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标题: CP2K做GFN1-xTB离子步耗时突然剧增 [打印本页]

作者
Author: LaplaceL 时间: 2022-8-8 11:48
标题: CP2K做GFN1-xTB离子步耗时突然剧增
本帖最后由 LaplaceL 于 2022-8-8 12:00 编辑

在3000K做的NVT系综的GFN1-xTB MD，有一段时间监测到离子步耗时增加挺多，因为轨迹里包含类似于开环之类的剧烈化学反应，觉得可能也是合理的，后来一个离子步耗时突增至一两千秒，觉得有点不对劲，求助一下各位老师，看这是什么原因造成的，inp、xyz及部分轨迹等相关文件如下。

作者
Author: chands 时间: 2022-8-8 12:37
你的体系是CHON，热浴高达3000 K，肯定有剧烈反应
你要模拟什么体系？

作者
Author: 函数与激情 时间: 2022-8-8 12:53
我在超算上遇到过类似的情况，输入文件没有问题，是被其他人的任务给挤的

作者
Author: LaplaceL 时间: 2022-8-8 13:04

chands 发表于 2022-8-8 12:37
你的体系是CHON，热浴高达3000 K，肯定有剧烈反应
你要模拟什么体系？

是的，单质炸药

作者
Author: chands 时间: 2022-8-8 13:12

LaplaceL 发表于 2022-8-8 13:04
是的，单质炸药

这种情况下我不知GFN1-xTB是否合适，因为涉及自由基反应了。

作者
Author: LaplaceL 时间: 2022-8-8 15:46

chands 发表于 2022-8-8 13:12
这种情况下我不知GFN1-xTB是否合适，因为涉及自由基反应了。

谢谢您，我也再研究一下DFT能不能跑得动

作者
Author: LaplaceL 时间: 2022-8-8 15:47

函数与激情发表于 2022-8-8 12:53
我在超算上遇到过类似的情况，输入文件没有问题，是被其他人的任务给挤的

还可能是这种情况啊，我看一下

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-10 07:35
如果不是运行环境发生了变化（比如有其它任务占了CPU，或者CPU自动降频什么的），那就是MD每步达到收敛用的SCF圈数发生了明显增加，比如可能是出现了结构剧烈变化（相对于上一步结构差异越大，就相当于ASPC外推出来的初猜波函数质量对于这一步来说越差，SCF达到收敛所需的圈数就越多）。监控输出信息、轨迹就可以判断

作者
Author: LaplaceL 时间: 2022-8-10 22:21

sobereva 发表于 2022-8-10 07:35
如果不是运行环境发生了变化（比如有其它任务占了CPU，或者CPU自动降频什么的），那就是MD每步达到收敛用的 ...

好的，非常感谢sob老师，我忘记之前在哪看到的一个说法，像这样没有监控到明显异常，或者可能是运行环境导致的异常，可不可以杀掉任务、续算，杀掉、续算这种方法，计算到一定的时间呢，这样合适吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-11 06:54

LaplaceL 发表于 2022-8-10 22:21
好的，非常感谢sob老师，我忘记之前在哪看到的一个说法，像这样没有监控到明显异常，或者可能是运行环境 ...

未必能解决问题，虽然可以一试

倘若有别的任务占了CPU，你重算显然还是会慢
先用top看看有没有其它占CPU的进程

如果怀疑是程序本身有异常，换个版本，或者换一种安装方式再试。

作者
Author: LaplaceL 时间: 2022-8-11 10:18

sobereva 发表于 2022-8-11 06:54
未必能解决问题，虽然可以一试

倘若有别的任务占了CPU，你重算显然还是会慢

好的，我明白了，谢谢老师，我都试一下

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