计算化学公社

标题: 求助：GROMACS能量最小化时遇见最大距离超过截断距离的问题 [打印本页]

作者
Author: LIEL 时间: 2022-8-4 23:43
标题: 求助：GROMACS能量最小化时遇见最大距离超过截断距离的问题
想做在水中高分子界面与有机小分子的作用，但是在能量最小化时出现如下图所示的错误，百度以及论坛搜索也没找到答案，想请教各位老师，我的设置是哪里出错了呢，该如何解决。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-5 10:28
加上periodic-molecules = yes再试
本论坛里就别提百毒那种垃圾搜索引擎了

作者
Author: LIEL 时间: 2022-8-5 12:00

sobereva 发表于 2022-8-5 10:28
加上periodic-molecules = yes再试
本论坛里就别提百毒那种垃圾搜索引擎了

哈哈哈，好的好的，谢谢sob老师，我主要是还是在论坛找

作者
Author: LIEL 时间: 2022-8-5 12:05

sobereva 发表于 2022-8-5 10:28
加上periodic-molecules = yes再试
本论坛里就别提百毒那种垃圾搜索引擎了

老师，加了periodic-molecules = yes仍然出现一模一样的问题哎。这个错误是什么原因造成的呀，我把高分子链随机插入整个正方体盒子也会出现这个错误。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-5 12:49
你的[ molecules ]里定义的分子顺序和water.gro完全不对应

作者
Author: LIEL 时间: 2022-8-5 13:53

sobereva 发表于 2022-8-5 12:49
你的[ molecules ]里定义的分子顺序和water.gro完全不对应

谢谢sob老师！我把pdb文件搞混了，改过来以后能正常运行了！

作者
Author: ybli@hun 时间: 2023-3-16 09:41
您好，我现在也遇到了这个问题，但是我不知道我是哪里的顺序乱了，我感觉没有错，想请教一下您调整的是哪里的顺序

作者
Author: hymn 时间: 2023-3-16 09:50

ybli@hun 发表于 2023-3-16 09:41
您好，我现在也遇到了这个问题，但是我不知道我是哪里的顺序乱了，我感觉没有错，想请教一下您调整的是哪里 ...

楼主的top文件里面的[ molecules ]定义的顺序和分子的数量与water.gro文件的对不上

作者
Author: LIEL 时间: 2023-3-16 16:59

ybli@hun 发表于 2023-3-16 09:41
您好，我现在也遇到了这个问题，但是我不知道我是哪里的顺序乱了，我感觉没有错，想请教一下您调整的是哪里 ...

这个问题我遇到了几次，这次是因为初始文件gro，top分别是两次生成的，文件弄混了，导致楼上说的顺序和数量对不上的问题；我记得还有的是做能量最小化、NVT、NPT后修改盒子大小也会出现，因为周期性打开后人为修改盒子大小会导致断键，所以建议检查一下初始文件有没有问题或者有没有做改盒子的操作。

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