计算化学公社

标题: 如何用Python脚本指定修改预平衡后输出的gro文件中的溶剂分子呢？ [打印本页]

作者
Author: 吃西瓜的佩奇 时间: 2022-8-5 22:59
标题: 如何用Python脚本指定修改预平衡后输出的gro文件中的溶剂分子呢？
请问老师：1. 利用packmol建模后的pdb文件可以用Python脚本对指定的分子进行修改，但预平衡后输出的文件类型为gro文件，如何在脚本中指定gro文件中的溶剂分子呢？（gro文件中所有的分子名均为MOL）
2. 之前用packmol建模后可以在VMD中resname功能下显示不同类型的分子名称，但是最近建模后在VMD中均为MOL，是什么原因呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-6 03:50
把[moleculetypes]里的[atoms]里的残基名设成溶剂名，这样gro文件里这些分子的残基名也是溶剂名
gro文件里没有分子名一说，只有残基名。

作者
Author: 吃西瓜的佩奇 时间: 2022-8-6 10:25

sobereva 发表于 2022-8-6 03:50
把[moleculetypes]里的[atoms]里的残基名设成溶剂名，这样gro文件里这些分子的残基名也是溶剂名
gro文件里 ...

老师是指在单分子的itp文件中进行修改，修改后进行预平衡的过程吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-6 14:58

吃西瓜的佩奇发表于 2022-8-6 10:25
老师是指在单分子的itp文件中进行修改，修改后进行预平衡的过程吗？

mdrun跑出来的gro里的残基名和[atoms]里的一致

作者
Author: 吃西瓜的佩奇 时间: 2022-8-6 15:35

sobereva 发表于 2022-8-6 14:58
mdrun跑出来的gro里的残基名和[atoms]里的一致

谢谢老师，这个已经成功了。再请问老师在python脚本中指定gro文件中残基名的命令是什么呢？我用的是solvent_mol_name = 'CB'，CB即残基名/溶剂名，但没有被识别。

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2022-8-6 20:35

吃西瓜的佩奇发表于 2022-8-6 15:35
谢谢老师，这个已经成功了。再请问老师在python脚本中指定gro文件中残基名的命令是什么呢？我用的是solve ...

与你具体用的是什么脚本，如果脚本有官方文档，就去官方文档查相关内容，如果是比较简单的脚本尝试自己能不能看懂。如果找不到文档也看不懂就换别的方法。

作者
Author: 吃西瓜的佩奇 时间: 2022-8-8 10:43

Frozen-Penguin 发表于 2022-8-6 20:35
与你具体用的是什么脚本，如果脚本有官方文档，就去官方文档查相关内容，如果是比较简单的脚本尝试自己能 ...

好的，谢谢老师

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