计算化学公社

标题: 如何较好关联分子动力学模拟后的dRMSF和RMSD数据,以更好的解释实验结果 [打印本页]

作者
Author:
zhencheng874125    时间: 2022-8-5 11:48
标题: 如何较好关联分子动力学模拟后的dRMSF和RMSD数据,以更好的解释实验结果
请问,
1. 如何绘制每个变体的RMSF数据的DCCM(在Bio3D中),以确定RMSF标记的残基是否涉及影响稳定性和/或活性位点的任何关键网络。
2. 是否有某种方法可以较好的将MD后的dRMSF和RMSD关联,如标黑我们综合实验结果发现的问题(dRMSF对于酶蛋白热稳定性而言仅有几个氨基酸相关性较好;RMSD则对于酶活性相关性较好)怎样可以将二者综合起来?


具体问题如下:
1. Map DCCM (in Bio3D) for RMSF data of each variant, to establish whether the flagged residues above for RMSF are involved in any key networks that affect stability and/or the active site.
2. Is there a way to combine the analysis of RMSF and RMSD, eg. In a ML or other approach?  RMSD and activity correlate reasonably well, whereas RMSF and stability correlate well at certain residues.  A combined RMSD and RMSF correlation may work better?


作者
Author:
zhencheng874125    时间: 2022-8-12 10:28
怎么没人回答呢,可以悬赏吗?




欢迎光临 计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/) Powered by Discuz! X3.3