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标题: 使用plumed进行模拟时，由于GPU故障，任务停止，请问怎样进行续跑 [打印本页]

作者
Author: shoujingcao 时间: 2022-8-8 11:31
标题: 使用plumed进行模拟时，由于GPU故障，任务停止，请问怎样进行续跑
以下是模拟的输入文件（plumed.in）：

prod KRAS
&cntrl
  imin=0,irest=1,ntx=5,
  nstlim=500000000,dt=0.002,
  ntc=2,ntf=2,
  cut=10, ntb=2, ntp=1, taup=2.0,
  ntpr=50000,ntwx=50000,ntwr=50000,
  ntt=3, gamma_ln=2.0,
  temp0=310.0, ig=-1,
  plumed=1, plumedfile='input_WT_para.dat'
/

nohup pmemd.cuda -O -i plumed.in -p mol_sol.prmtop -c equil.rst -r prod1.rst -o prod1.out -x prod1.mdcrd &
可不可以用任务停止时轨迹最后一帧的坐标续跑呢？如果可以的话，那怎么得到这个坐标呢？

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2022-8-8 14:14
Amber每隔一定的步数会输出一次rst文件，并覆盖掉旧的rst文件，如果模拟正常运行完成，rst文件就是最后一帧，如果模拟中断，rst文件就是中断前输出一帧。

作者
Author: yjb 时间: 2022-11-19 16:39
你好，我用amber22+plumed跑MD任务，出现报错：
+++ ERROR: You are trying to use an invalid plumed object. +++
+++ Check your PLUMED_KERNEL environment variable. +++
请问你有遇到类似的问题吗？

作者
Author: shoujingcao 时间: 2023-5-25 14:24

yjb 发表于 2022-11-19 16:39
你好，我用amber22+plumed跑MD任务，出现报错：
+++ ERROR: You are trying to use an invalid plumed obj ...

没有哎

作者
Author: yjb 时间: 2023-5-26 22:35

shoujingcao 发表于 2023-5-25 14:24
没有哎

已解决，谢谢

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