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标题: sobtop自带了包含所有GAFF、AMBER、UFF原子类型的[ atomtypes ]定义的文件 [打印本页]

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-5 13:13
标题: sobtop自带了包含所有GAFF、AMBER、UFF原子类型的[ atomtypes ]定义的文件
今天更新了sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）主页上的最新版压缩包，在examples目录下提供了GAFF.itp、AMBER.itp和UFF.itp，分别包含定义了所有GAFF、AMBER、UFF原子类型的[ atomtypes ]信息的文件，以便于include到top里然后使用sobtop产生的基于相应力场原子类型的itp文件。

作者
Author: ljc050512 时间: 2022-8-5 15:10
感谢社长！

作者
Author: 牧生 时间: 2022-8-5 18:15
本帖最后由牧生于 2022-8-5 20:23 编辑

有一个疑问，AMBER和GAFF，本质上的参数都是相同的，比如对比hc和HC，n3和N3，仅仅区别就在于大小写，只不过GAFF比AMBER的数量更多一些，那么，为什么还将其分为两个力场，开发者们直接就统一为一个力场不行吗？隐约记得哪里说GAFF从AMBER衍生出来以后，其实AMBER力场开发者不太高兴。
第二个疑问，有些参数又是不一样的，那么该信哪个比较好呢，比如
br       35 79.903528 0.000000 A    3.599231E-01       1.757280E+00
i          53 126.904472 0.000000 A    3.830864E-01       2.092000E+00

Br       35 79.903528 0.000000 A    3.955590E-01       1.338880E+00
I          53 126.904472 0.000000 A    4.187224E-01       1.673600E+00

第三疑问：

有人觉得对过渡金属是不是用Merz等人搞得很全面的离子的LJ参数会更好，我的意见是否定的。

复制代码

由于UFF力场每种元素就只有一种LJ参数，那么，在UFF里面，如果对于金属盐和其溶液，比如氯化亚铁和三氯化铁溶液模拟，氯化亚铁固体和氯化亚铁溶液，所使用的铁参数也都是UF_Fe，也没有区别。直觉上都认为差的有点远，真的合适吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-6 02:51

牧生发表于 2022-8-5 18:15
有一个疑问，AMBER和GAFF，本质上的参数都是相同的，比如对比hc和HC，n3和N3，仅仅区别就在于大小写，只不 ...

1 GAFF支持的原子类型更丰富，能兼容更多的化学环境
GAFF相较于AMBER的一个关键差异是支持的bonded项多多了，对比一下sobtop的bonded_param.dat里带的GAFF和AMBER的力场项数就知道了
如果有AMBER力场开发者不满，应当也只是极个别的。毕竟GAFF的几名主要开发者也是AMBER的主要开发者。GAFF和AMBER分开，面向各自专精的问题发展，又不牺牲兼容性，这从力场长远发展角度来说也有好处。

2 不是生物分子体系的情况，一律用GAFF

3 UFF的参数只是凑合用的目的。而过渡金属体系化学环境多样，UFF肯定不会很理想。所以若有实验数据或者高精度AIMD跑的数据的话，最好以其为对象进一步优化参数。

作者
Author: lilf 时间: 2022-8-6 22:29
请问社长能否给Sobtop增加个算RESP电荷的功能（从读Multiwfn算出来的RESP电荷改为直接计算电荷），这样会可能会更加的便利。Multiwfn的功能太多，太强大

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-7 05:02

lilf 发表于 2022-8-6 22:29
请问社长能否给Sobtop增加个算RESP电荷的功能（从读Multiwfn算出来的RESP电荷改为直接计算电荷），这样会可 ...

我思考了一下，感觉这样并没带来多大方便，用户还得在sobtop里输入溶剂名、净电荷、自旋多重度，还要提供设置计算级别、核数什么的。还不如让用户直接改脚本省事。
用下文的脚本计算RESP电荷也不过是一行命令的事而已
计算RESP原子电荷的超级懒人脚本（一行命令就算出结果）
http://sobereva.com/476（http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html）
RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/531（http://bbs.keinsci.com/thread-16190-1-1.html）

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