计算化学公社
标题: 使用QEtoolkit便利地创建QE的各种输入文件 [打印本页]
作者Author: 丁越 时间: 2022-8-8 19:43
标题: 使用QEtoolkit便利地创建QE的各种输入文件
本帖最后由 丁越 于 2023-5-24 10:20 编辑
使用QEtoolkit便利地创建QE的各种输入文件
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2022.9.11 注：修正了一些问题
2022.8.10 注： 修正了DFT+U部分的问题
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一、前言
Multiwfn程序中强大的输入文件生成功能给用户带来了极大的便利，特别是CP2K输入文件生成的功能，成为了该用户群体的一大福音。相对于CP2K来说，虽然QE的输入文件不难写，里面包含的内容也比较简明，但是如果能将输入文件生成进一步“傻瓜化”，避免在pwgui中点来点去落下某些关键参数的问题，这也将是一件非常有意义的工作。受此启发下，于是决定也搞一个QE的输入文件生成工具，继QEtoolkit-1.0版本后继续扩充成为了2.0版本，里面包含了pw.x，neb.x，dos.x，projwfc.x，hp.x，ph.x，pp.x，bands.x模块常用功能的输入文件生成。该工具的使用习惯和Multiwfn十分相似，所以想要生成什么输入文件按照提示输入相应选项、文件即可。第三节将会使用几个简单案例进行展示。
二、程序使用说明
由于QE的模块比较杂，为了能够明白什么时候该输入什么文件，有必要先简单说明一下各个模块的用途：
* pw.x: 这个是QE的核心程序，里面包含单点计算、非自洽计算、结构优化、能带计算、MD功能。
* neb.x: 这个是利用CI-NEB计算过渡态的程序，neb.x本质上还是一个外壳，核心的自洽计算还是交给pw.x执行。
* dos.x, projwfc.x: 这两者是用于DOS、PDOS计算的程序。
* hp.x: 通过线性响应计算hubbard U的程序，当然还可以计算DFT+U+V。
* ph.x: hp和ph乍一看挺混淆的，但是要知道这两个名字咋来的就记住了。hp刚才上面已经说了，是hubbard U。而这里ph是phonon，利用线性响应进行声子计算的程序。
* pp.x: 该程序是用于后处理，顾名思义，post processing的程序。用于各种电子结构性质的计算，比如电子密度、静电势、RDG等等。
* bands.x: 这个是pw.x 能带计算后进行后处理的程序，能生成gnuplot绘图格式的能带数据。
在使用该工具包之前，用户首先需要更改QEtoolkit代码首行中user defined parameters, 包括默认赝势库的路径以及QE的版本。QEtoolkit预定义了四套赝势库，分别是GBRV的超软赝势、PSlibrary中pbe和pbesol的PAW赝势，ONCV的模守恒(NC)赝势，用户也应该自行去把这四套赝势备齐，这就足以应付绝大多数的计算问题了。一般计算首选GBRV的超软赝势，精度和速度都很不错，但是存在的问题是赝势并没有像PSlibrary中那么齐全，尤其是一些镧系元素上。其次PSlibrary中的赝势也是较好的选择，pbesol对于固体晶格参数的计算精度比较好。内置的PSlibrary中的赝势全部采用了非半芯、无非线性核校正赝势，如果你想用那些的话可以自行把预定义的赝势换了。带个ONCV的模守恒赝势主要是为了应付拉曼光谱计算，QE比较坑爹的一点就是好多计算没给你说明不能用某些泛函或者参数，比如这里的拉曼光谱计算必须就得用lda+NC去做。PS：也可以修改源码采用pbe+NC去做（https://minerals.chazeon.com/post/notes-on-raman-with-qe/）。QE的版本参数需要定义的原因是自7.1版本起DFT+U关键词进行了完全的重构，所以不同版本这块关键词不能混用。
三、案例
2.1 BCC Fe晶胞优化
直接输入./QEtoolkit.sh Fe.cif，或者先运行QEtoolkit，选择功能0后再按照提示输入Fe.cif。接下来输入下面选项来生成晶胞优化的输入文件：
- 0 #选择pw.x模块
- 1 #选择计算体系的类型
- 3 #这里Fe是导体
- 2 #选择计算任务
- 4 #晶胞优化
- 6 #进入定义磁矩选项，弹出以下界面
- Define Magnetization:
- type1: Fe magnetization:0 Natms:2
- * Magnetization is defined as (nalpha-nbeta)/(nalpha+nbeta), ranges from -1 to 1.
