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标题: cp2k结构优化内存报错 [打印本页]

作者
Author: Markmahao 时间: 2022-8-7 23:29
标题: cp2k结构优化内存报错
本帖最后由 Markmahao 于 2022-8-7 23:31 编辑

各位老师好，最近在尝试重复别人的工作，截了一个结构出来，用multiwfn生成了结构优化的文件，但是总提示invalid memory reference（基组和赝势换了几种一样的报错）。为了确定不是软件的问题，重新安装了cp2k9.1，跑别的任务没有问题。请各位老师帮忙看一下，具体是什么问题，到底是结构不合理还是啥，感谢各位老师。附：输入文件，输出文件，以及运行时的最大内存。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-8 05:15
提示得很明确

*** WARNING in particle_methods.F:684 :: The distance between the atoms ***
*** 549 and 550 is only 0.021 angstrom and thus smaller than the ***
*** threshold of 0.500 angstrom ***

看一下输入文件里的坐标就知道有原子挨得太近，比如

O 32.47500000 36.67000000 40.88000000
O 32.46000000 36.67000000 40.86500000

作者
Author: Markmahao 时间: 2022-8-8 10:34

sobereva 发表于 2022-8-8 05:15
提示得很明确

好的sob老师，我仔细检查一下结构。太想当然了，以为这种提示不会引起内存的错误。

作者
Author: Markmahao 时间: 2022-8-8 11:10

sobereva 发表于 2022-8-8 05:15
提示得很明确

sob老师，我把之前的问题排除之后依旧有上述问题，无法继续计算，请您再帮忙看一下

作者
Author: 乐平 时间: 2022-8-8 12:14

Markmahao 发表于 2022-8-8 11:10
sob老师，我把之前的问题排除之后依旧有上述问题，无法继续计算，请您再帮忙看一下

报错了要看 .out 文件的报错信息

作者
Author: Markmahao 时间: 2022-8-8 14:22
本帖最后由 Markmahao 于 2022-8-8 14:23 编辑

乐平发表于 2022-8-8 12:14
报错了要看 .out 文件的报错信息

老师您好，因为报错输出的out没有处理之前的WARNING外，其他的都一样，所以没有附上。

作者
Author: ChemG 时间: 2022-8-8 16:09

Markmahao 发表于 2022-8-8 14:22
老师您好，因为报错输出的out没有处理之前的WARNING外，其他的都一样，所以没有附上。

你应该上传有报错信息的.out文件，不过你这个体系确实是有点大，整体的自旋多重度不知道1是否合适，你现在算的应该属于闭壳层了吧

作者
Author: chands 时间: 2022-8-8 16:12

ChemG 发表于 2022-8-8 16:09
你应该上传有报错信息的.out文件，不过你这个体系确实是有点大，整体的自旋多重度不知道1是否合适，你现 ...

是很大，我的本看不动。自旋的确要小心。

作者
Author: Markmahao 时间: 2022-8-8 16:56

ChemG 发表于 2022-8-8 16:09
你应该上传有报错信息的.out文件，不过你这个体系确实是有点大，整体的自旋多重度不知道1是否合适，你现 ...

谢谢您！我检查一下。

作者
Author: Markmahao 时间: 2022-8-8 16:57

chands 发表于 2022-8-8 16:12
是很大，我的本看不动。自旋的确要小心。

谢谢！

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