计算化学公社

标题: 关于orca计算中读取波函数命令求助 [打印本页]

作者
Author: lym563557413 时间: 2022-8-6 18:26
标题: 关于orca计算中读取波函数命令求助
我想通过读取cc-pvtz基组下算出的波函数，去计算aug-cc-pvtz基组下的单点能，因为直接算atz基组算不出来，然后查阅资料查到了base这个命令，也尝试着写了一下，但是并没有计算出来，因为我的关键词给的不对。请教大家，读取波函数的关键词怎么用。已经产生的波函数的文件格式为.gbw.xz,不知道这个格式的文件还需要处理吗？下面是我自己给出的命令行，但是不对，我贴出来，有懂的老师同学帮忙解答一下，谢谢。

%pal nprocs 24
end
! dlpno-mp2 sp cc-pvtz cc-pvtz/c tightpno base=129-1-tz.gbw.xz
%maxcore 2500
* xyz 0 1

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-8-6 20:53
base不是这么用的。orca关键字不像高斯关键字那样是后面加等号的，仔细看说明书了解orca的关键字怎么写。
读取波函数应该用MORead，自己在手册里搜MORead看怎么用

作者
Author: lym563557413 时间: 2022-8-6 22:11

wzkchem5 发表于 2022-8-6 20:53
base不是这么用的。orca关键字不像高斯关键字那样是后面加等号的，仔细看说明书了解orca的关键字怎么写。
...

谢谢大神回复，我确实对这个是小白，请问方便发一份说明书吗？我查了好多都没有查到

作者
Author: ghifi37 时间: 2022-8-6 22:39

lym563557413 发表于 2022-8-6 22:11
谢谢大神回复，我确实对这个是小白，请问方便发一份说明书吗？我查了好多都没有查到

https://orcaforum.kofo.mpg.de/ap ... etail&df_id=186

作者
Author: lym563557413 时间: 2022-8-8 11:17

ghifi37 发表于 2022-8-6 22:39
https://orcaforum.kofo.mpg.de/app.php/dlext/?view=detail&df_id=186

想继续请教老师，我这个现在知道怎么算了，直接在命令行加了MOread,计算也识别到了关键词，但是却报错说找不到波函数，我的inp文件名gbw文件名是一致的，附3张图如下，第一张是报错的输出文件截图，第二张是输入文件命令行截图，第三张是文件名截图。还希望老师给予帮助解答，多谢。

作者
Author: lym563557413 时间: 2022-8-8 11:18
3张图

作者
Author: ghifi37 时间: 2022-8-8 15:26

lym563557413 发表于 2022-8-8 11:18
3张图

这个gbw文件是怎么获得的？可以用之前产生gbw的级别再读次gbw看看有没问题，还有问题就是文件坏了

作者
Author: ChemG 时间: 2022-8-8 16:14
用了！MOREAD，你也要告诉人家你的波函数文件是谁啊。%moinp “file.gbw”。

作者
Author: lym563557413 时间: 2022-8-9 20:03

ChemG 发表于 2022-8-8 16:14
用了！MOREAD，你也要告诉人家你的波函数文件是谁啊。%moinp “file.gbw”。

多谢老师，但是我不太会用这个命令，我把我的命令粘贴在下面，但是我这个命令不对，请老师帮忙指正一下，辛苦
%pal nprocs 24
end
! dlpno-mp2 sp cc-pvtz cc-pvtz/c tightpno MORead
%moinp “129-1-tz.gbw”
%maxcore 2500
* xyz 0 1

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-8-9 20:13

lym563557413 发表于 2022-8-9 13:03
多谢老师，但是我不太会用这个命令，我把我的命令粘贴在下面，但是我这个命令不对，请老师帮忙指正一下， ...

没错，但是引号必须用英文引号，不能用中文引号

作者
Author: lym563557413 时间: 2022-8-23 15:44

wzkchem5 发表于 2022-8-9 20:13
没错，但是引号必须用英文引号，不能用中文引号

老师我之前的问题解决掉了一半，就是我的问题是我想通过读取tz基组的波函数来计算atz基组下的单点能，但是成功读取后，却不能正常完成计算，下面我截了一个图，这里面有warning，最后这个题自己就死掉了，请老师指点一下

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-8-23 15:53

lym563557413 发表于 2022-8-23 08:44
老师我之前的问题解决掉了一半，就是我的问题是我想通过读取tz基组的波函数来计算atz基组下的单点能，但 ...

图没有传上来

作者
Author: lym563557413 时间: 2022-8-23 16:44
老师，是这样子的

作者
Author: lym563557413 时间: 2022-8-23 16:55

wzkchem5 发表于 2022-8-23 15:53
图没有传上来

老师，传到下面了

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-8-23 17:31

lym563557413 发表于 2022-8-23 09:44
老师，是这样子的

看起来是基组线性相关问题，因为能量远低于合理值。
试试加大格点，并且把%scf里的sthresh参数调大一些（默认值是1e-8，你先试试1e-7，如果还不行就1e-6）。注意同一篇文章里但凡是相同泛函、相同基组的计算，即便直接算能正常收敛的，都要统一调sthresh和格点来和这个计算统一，不然结果不可比

作者
Author: lym563557413 时间: 2022-8-23 21:47

wzkchem5 发表于 2022-8-23 17:31
看起来是基组线性相关问题，因为能量远低于合理值。
试试加大格点，并且把%scf里的sthresh参数调大一些 ...