- * If you want to define antiferromagnetism state, two groups of same type atoms should be setted with opposite magnetization of -n and n, respectively.
- * Input "q" to exit.
- Which type of atoms do you want to define magnetization:
- 1
- Input magnetization, e.g. 0.5
- 0.5
- type1: Fe magnetization:0.5 Natms:2
- Which type of atoms do you want to define magnetization:
- q
- 这里只有Fe一种元素，定义完磁矩值后输入"q"退出定义磁矩界面
- 8 #设置k点，这里定义3*3*3
最后当前目录下就出现了Fe.vcrelax.in的输入文件，用户需要进一步修改截断能参数。当然这里直接使用了GBRV的赝势，你可以进入10选项来修改想要使用的赝势库类型。
2.2 Cu(111) 的功函数
功函数公式为局部真空区域Hartree势减去Fermi能级。所以第一步先进行自洽计算得到Cu(111)面的Fermi能级，第二步通过pp.x产生静电势的Cube文件来获取局部真空区域Hartree势。
第一步：生成Cu(111)的 单点计算文件
- ./QEtoolkit Cu111.cif
- 0 #pw.x 模块
- 1 #Cu为导体
- 3
- 8 #设置k点，真空层方向保留一个k点即可
- 3,3,1
- 0 #生成输入文件
第二步：生成计算静电势的输入文件
- ./QEtoolkit
- 6 #进入pp.x模块
- 5 #静电势的cube文件
- Multiwfn.exe esp.cube
- 13 #进入格点数据处理功能
- 18 #计算沿着Z方向的面平均
- Z
- a
- 3 #绘图
- 6 #保存绘制的图
- 9 #输出面平均的原始数据
(, 下载次数 Times of downloads: 71)
这里不要直接目测读数据，我们看到图中12埃附近Hartree势就比较平直了，所以打开刚才输出的原始数据找到12埃附近的Z值，大约为0.51a.u. ,注意QE中的基本单位为里德堡(Ry)制，需要将这里得到的Z值转化为eV再去算功函数，所以功函数为0.51*13.6-2.0330=4.903 eV。
2.3 Si 的单点及能带计算
第一步： Si晶胞的自洽计算- ./QEtoolkit Si.cif
- 0
- 1
- 2 #Si为半导体
- 8
- 4,4,4
- 0
- ./QEtoolkit Si.cif
- 0
- 1
- 2 #设置计算任务类型为能带计算
- 6
- 0
(, 下载次数 Times of downloads: 77)
2.4 FeO的Hubbard U值计算
FeO是反铁磁绝缘体，如果不加U的话结果计算下来是导体。当前版本的QEtoolkit中无法直接定义反铁磁态，下个小版本更新时将会加入这个功能，所以当下只能先定义铁磁态，然后手动修改成反铁磁态。
- ./QEtoolkit FeO
- 0
- 6
- Define Magnetization:
- type1: Fe magnetization:0 Natms:2
- type2: O magnetization:0 Natms:2
- * Magnetization is defined as (nalpha-nbeta)/(nalpha+nbeta), ranges from -1 to 1.
- * If you want to define antiferromagnetism state, two groups of same type atoms should be setted with opposite magnetization of -n and n, respectively.
- * Input "q" to exit.
- Which type of atoms do you want to define magnetization:
- 1
- Input magnetization, e.g. 0.5
- 0.5
- type1: Fe magnetization:0.5 Natms:2
- type2: O magnetization:0 Natms:2
- Which type of atoms do you want to define magnetization:
- q
- 7 #开启DFT+U
- 2
- 8
- 3,3,3
- 0
- &CONTROL
- calculation = 'scf'
- restart_mode = 'from_scratch'
- outdir = './tmp'
- pseudo_dir = '/home/dy/qe_pbe_GBRV'
- prefix = 'FeO'
- verbosity = 'low'
- /
- &SYSTEM
- ibrav = 0
- nat = 4
- ntyp = 3
- ecutwfc = 20.0
- ecutrho = 300.0
- occupations = 'smearing'
- degauss = 0.001
- smearing = 'gaussian'
- nspin = 2
- starting_magnetization(1) = 0.5
- starting_magnetization(2) = -0.5
- lda_plus_u = .true.
