计算化学公社

标题: 如何对一段轨迹时间的构象进行平均 [打印本页]

作者
Author: DSF 时间: 2022-8-4 20:04
标题: 如何对一段轨迹时间的构象进行平均
在使用average进行平均的时候出现了构象扭曲（disorder）的情况。不知道这样的情况应该如何解决，amber手册里面写的是rms去处理global rotational和translation movement。但是我rms处理过后average还是会有扭曲的情况。这种应该如何处理呢？

作者
Author: enthalpy 时间: 2022-8-4 20:51
可以用类似中心结构。比如做聚类分析，找出最大类当中的中间结构。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)