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标题: 请问建立体系时仅设置一条高分子链合理吗？ [打印本页]

作者
Author: 高处裹棉被 时间: 2022-8-6 22:17
标题: 请问建立体系时仅设置一条高分子链合理吗？
本帖最后由高处裹棉被于 2022-8-7 09:03 编辑

各位老师好，我最近在建立两种聚合物的体系，第一种是纯聚合物的体系，第二种是聚合物+溶液的体系，

我查阅了相关文献，对于两种体系都看到有直接建立一条100重复单元分子链并构建一个大盒子再将其平衡到想要的条件下，也有盒子里放入多条高分子链的

想请问在这两种体系中都仅放一条高分子链的做法是否合理？与多条相比是否忽略了链间相互作用而使结果产生虚假性？

谢谢各位老师解答

作者
Author: 牧生 时间: 2022-8-7 09:42
个人意见：
我觉得现今绝大多数模拟聚合物的文献都是有待商榷的。
我们大多数人能做到的模拟体系，原子数顶多也就只有几百万。我认为用很小重复数的分子片段去表征成千上万重复单元，是非常偏离实际的。或者由于加入聚合物数量太少，远远偏离了真实情况。根本无法体现聚合物分子在水中的形态，比如缔合。
粗粒化应该可以定性的实现聚合物模拟，但精确度不高。

作者
Author: 高处裹棉被 时间: 2022-8-8 10:11

牧生发表于 2022-8-7 09:42
个人意见：
我觉得现今绝大多数模拟聚合物的文献都是有待商榷的。
我们大多数人能做到的模拟体系，原子数 ...

谢谢牧生老师回答，那也就是说不管放多少条（当然越多越好），只要能出来的模拟结果趋势与实验吻合就可以了是吗？

作者
Author: 牧生 时间: 2022-8-8 10:14

高处裹棉被发表于 2022-8-8 10:11
谢谢牧生老师回答，那也就是说不管放多少条（当然越多越好），只要能出来的模拟结果趋势与实验吻合就可以 ...

原则上，我认为不是这样的。但实际上，大家都这样做的，而且大家都心照不宣的认为可以这样，都不互相为难。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-8-8 15:02

牧生发表于 2022-8-7 02:42
个人意见：
我觉得现今绝大多数模拟聚合物的文献都是有待商榷的。
我们大多数人能做到的模拟体系，原子数 ...

对了我想借楼问一下，如果要模拟一个分子量极大，一个周期性盒子里都装不下一个分子的聚合物，能不能用无穷长的周期性聚合物来模拟（也就是一个周期性盒子里的聚合物和旁边周期性盒子成键）？我最近在接触一个涉及聚合物模拟的问题，对方说只能建有限长的聚合物，我不知道是建模软件的限制，还是说理论上不应该这么算。

作者
Author: 牧生 时间: 2022-8-8 15:36
本帖最后由牧生于 2022-8-8 15:46 编辑

wzkchem5 发表于 2022-8-8 15:02
对了我想借楼问一下，如果要模拟一个分子量极大，一个周期性盒子里都装不下一个分子的聚合物，能不能用无 ...

我以前从没考虑过这个问题，但直觉上认为，不能用无限长的周期性聚合物来模拟。现编的理由如下：

一条聚合物链在水中，如果很长（比如重复单元数100000），该条聚合物就会因为柔性在水中变成无规线团状了。如果用一个小盒子，放入一个周期性的片段（比如重复单元数100），这个小盒子内，模拟出来以后，看到的应该是波浪形的线条，或者小型的线团。vmd显示出周期性以后，应该还是线条状，或者是糖葫芦状的多个重复线团，不会呈现无规线团状，和实际差距较大。
如果非要强行模拟聚合物溶液，比如重复单元数100000的一个聚合物，可以建立一个重复单元数1000的片段放进溶液里面去模拟。我估计一般评审也不会有啥刁难。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-8-8 16:18

牧生发表于 2022-8-8 08:36
我以前从没考虑过这个问题，但直觉上认为，不能用无限长的周期性聚合物来模拟。现编的理由如下：

一条 ...

但是实际聚合物是大的无规线团，我觉得”糖葫芦状的多个重复（小）线团“会不会比单个的小无规线团更接近大的无规线团？

作者
Author: 牧生 时间: 2022-8-8 16:43

wzkchem5 发表于 2022-8-8 16:18
但是实际聚合物是大的无规线团，我觉得”糖葫芦状的多个重复（小）线团“会不会比单个的小无规线团更接近 ...

如果是无穷长的周期性聚合物，那是不是就意味着装有小片段的盒子的边缘上一定有聚合物，才能与镜像的聚合物链无缝衔接。如果只有一个较长的聚合物片段，显示镜像后，就是多个孤立的线团。
(, 下载次数 Times of downloads: 12)

我认为以上两种方式，本质上区别不大。

作者
Author: joke122 时间: 2022-8-29 20:59
求问，为什么有时候建立的高分子链盒子跑完后会有单独的氢原子出来

作者
Author: 高处裹棉被 时间: 2022-8-30 09:59
本帖最后由高处裹棉被于 2022-8-30 10:01 编辑

joke122 发表于 2022-8-29 20:59
求问，为什么有时候建立的高分子链盒子跑完后会有单独的氢原子出来

你指的氢原子出来是因为周期性边界条件，有部分原子跑到盒子外面，

还是指氢原子从高分子链上断开，不成键，出现lincs warning？

如果是前者应该没有大问题，后者的话可以看sobtop页面的FAQhttp://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ

作者
Author: joke122 时间: 2022-8-30 15:57
本帖最后由 joke122 于 2022-10-30 19:32 编辑

高处裹棉被发表于 2022-8-30 09:59
你指的氢原子出来是因为周期性边界条件，有部分原子跑到盒子外面，

还是指氢原子从高分子链上断开，不 ...

多谢老师，经过实践发现是我建完高分子链后计算键的连接后发现有氢原子掉落，初始模型就存在问题

作者
Author: joke122 时间: 2022-8-30 16:05
本帖最后由 joke122 于 2022-10-30 19:35 编辑

谢谢老师！问题已解决

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