- Hubbard_U(1) = 1.D-8
- Hubbard_U(2) = 1.D-8
- U_projection_type = 'ortho-atomic'
- /
- &ELECTRONS
- electron_maxstep = 128
- conv_thr = 1.D-6
- mixing_mode = 'plain'
- mixing_beta = 0.7
- mixing_ndim = 8
- diagonalization = 'david'
- /
- CELL_PARAMETERS angstrom
- 3.102293760 0.000000000 0.000000000
- 1.499036090 2.721409730 0.000000000
- 1.504046230 0.833573050 5.033304410
- ATOMIC_SPECIES
- Fe1 55.845 fe_pbe_v1.5.uspp.F.UPF
- Fe2 55.845 fe_pbe_v1.5.uspp.F.UPF
- O 15.999 o_pbe_v1.2.uspp.F.UPF
- ATOMIC_POSITIONS angstrom
- Fe1 0.000000000 0.000000000 0.000000000
- Fe2 3.052688000 1.777491000 2.516652000
- O 4.676533000 2.712576000 3.766550000
- O 1.428843000 0.842407000 1.266754000
- K_POINTS automatic
- 3 3 3 0 0 0
- &CONTROL
- calculation = 'scf'
- restart_mode = 'from_scratch'
- outdir = './tmp'
- pseudo_dir = '/home/dy/qe_pbe_GBRV'
- prefix = 'FeO'
- verbosity = 'low'
- /
- &SYSTEM
- ibrav = 0
- nat = 4
- ntyp = 3
- ecutwfc = 20.0
- ecutrho = 300.0
- occupations = 'fixed'
- tot_magnetization = 0
- nbnd = 26
- nspin = 2
- starting_magnetization(1) = 0.5
- starting_magnetization(2) = -0.5
- lda_plus_u = .true.
- Hubbard_U(1) = 1.D-8
- Hubbard_U(2) = 1.D-8
- U_projection_type = 'ortho-atomic'
- /
- &ELECTRONS
- electron_maxstep = 128
- conv_thr = 1.D-6
- mixing_mode = 'plain'
- mixing_beta = 0.7
- mixing_ndim = 8
- diagonalization = 'david'
- startingpot = 'file'
- startingwfc = 'file'
- /
- CELL_PARAMETERS angstrom
- 3.102293760 0.000000000 0.000000000
- 1.499036090 2.721409730 0.000000000
- 1.504046230 0.833573050 5.033304410
- ATOMIC_SPECIES
- Fe1 55.845 fe_pbe_v1.5.uspp.F.UPF
- Fe2 55.845 fe_pbe_v1.5.uspp.F.UPF
- O 15.999 o_pbe_v1.2.uspp.F.UPF
- ATOMIC_POSITIONS angstrom
- Fe1 0.000000000 0.000000000 0.000000000
- Fe2 3.052688000 1.777491000 2.516652000
- O 4.676533000 2.712576000 3.766550000
- O 1.428843000 0.842407000 1.266754000
- K_POINTS automatic
- 3 3 3 0 0 0
2.5 TiO2(110)-H2O的振动频率及其热力学性质计算
由于QE的声子计算不支持DFT-D3和DFT-D3(BJ)，所以为了后续的声子计算，改用了在DFT-D2下进行结构优化，这一点也确实让人难受，这都什么年头了还让人用DFT-D2，不知道下个版本会不会修正这个问题。生成结构优化文件的过程这里就不再赘述了，下面我们直接生成gamma点声子频率计算的输入文件，。
- ./QEtoolkit.sh TiO2_H2O.relax.in
- 2 #进入声子计算模块
- 1 #选择slab模型
- 1 #生成gamma点声子频率计算
- How to calculate phonon frequency of adsorbed molecule at gamma:
- * step 1: Perform a Self-Consistent Field ground-state calculation at the equilibrium structure using the pw.x program.
