -2.1500000000 2
1 -17.5530000000 20.1280000000 -2.4140000000 2
1 -18.8030000000 21.3630000000 -2.6930000000 2
6 -18.6300000000 20.7100000000 -0.6900000000 2
1 -19.5920000000 21.1390000000 -0.4080000000 2
1 -18.5140000000 19.7360000000 -0.2150000000 2
6 -17.5500000000 21.6000000000 -0.2500000000 2
8 -17.8000000000 22.1800000000 0.8500000000 2
8 -16.4500000000 21.7100000000 -0.8800000000 2
1 -19.2346225077 19.6910496788 -2.4873112539 2

该示例文件给到的输出中force的部分如下：
Dipole       = 3.24533629D+01-4.12576139D+01 1.54236925D-01
-------------------------------------------------------------------
Center    Atomic          Integrated Forces (Hartrees/Bohr)
Number    Number             X             Y             Z
-------------------------------------------------------------------
   1       6          0.003940734 -0.011323280 0.012772854
   2       1       -0.000517346 0.002055089 -0.001135939
   3       1          0.004115373 -0.000889006 -0.001091049
   4       6       -0.022996872 0.042873144 -0.006650036
   5       1       -0.002390570 -0.001924265 0.003945160
   6       1       -0.004473626 -0.000152993 0.000163266
   7       6          0.024448769 -0.038292955 0.025828529
   8       1          0.005449852 -0.001465525 0.000976400
   9       1       -0.001648213 0.000177689 0.002206914
   10       1          0.007797254 0.002798233 -0.022734190
   11       1       -0.013779594 0.006358987 -0.014325113
   12       6          0.004629499 0.004038734 -0.021118104
   13       1          0.003329588 0.004938126 -0.000821592
   14       1          0.003570682 0.002912985 -0.006229943
   15       6       -0.019811406 -0.025782786 -0.016420810
   16       1       -0.001235243 -0.001470491 0.004276544
   17       1       -0.001426945 -0.002452698 0.011554383
   18       6          0.056983544 0.049971454 0.048164521
   19       8       -0.003509895 -0.004077095 -0.008970878
   20       8       -0.026847638 -0.014125850 -0.005247274
   21       1       -0.015627949 -0.014167499 -0.005143641

非常接近去掉counterpoise=2后得到的力：

Dipole       = 3.24557417D+01-4.12541976D+01 1.52906088D-01
-------------------------------------------------------------------
Center    Atomic                Forces (Hartrees/Bohr)
Number    Number             X             Y             Z
-------------------------------------------------------------------
   1       6          0.003924109 -0.011318063 0.012779370
   2       1       -0.000516613 0.002080564 -0.001134715
   3       1          0.004117303 -0.000887339 -0.001093538
   4       6       -0.022941169 0.042896063 -0.006658240
   5       1       -0.002392331 -0.001923982 0.003942949
   6       1       -0.004492342 -0.000143893 0.000157874
   7       6          0.024439251 -0.038380542 0.025767961
   8       1          0.005477986 -0.001297754 0.000995608
   9       1       -0.001672289 0.000214671 0.002200613
   10       1          0.007794015 0.002808162 -0.022740333
   11       1       -0.013784408 0.006354038 -0.014333819
   12       6          0.004635068 0.003974361 -0.021127064
   13       1          0.003328037 0.004936618 -0.000824589
   14       1          0.003571083 0.002920081 -0.006200571
   15       6       -0.019935583 -0.025535353 -0.016548431
   16       1       -0.001212765 -0.001487770 0.004280903
   17       1       -0.001349606 -0.002792513 0.011689980
   18       6          0.057058962 0.049997148 0.048260029
   19       8       -0.003527966 -0.004099227 -0.009023543
   20       8       -0.026899041 -0.014146465 -0.005262229
   21       1       -0.015621702 -0.014168805 -0.005128214
-------------------------------------------------------------------

而我们想要得到的部分应该是一个很小的force，只衡量相互作用的部分。非常感谢！

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-8-4 17:20
没懂你的意思，你指的是去掉counterpoise=2以后，得到的力仍然不是“单纯的”相互作用力？
因为“单纯的相互作用力”不是一个有公认定义的概念，你得先定义什么样的相互作用力是单纯的，什么样的相互作用力是不单纯的，才能讨论这个问题。如果文献对于相互作用力的单纯性有现成定义，建议贴文献原文

作者
Author: yhmyzyg 时间: 2022-8-4 18:03

wzkchem5 发表于 2022-8-4 17:20
没懂你的意思，你指的是去掉counterpoise=2以后，得到的力仍然不是“单纯的”相互作用力？
因为“单纯的相 ...

我想算的部分是在A-B两个分子构成的体系中，由A分子产生的对B分子的作用力，以及由B分子产生的对A分子的作用力，这个定义应该比较清楚了。如果只是去掉counterpoise=2，得到的力还有A分子本身对自己的那一部分。
没有文献原文，只是想用gaussian实现这样的一个相互作用估计。
非常感谢回复~

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-8-4 19:01

yhmyzyg 发表于 2022-8-4 11:03
我想算的部分是在A-B两个分子构成的体系中，由A分子产生的对B分子的作用力，以及由B分子产生的对A分子的 ...

那最简单的办法就是单独对A做一个force计算（但是注意不要旋转到standard orientation下），然后从A-B复合物的force里面把A的force减掉

作者
Author: yhmyzyg 时间: 2022-8-5 09:13

wzkchem5 发表于 2022-8-4 19:01
那最简单的办法就是单独对A做一个force计算（但是注意不要旋转到standard orientation下），然后从A-B复 ...

谢谢，最开始是这样做的，但看了sob老师的http://sobereva.com/46以后感觉BSSE对力应该也是有影响的，如果只是F(AB)-F(A)，F(AB)会因为AB中的A也受到了B的基组重叠效应，产生不当的变化，因此这样不是严格正确的。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-8-5 15:26

yhmyzyg 发表于 2022-8-5 02:13
谢谢，最开始是这样做的，但看了sob老师的http://sobereva.com/46以后感觉BSSE对力应该也是有影响的，如 ...

BSSE对力的影响很小，远小于对能量的影响，sob老师也说了，“实际上BSSE问题对于优化出的几何结构的影响很小。因此通常的弱相互作用计算，都应当在不使用counterpoise的情况下先做优化，然后再带着counterpoise计算相互作用能。”对结构优化的影响小的根本原因是对力的影响小。
如果确实担心BSSE对力的影响，那就加上counterpoise=2，或者更好的办法是用orca的gCP方法算BSSE对力的影响，好处是有解析梯度，计算和不加counterpoise一样快

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