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标题: 求助：xTB结合NPT系综分子动力学导致体系大幅度收缩 [打印本页]

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Author: liuhang0728 时间: 2022-8-6 14:31
标题: 求助：xTB结合NPT系综分子动力学导致体系大幅度收缩
我想用cp2k中的周期性xTB方法跑一段分子动力学，来模拟Al(OH)3生长基元在γ-AlOOH的slab层上的吸附，包含显式的水溶剂，一开始我用的是NVT系综，发现离slab层较远的地方出现了真空区，换成NPT系综后，体系出现了大幅度的收缩，大概只剩下原来一半的体积，水分子全部堆到一起，slab层也发生了明显的变形。请问各位老师，这种情况是由什么原因引起的？有没有解决方案？

作者
Author: liuhang0728 时间: 2022-8-6 14:40
抱歉，NVT的输入文件传错了，当时做的确实是NVT系综

作者
Author: ene 时间: 2022-8-6 16:54
http://bbs.keinsci.com/thread-28721-1-1.html

作者
Author: liuhang0728 时间: 2022-8-6 18:05

ene 发表于 2022-8-6 16:54
http://bbs.keinsci.com/thread-28721-1-1.html

好的，多谢

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-7 04:58
可以改用半经验方法试试

作者
Author: liuhang0728 时间: 2022-8-7 11:02

sobereva 发表于 2022-8-7 04:58
可以改用半经验方法试试

您是指PM6之类的方法可能会更好吗？之前看您提到过cp2k中xTB比其他的半经验方法好用很多

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-8 03:09

liuhang0728 发表于 2022-8-7 11:02
您是指PM6之类的方法可能会更好吗？之前看您提到过cp2k中xTB比其他的半经验方法好用很多

已知GFN-xTB严重不好（而且显著低于其平均水准）的情况，自然有尝试半经验的价值，虽然大概率也不怎么样
水层减小一些的话，这体系还没大到不得不用半经验级别的方法跑

作者
Author: liuhang0728 时间: 2022-8-8 10:56

sobereva 发表于 2022-8-8 03:09
已知GFN-xTB严重不好（而且显著低于其平均水准）的情况，自然有尝试半经验的价值，虽然大概率也不怎么样
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好的，多谢卢老师。

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