- Running cmd: mpirun -np 16 pw.x -i xxx.scf.in > xxx.scf.out
- * step 2: calculate phonon frequency by ph.x code:
- Running cmd: mpirun -np 16 ph.x -i xxx.ph.in > xxx.ph.out
- Input the atom index to be used in the linear response calculation, e.g. 3,5,10-15
- 37-39 #这里仅仅对H2O进行线性响应计算
- The input file has been generate at current folder!
- ./QEtoolkit TiO2.relax.in
- 2 #ph.x模块
- 1 #slab模型相关的输入文件生成
- 2 #生成Shermo的输入文件以进行吸附分子热力学性质计算
- TiO2_H2O.ph.out #还需要读取声子计算完后的输出文件。如果用的熟悉的话，直接./QEtoolkit TiO2_H2O.relax.in TiO2_H2O.ph.out 运行会更加方便。
- *E
- Input electronic energy in Hartree unit rather than Ry unit.
- *wavenum
- 172.812451
- 268.561946
- 288.998426
- 369.409071
- 564.328763
- 662.637607
- 1524.809370
- 3699.021335
- 3804.779306
- *atoms
- O 15.999 3.176546000 3.295033000 9.760404000
- H 1.008 3.284608000 2.389300000 10.392720000
- H 1.008 3.126065000 4.173219000 10.437422000
- *elevel
- 0.00 1
2.6 气相CO2分子的热力学性质计算
首先建个边长为15埃的盒子，里面放个CO2，然后用pw.x进行自洽计算。接下来，如果你不清楚怎么计算气相分子的gamma点声子频率的话，那就可以进入相应模块的输入文件生成功能，屏幕上就会打印出计算的步骤。比如这里的CO2的频率及热力学量计算，运行./QEtoolkit CO2.scf.in，我们进入2 ph.x模块，然后选择2 气相分子，接着选1，输入文件就生成到了当前目录下，按照提示一步一步运行即可。
- How to calculate phonon frequency of gaseous molecule at gamma:
- * step 1: Perform a Self-Consistent Field ground-state calculation at the equilibrium structure using the pw.x program.
- Running cmd: mpirun -np 16 pw.x -i xxx.scf.in > xxx.scf.out
- * step 2: calculate phonon frequency by ph.x code:
- Running cmd: mpirun -np 16 ph.x -i xxx.ph.in > xxx.ph.out
- * step 3: Impose the Acoustic Sum Rule (ASR) by dynmat.x code:
- Running cmd: dynmat.x -i dynmat.in > dynmat.out
对于CO2的热力学性质计算，我们同样是制作Shermo的输入文件，步骤如下所示：
- ./QEtoolkit CO2.scf.in
- 2 #进入ph.x模块
- 2 #选择气相分子
- 2 #制作Shermo的输入文件，此时将会自动读取dynmat.mold文件，该文件里面包含了CO2的频率信息
- *E
- -38.02142
- *wavenum
- 870.04
- 870.04
- 1019.20
- 1734.77
- *atoms
- C 12.011 6.000000000 6.000000000 6.000000000
- O 15.999 7.258400000 6.000000000 6.000000000
- O 15.999 4.741600000 6.000000000 6.000000000
- *elevel
- 0.00 1
四、总结
目前版本只是添加了一些最最常用功能，在以后的版本中会陆续添加比如SOC，RISM等等，MD那块我没有打算添加，做MD的话CP2K是最好的选择。计算原理这方面我还是一只菜菜鸟，仍有太多的知识需要学习，所以大家要是使用中遇到某些问题或者是我写错的地方，欢迎一起交流。
作者Author: waitingseven 时间: 2022-8-8 20:28
多谢开发和分享，我想问一下，QE里的SSSP赝势怎么样，后续会支持吗
作者Author: 丁越 时间: 2022-8-8 21:21
这个我没用过唉，我都是用GBRV和PSlibrary中的赝势。你想用的话在脚本里自己定义一套SSSP赝势的数组就行了，然后照着里面的条件判断再改一改就可以用了。
作者Author: waitingseven 时间: 2022-8-8 21:26