老师这个%scf里面的sthresh参数调到1e-7的话关键词怎么写呀？上次您发我的那个链接我一直点不进去，后来也没好意思再问您要，还请老师指教

作者
Author: lym563557413 时间: 2022-8-23 21:48

lym563557413 发表于 2022-8-23 21:47
老师这个%scf里面的sthresh参数调到1e-7的话关键词怎么写呀？上次您发我的那个链接我一直点不进去，后来 ...

就是上次您发给我过一个关于orca说明书的链接，可是我这边一直进不去‘’

作者
Author: lym563557413 时间: 2022-8-23 22:01

wzkchem5 发表于 2022-8-23 17:31
看起来是基组线性相关问题，因为能量远低于合理值。
试试加大格点，并且把%scf里的sthresh参数调大一些 ...

老师这个%scf里面的sthresh参数调到1e-7的话关键词怎么写呀？上次您发我的那个链接我一直点不进去，后来也没好意思再问您要，还请老师指教

作者
Author: lym563557413 时间: 2022-8-23 22:04

lym563557413 发表于 2022-8-23 22:01
老师这个%scf里面的sthresh参数调到1e-7的话关键词怎么写呀？上次您发我的那个链接我一直点不进去，后来 ...

顺便说一下，我这个本来是想直接算atz基组下的单点能，也是因为直接算能量趋势不对，所以才想着通过读取tz的波函数来计算atz的能量，当时直接计算atz基组下的问题我也把图贴下面一下老师

作者
Author: lym563557413 时间: 2022-8-23 22:04
直接计算atz基组下的单点能时，能量趋势是这样子的

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-8-24 01:44

lym563557413 发表于 2022-8-23 15:01
老师这个%scf里面的sthresh参数调到1e-7的话关键词怎么写呀？上次您发我的那个链接我一直点不进去，后来 ...

%scf sthresh 1e-7 end

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-8-24 01:45

lym563557413 发表于 2022-8-23 15:04
直接计算atz基组下的单点能时，能量趋势是这样子的

这也是典型的基组线性相关问题。凡是能量显著低于合理值（比如比其他基组下正常计算的能量低100Hartree以上），基本都是基组线性相关，要靠提高sthresh以及降低计算数值误差（把积分阈值设严、增加格点）的方法解决

作者
Author: lym563557413 时间: 2022-8-24 09:09

wzkchem5 发表于 2022-8-24 01:45
这也是典型的基组线性相关问题。凡是能量显著低于合理值（比如比其他基组下正常计算的能量低100Hartree以 ...

好的老师，多谢解答，我先按照您说的降低sthresh参数试一下

作者
Author: yuyangzap 时间: 2022-8-26 10:43
算半天搞不定，就别读取，直接加大迭代，用slowconv算法

作者
Author: lym563557413 时间: 2022-8-29 15:57

lym563557413 发表于 2022-8-24 09:09
好的老师，多谢解答，我先按照您说的降低sthresh参数试一下

老师，我这里现在不是读取，是正常计算DLmp2/atz基组下的单点能，可是算了好几天了还没好，现在是这样子的，我把截图放下面，请老师看看，这个趋势还能继续等吗

作者
Author: lym563557413 时间: 2022-8-29 15:59
老师您看下，现在是这个样子的

作者
Author: lym563557413 时间: 2022-8-29 17:59

yuyangzap 发表于 2022-8-26 10:43
算半天搞不定，就别读取，直接加大迭代，用slowconv算法

老师我还有个问题请问一下，我用orca计算DLPNO-MP2/aTZ基组下的分子间相互作用能是-18.44kcal/mol，跟GAUSSIAN计算的MP2/aTZ的-11.46相比，相差好多，请问关于这种问题，可能是方法不同造成的吗，我的体系是一个堆积体系，我把结构图放下面老师，请老师指点

作者
Author: lym563557413 时间: 2022-8-29 18:00
这个是体系的结构图

作者
Author: yuyangzap 时间: 2022-8-30 14:09

lym563557413 发表于 2022-8-29 17:59
老师我还有个问题请问一下，我用orca计算DLPNO-MP2/aTZ基组下的分子间相互作用能是-18.44kcal/mol，跟GAU ...

这年头别用MP2，要不用DLPNO-CCSD(T)，要不就用SAPT。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2024-2-21 15:09
本帖最后由 zjxitcc 于 2024-2-21 15:12 编辑

yuyangzap 发表于 2022-8-26 10:43
算半天搞不定，就别读取，直接加大迭代，用slowconv算法

不建议。推荐不要尝试各种关键词（很多时候看运气收敛，人工成本过高），而是直接采用别的程序（如Gaussian）算好了，甚至检验好了波函数稳定性，然后用fch2mkl小程序传轨道给ORCA。如果程序花500圈收敛了，它敢收敛我还不敢信。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2024-2-21 15:12

lym563557413 发表于 2022-8-29 17:59
老师我还有个问题请问一下，我用orca计算DLPNO-MP2/aTZ基组下的分子间相互作用能是-18.44kcal/mol，跟GAU ...

下结论为时过早。先确保两个计算的坐标一样，然后确保基组一样，然后确保ORCA中使用了TightSCF或VeryTightSCF，并且使用了TightPNO，再然后检查两个程序的HF能量是否一致（相差多少），这些因素都排除之后，来这里说一下你的检查结论，然后再提问。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2024-2-21 15:17

lym563557413 发表于 2022-8-24 09:09
好的老师，多谢解答，我先按照您说的降低sthresh参数试一下

提醒一下，量子化学软件处理基函数线性相关最常用的阈值是sthresh 1e-6，这也是Gaussian和GAMESS的默认阈值，不建议使用sthresh 1e-7。如果想100%确认是否存在基函数线性相关，可以用一样的结构和基组在Gaussian中算几秒，看轨道数和基函数数目即可下定论。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)