;中心原子元素符号(优先识别首字母) 中心原子类型 分配电荷 元素质量 周围原子数 周围原子元素名 距中心原子的距离
Si SC4 1.10 28.0860 4 O 0.16 O 0.16 O 0.16 O 0.16 ;for SiO2 in bulk or SiOH
Si SC4 1.10 28.0860 3 O 0.16 O 0.16 O 0.16 ;for SiO2 in bulk or SiOH
Si SC4 1.10 28.0860 2 O 0.16 O 0.16 ;for SiO2 in bulk or SiOH
Si SC4 1.10 28.0860 1 O 0.16 O 0.16 ;for SiO2 in bulk or SiOH
O OC23 -0.900 15.9994 1 Si 0.16 ;in SiO-
O OC24 -0.675 15.9994 2 Si 0.16 H 0.096;0.11 ;in Si-OH
O OC23 -0.55 15.9994 2 Si 0.16 Si 0.16 ;SiO2
H HOY 0.40 1.0080 1 O 0.096;0.11 ;Si-OH
1、在VMD中得到一个二氧化硅的pdb文件，命名为SiO2.pdb，
2、使用sobtop生成所需的itp文件，使用md_PBC.mdp，跑了一下MD，跑完后的晶体状态保持的非常良好。此处有一个疑问，gmx会自动调节rlist，那么，md_PBC.mdp在这里为什么还要写上rlist = 0.5？
3、使用SiO2.pdb和水建立了一个盒子，
tolerance 2.0
add_box_sides 1.5
output mix.pdb
filetype pdb
structure SiO2.pdb
number 1
inside box 0. 0. 0. 25. 30. 35.
end structure
structure H2O.pdb
number 1000
inside box 0. 0. 35. 25. 30. 100.
end structure (, 下载次数 Times of downloads: 16)
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4、进行能量极小化，就报错
Fatal error:
There are inconsistent shifts over periodic boundaries in a molecule type
consisting of 1800 atoms. The longest distance involved in such interactions
is 3.428 nm which is above half the box length. Either you have excessively
large distances between atoms in bonded interactions or your system is
exploding.
5、我确信二氧化硅和水本身的参数是没有问题的。自我猜测的原因在于，二氧化硅晶体是周期性，应该添加周期性的参数。
6、从md_PBC.mdp中，把periodic-molecules = yes复制到em.pdb中，可以跑起来，但是结果显然不对。 (, 下载次数 Times of downloads: 13)
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7、强行跑一下npt，结果如下，显然不对
(, 下载次数 Times of downloads: 14)