好的，多谢了。QE的赝势版本太多了，有时候不知道怎么选了，SSSP里每种元素都只有一个赝势，还有推荐的截断能，感觉会方便一些
作者Author: 丁越 时间: 2022-8-8 21:36
工具包中17选项可以对截断能进行测试，每个体系计算之前都应该实际测试以下为好
作者Author: flyingchow 时间: 2022-8-8 23:13
本帖最后由 flyingchow 于 2022-8-8 23:16 编辑
丁老师您好，我刚刚用WSL运行了您的脚本，但是会报错，请问大概是什么原因呢？谢谢QEtoolkit-2.sh: line 2: \r': command not found
QEtoolkit-2.sh: line 11:\r': command not found
QEtoolkit-2.sh: line 22: syntax error near unexpected token `$'{\r''
'Etoolkit-2.sh: line 22: `function main_menu (){
作者Author: 丁越 时间: 2022-8-9 00:08
本帖最后由 丁越 于 2022-8-9 00:10 编辑
你是怎么运行的？比如你要使用0功能生成pw.x输入文件，就得载入如cif，gjf之类含有晶胞信息的文件，./QEtoolkit xxx.cif
作者Author: flyingchow 时间: 2022-8-9 00:42
按照这个来运行还是有报错，后来我shile “bash QEtoolkit-2.sh”，还是报错。
(, 下载次数 Times of downloads: 67)
作者Author: gog 时间: 2022-8-9 07:23
本帖最后由 gog 于 2022-8-9 07:24 编辑
Fedora 36报错同楼上
$ ~/QEtoolkit-2.sh
bash: /home/az/QEtoolkit-2.sh: /bin/bash^M: bad interpreter: No such file or directory。
ubuntu 22.04报错了
sh QEtoolkit-2.sh
QEtoolkit-2.sh: line 2: $'\r': command not found
QEtoolkit-2.sh: line 11: $'\r': command not found
>===============================================================================<
>- -<
>- QEtoolkit -<
>- -<
>- Author: Yue Ding -<
>- -<
>- Version 2.0 (dev) -<
>- -<
>- Contact me if you have any suggestions: QQ 3305507756 -<
>===============================================================================<
QEtoolkit-2.sh: line 22: syntax error near unexpected token `$'{\r''
'Etoolkit-2.sh: line 22: `function main_menu (){
作者Author: snljty2 时间: 2022-8-9 09:07
本帖最后由 snljty2 于 2022-8-9 09:14 编辑
或者
- cat QEtoolkit-2.sh | tr -d '\r' > QEtoolkit-2.sh.bak && mv QEtoolkit-2.sh.bak QEtoolkit-2.sh
作者Author: snljty2 时间: 2022-8-9 09:07
本帖最后由 snljty2 于 2022-8-9 09:14 编辑
gog 发表于 2022-8-9 07:23
Fedora 36报错同楼上
$ ~/QEtoolkit-2.sh
bash: /home/az/QEtoolkit-2.sh: /bin/bash^M: bad interprete ...
- cat QEtoolkit-2.sh | tr -d '\r' > QEtoolkit-2.sh.bak && mv QEtoolkit-2.sh.bak QEtoolkit-2.sh
作者Author: gog 时间: 2022-8-9 09:33
本帖最后由 gog 于 2022-8-9 22:06 编辑
it is all right, now. thks
作者Author: tianmafei 时间: 2022-9-2 09:37
请教楼上，这个问题是如何解决的?我也遇上了，不知道如何办。
作者Author: gog 时间: 2022-9-2 09:59
见11楼
作者Author: nianbin 时间: 2022-9-2 10:32
可以联系卢老师整合进Multiwfn 这样就更好了 哈哈哈
作者Author: tianmafei 时间: 2022-9-2 17:54
请问各位老师，我想做一个MOF的晶胞自洽计算和能带计算，输入cif文件后，得到了下面的信息，这是何故？
Load a file that can be parsed by Multiwfn, e.g. .cif and .gjf format.
