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标题: CGenFF生成有机小分子文件后运行python脚本报错求助 [打印本页]
作者
Author: zerochan    时间: 2022-8-7 18:56
标题: CGenFF生成有机小分子文件后运行python脚本报错求助
本帖最后由 zerochan 于 2022-8-7 19:01 编辑

问题简单化：Gromacs进行模拟时，用CGenFF生成有机小分子文件后运行python脚本报错提示重构工具解析错误，尝试各种方法都没有成功，垦请各位老师同学指点一二。

详细描述：在ubuntu22.04系统终端利用Gromacs2022.02版本做分子模拟，选择charmm36-jul2021.ff力场进行蛋白（含金属的糖蛋白）和配体模拟。在小分子.mol2文件（该文件是在ZINC数据库下载的，根据Gromacs官网进行了修改）用CGenFF力场生成小分子.str文件后，用“python cgenff_charmm2gmx.py ALLO ALLO.mol2 ALLO.str charmm36-jul2021.ff”对小分子进行转化的过程中报错（包括力场，转换的文件，脚本都有放在同一文件夹下），提示重构工具解析错误如下
“RefactoringTool: Files that need to be modified:
RefactoringTool: cgenff_charmm2gmx_py3_nx1.py
RefactoringTool: There were 3 errors:
RefactoringTool: Can't open ALLO: [Errno 2] No such file or directory: 'ALLO'
RefactoringTool: Can't parse ALLO.mol2: ParseError: bad input: type=20, value='<', context=('', (1, 1))
RefactoringTool: Can't parse ALLO.str: ParseError: bad input: type=1, value='stream', context=(' ', (1, 9))”
cgenff_charmm2gmx.py

尝试解决过程：CGenFF下载了cgenff_charmm2gmx_py2_nx1.py，cgenff_charmm2gmx_py3_nx1.py，cgenff_charmm2gmx_py3_nx2.py及GROMACS conversion program下的cgenff_charmm2gmx.py，输入了包括python(python2, python3) cgenff_charmm2gmx.py (包括以上各版本的脚本名称) ALLO ALLO.mol2 ALLO.str charmm36-jul2021.ff，得到的结果均和上述括号相似的报错，检查了python2 和3的版本分别为2.7.18, 3.10.4, numpy和networkx版本分别为1.23.1和2.8.5均有安装。而查看网上类似错误说是文件书写格式错误，尝试python的2to3得到的报错结果如下
"2to3 ALLO.mol2
RefactoringTool: Skipping optional fixer: buffer
RefactoringTool: Skipping optional fixer: idioms
RefactoringTool: Skipping optional fixer: set_literal
RefactoringTool: Skipping optional fixer: ws_comma
RefactoringTool: Can't parse ALLO.mol2: ParseError: bad input: type=20, value='<', context=('', (1, 1))
RefactoringTool: No files need to be modified.
RefactoringTool: There was 1 error:
RefactoringTool: Can't parse ALLO.mol2: ParseError: bad input: type=20, value='<', context=('', (1, 1))
2to3 ALLO.str
RefactoringTool: Skipping optional fixer: buffer
RefactoringTool: Skipping optional fixer: idioms
RefactoringTool: Skipping optional fixer: set_literal
RefactoringTool: Skipping optional fixer: ws_comma
RefactoringTool: Can't parse ALLO.str: ParseError: bad input: type=1, value='stream', context=(' ', (1, 9))
RefactoringTool: No files need to be modified.
RefactoringTool: There was 1 error:
RefactoringTool: Can't parse ALLO.str: ParseError: bad input: type=1, value='stream', context=(' ', (1, 9))"
然后试了根据mol2和str文件中的报错的context=(' ', (1, 9))中找到对应的行和列，比如第一行第九列后，把空格删除，报错会相应改成context=(' ', (1, 15))，去掉空格会改变context里的报错内容，
然后发了邮件给开发者，一开始他们叫我换版本，我告知他们我每个版本都尝试了，他们说“Sorry, I        have no idea where any of those messages are coming from. The        scripts work cleanly for me and I do not know what        RefactoringTool even is.”。
最终解决无果，向请教有没有大神了解如何解决？特此感谢！

以下附上相应的图片：
(, 下载次数 Times of downloads: 15) (, 下载次数 Times of downloads: 13) (, 下载次数 Times of downloads: 8) (, 下载次数 Times of downloads: 8) (, 下载次数 Times of downloads: 11) (, 下载次数 Times of downloads: 11)

另外想问下
1.是不是每个力场生成拓扑或参数文件的服务器都是特有的，它们的语言都不通用，所以生成的文件参数也不通用，像CHARMM除了CGenFF，CHARMM-GUI（还没得到激活，所以还用不了，已发邮件，等待中...），还有那些比较精确可用的免费服务器网站来生成对应的拓扑或参数文件？
2.本人需要尝试含金属离子的糖蛋白的自组装和与生物膜的相互作用应该使用哪种力场和水分子模型来进行模拟会更好，更能涵盖这个研究呢？


非常抱歉，可能我的认知和基础都非常薄弱，问题的描述和解决思路有很大劣势，还恳请各位大佬点拨点拨，感激万分！！！


作者
Author: sobereva    时间: 2022-8-8 05:10
这种体系用AMBER描述蛋白质、GLYCAM描述糖、GAFF描述小分子、Lipid或Slipids描述生物膜，再加上TIP3P描述水，就可以跑得很好，互相都是兼容的。图方便可以靠AmberTools的leap创建拓扑文件，再用acpype之类转成gmx的拓扑文件格式
作者
Author: 喵星大佬    时间: 2022-8-8 14:41
charmm-gui可以很容易的完成
作者
Author: zerochan    时间: 2022-8-11 17:52
sobereva 发表于 2022-8-8 05:10
这种体系用AMBER描述蛋白质、GLYCAM描述糖、GAFF描述小分子、Lipid或Slipids描述生物膜，再加上TIP3P描述水 ...

sob老师是指同一个整体分子可以用不同力场生成拓扑文件，然后再改写对应力场的指定写法（指兼容）进行拼接是吗？还有非常感谢sob老师的回复，刚学习没多久，资料还没看足，等深化学习再进行尝试。再次谢谢！
作者
Author: zerochan    时间: 2022-8-11 18:00
喵星大佬 发表于 2022-8-8 14:41
charmm-gui可以很容易的完成

但是我申请了邮箱一直没有收到激活邮件，都使用不了，我看还有一个FFParam的东西，但是他们都使用Python编写的，我也不知道为啥我用CGenff生成的东西用不了python脚本，也不知道哪里出错，使用其他py文件都可以，就这个一直报错重构错误，不知道是不是我装得python有问题，感觉应该不是脚本的问题，刚接触还有很多不懂。还有，谢谢喵星大佬的回复，谢谢。
作者
Author: sobereva    时间: 2022-8-12 06:35
zerochan 发表于 2022-8-11 17:52
sob老师是指同一个整体分子可以用不同力场生成拓扑文件，然后再改写对应力场的指定写法（指兼容）进行拼 ...

显然不是一个“整体分子”，而是体系中不同类型的分子



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