UiO66.cif
Now cell Informations is parsed by Multiwfn (http://sobereva.com/multiwfn)....
grep: UiO66_QE.tmp: No such file or directory
grep: UiO66_QE.tmp: No such file or directory
grep: UiO66_QE.tmp: No such file or directory
grep: UiO66_QE.tmp: No such file or directory
./QEtoolkit-2.sh: line 181: ((: i<=: syntax error: operand expected (error token is "<=")
0) Generate input file now
1) Set system type, current: Insulator
2) Choose the run task, current: energy
3) Choose the theoretical method, current: PBE
4) Set dispersion correction, current: None
5) Set surface dipole correction, current: None
6) Define atomic magnetization
7) Toggle using DFT+U, current: No
8) Set kpoint mesh, current: 2*2*1
9) Set the number of bands, current: Default
10) Choose the pseudopotential library, current: PBE-GBRV
11) Return
作者Author: 丁越 时间: 2022-9-2 18:11
确保你的cif文件是在当前目录下
作者Author: tianmafei 时间: 2022-9-2 18:29
谢谢老师！cif文件在当前目录下。我找到原因了，cif文件中有少数的原子占有率不是100%，Multiwfn会询问是否录入，得按回车键后才能选择100选项。我把cif文件中的占有率改为100%后，QEtoolkit在调用Multiwfn时就可以输入cif文件后直接选择100选项，后面都正常了。
作者Author: WilliamH 时间: 2022-9-15 16:53
可以参考一下这个网站：Comparing Solid State DFT Codes, Basis Sets and Potentials（https://molmod.ugent.be/deltacodesdft）
作者Author: 思辰 时间: 2022-10-18 09:02
各位老师，我用dos2unix QEtoolkit-2.sh命令将丁老师的脚本转化后在centos系统里运行，出现下面报错
./QEtoolkit-2.sh: line 1667: syntax error near unexpected token `newline'
./QEtoolkit-2.sh: line 1667: `done'
请教下这个问题要怎么解决？附录是转化后的脚本
作者Author: adong 时间: 2022-11-19 13:04
请问您这个问题解决了吗？同样是在centos系统中使用dos2unix后出现了这个报错
作者Author: fakepanda 时间: 2022-11-19 22:10
您好，我也遇到了这个问题，请问是如何调整的原子占有率呢？
作者Author: tianmafei 时间: 2022-11-20 09:41
直接在cif文件中把某个原子的占有率改为1，再用QEtoolkit-2.sh读入cif文件即可。
作者Author: fakepanda 时间: 2022-11-21 10:27
谢谢您的回复。
作者Author: 思辰 时间: 2022-11-21 15:34
作者说是centos版本问题，没有解决
作者Author: 丁越 时间: 2022-11-21 15:55
把1667行附近的那几行代码注释了，我抽空再看看是哪的问题。
作者Author: hzliew 时间: 2022-11-28 17:22
好东西，收藏了
作者Author: qzm 时间: 2023-1-2 16:05
本帖最后由 qzm 于 2023-1-2 16:09 编辑
感谢分享
作者Author: qzm 时间: 2023-1-2 19:22
使用此脚本 需要先安装Multiwfn 才能调用
小白安装-无root权限 安装Multiwfn noGUI版本到服务器
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 7&fromuid=26067
(出处: 计算化学公社)
安装完Multiwfn 后，只需要把脚本上传到服务器上与.cif文件放在一个文件夹中，授权后直接使用
作者Author: qzm 时间: 2023-1-2 20:30
丁老师，我运行时又发现个问题，使用Ms软件搭建好结构输出1.cif 文件
服务器使用 qekitQEtoolkit-2.sh 1.cif 命令
操作后报错
Now cell Informations is parsed by Multiwfn (http://sobereva.com/multiwfn)....
grep: si_QE.tmp: 没有那个文件或目录
grep: si_QE.tmp: 没有那个文件或目录
grep: si_QE.tmp: 没有那个文件或目录
grep: si_QE.tmp: 没有那个文件或目录
/public/home/lxf/bin/qekit2.sh:行181: ((: i<=: 语法错误: 期待操作数 （错误符号是 "<="）
这时说明首先我要用 Multiwfn 先对cif 文件做修改 然后才能用这个脚本吗？
作者Author: 丁越 时间: 2023-1-3 09:13
对，首先保证Multiwfn是正确安装并且可运行的。
作者Author: qzm 时间: 2023-1-12 08:09
能把 您脚本里的提到的这几类赝势打包发上来吗？非常感谢
作者Author: qzm 时间: 2023-1-12 08:42
本帖最后由 qzm 于 2023-1-12 11:01 编辑
我安装的 Multiwfn_3.8_dev_bin_Linux_noGUI 版本
qetool2脚本和使用采用MS软件搭建生成的.CIF文件
运行脚本功能1
报错无图，显示读取不了信息
运行Multiwfn_3.8_dev_bin_Linux_noGUI 可以载入该cif 文件
作者Author: 丁越 时间: 2023-1-13 09:16
你下载有GUI的版本，我这里Multiwfn有GUI的版本是没问题的。
作者Author: qzm 时间: 2023-1-13 13:21
我win10 如果安装个PYCHARM 是否可以运行 您编写这个脚本呢？
作者Author: 丁越 时间: 2023-1-13 14:11
不行，这不是python脚本，是shell写的，你装个WSL或者虚拟机可以运行这个。
作者Author: qzm 时间: 2023-1-13 20:02
电脑4核 8g内存 安装虚拟机，跑您这里的例子能跑动吗？
作者Author: 丁越 时间: 2023-1-13 20:10
这不是计算程序，只是简单的创建输入文件的脚本而已，任何装linux系统机子都行。
作者Author: qzm 时间: 2023-1-18 20:20
丁老师，我想请教下脚本里如何计算每个原子最终的带电量，好判定转移电子数？
作者Author: 丁越 时间: 2023-1-19 09:53
这个计算原子电荷就行，比如你做PDOS分析，输出文件里面包含有Lowdin电荷。或者你可以拿Bader程序结合QE做AIM电荷分析(bader电荷)。
作者Author: qzm 时间: 2023-1-20 14:50
您能说下 Bader程序结合QE 如何使用吗？或者有什么好的教程推荐下 谢谢
作者Author: 丁越 时间: 2023-1-20 22:04
去看该程序的官方手册， 里面有详细介绍。
作者Author: lhx-xwzj 时间: 2023-12-26 15:18
丁老师好，cp2k遇到Ni111不收敛的问题，根据您的建议今天转战QE，在鼓捣QE的时候找到了这个好用的工具，非常棒，把1667附近的这个功能注释后完全没问题，但这个问题有解决吗？我看166附近这个功能是读取频率的，我后续计算应该也会涉及到频率，第一天用QE，不太清楚QE的相关功能，请问该功能禁用影响大吗？谢谢您
作者Author: 丁越 时间: 2023-12-27 09:02
你把计算得到的气体分子的振动频率提取出来手写一个Shermo的输入文件，然后交给Shermo计算各种热力学量就行。
作者Author: lhx-xwzj 时间: 2024-1-2 16:31
本帖最后由 lhx-xwzj 于 2024-1-15 20:32 编辑
丁老师您好，最近在用QE计算Ni111 slab表面吸附CO2的热力学量时按照您提供的案例2.5遇到如下问题：
1.结构优化后可以直接进行声子计算吗，还是需要再额外进行一次单独的scf计算呢？
2.生成.ph.in输入文件后，如果直接运行会报错“gamma_gamma tricks with nat_todo not available. Use nogg=.true.”，按照提示加上“nogg=.true.”后能正常运行，但好像运行特别慢，丁老师能给点建议吗，谢谢
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已解决
作者Author: qzm 时间: 2024-6-1 18:38
您好，能把2.5计算频率的算例分享一下吗
作者Author: qzm 时间: 2024-6-2 18:10
本帖最后由 qzm 于 2024-6-2 18:26 编辑
丁老师您好，我使用了QEtookit 算例2.5 内容计算，制作Shermo的输入文件报错
line 1560: '"1"*3': syntax error: operand expected (error token is "'"1"*3'")
QEtookit 第1560行内容是这个 for ((i=1;i<=$(("${#dophonatm[@]}"*3));i++))
请问 我应该如何修改
作者Author: cpeng11 时间: 2024-10-17 05:31
PS：也可以修改源码采用pbe+NC去做（https://minerals.chazeon.com/post/notes-on-raman-with-qe/）
老师，这个网页打不开了，请问还有其他方法可以查看这个笔记吗？谢谢！
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